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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ft2 | ||||||
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タイトル | Structure of the periplasmic binding protein LAO-Q122A in complex with arginine. | ||||||
![]() | Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vigouroux, A. / Morera, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the periplasmic binding protein LAO-Q122A A in complex with arginin 著者: Vigouroux, A. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lafS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27090.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: argT, STM2355 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ARG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4000; 0.1M Mes pH6.5; 0.1M CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50.62 Å / Num. obs: 62491 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 15.23 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 13.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 9589 / CC1/2: 0.96 / Rsym value: 1.149 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LAF 解像度: 1.25→50.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.048 / SU Rfree Blow DPI: 0.049 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.047
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.25→50.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.28 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.8267 Å / Origin y: 0.093 Å / Origin z: -12.7266 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { E|* } |