PDB-6fsl: F194W mutant of the dye-decolorizing peroxidase (DYP) from Pleuro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fsl

タイトル

F194W mutant of the dye-decolorizing peroxidase (DYP) from Pleurotus ostreatus

要素

DyP-type peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / peroxidase activity / heme binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DyP-type peroxidase

機能・相同性情報

生物種

Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Romero, A. / Davo-Siguero, I.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of two mutants: F194Y and F194W of the Dye-decolorizing peroxidase DYP from Pleurotus ostreatus
著者: Romero, A. / Davo-Siguero, I. / Martinez, A.T.

履歴

登録	2018年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fsl.cif.gz	201.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fsl.ent.gz	157.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fsl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fsl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fsl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6fsl_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	6fsl_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3afvS 6fsk S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fsk-1 6fsk-2 2nsy-d 4isk-3 2p8j-d 1kqp-d 1md9-d 7lae-2 6bza-3 5dq8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DyP-type peroxidase

B: DyP-type peroxidase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DyP-type peroxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DyP-type peroxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.869, 118.140, 133.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DyP-type peroxidase 分子量: 53121.629 Da / 分子数: 2 / 変異: F194W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 遺伝子: DyP4, PLEOSDRAFT_1069077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067N4E7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 0.2M MES pH=5.75 25% PEG2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976252 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射	モノクロメーター: Standard ESRF channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976252 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→88.35 Å / Num. obs: 34465 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.427 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.268 / R_pim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4873 / CC_1/2: 0.757 / R_pim(I) all: 0.57 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AFV

3afv

解像度: 2.5→88.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 10.318 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.991 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24317	1667	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18052	-	-	-
obs	0.1836	32741	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.894 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→88.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7496	0	86	184	7766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.964	10613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.994	3	16851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.811	5	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.227	24.223	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.418	15	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.85	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.687	2.422	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.685	2.422	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.904	3.628	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.904	3.629	4835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.652	2.509	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.652	2.509	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.846	3.694	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.879	27.524	8378
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.876	27.515	8368
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	117	-
R_work	0.222	2308	-
obs	-	-	95.74 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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