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- PDB-6fqx: Plasmodium falciparum 6-phosphogluconate dehydrogenase in its apo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqx
タイトルPlasmodium falciparum 6-phosphogluconate dehydrogenase in its apo form, in complex with its cofactor NADP+ and in complex with its substrate 6-phosphogluconate
要素6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
キーワードOXIDOREDUCTASE / Plasmodium / complex / substrate / redoxregulation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / pentose-phosphate shunt / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Haeussler, K. / Reichmann, M. / Rahlfs, S. / Becker, K.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationBE1540/23-2 ドイツ
Hessian Excellence ProgrammLoewe center Druid, B3 and E3 ドイツ
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Plasmodium falciparum 6-Phosphogluconate Dehydrogenase as an Antimalarial Drug Target.
著者: Haeussler, K. / Fritz-Wolf, K. / Reichmann, M. / Rahlfs, S. / Becker, K.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年1月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
G: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
H: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,12634
ポリマ－424,4478
非ポリマー2,67926
水1,76598
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,28313
ポリマ－106,1122
非ポリマー1,17111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13530 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area34600 Å2
手法PISA
2
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5366
ポリマ－106,1122
非ポリマー4244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area35030 Å2
手法PISA
3
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,89110
ポリマ－106,1122
非ポリマー7798
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13290 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area34530 Å2
手法PISA
4
G: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
H: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4165
ポリマ－106,1122
非ポリマー3043
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area35100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.450, 134.450, 406.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量: 53055.875 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF14_0520, PF3D7_1454700 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IKT2, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)

-
非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 4,000, 15% glycerol, 0.085 M NaCitrat (pH 5.6), and 0.17 M Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.53 Å / Num. obs: 101295 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 73.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1825 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 9878 / CC1/2: 0.25 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2645: ???)精密化
XDS2017データ削減
XSCALE2017データスケーリング
PHENIX(dev_2645: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2w90

2w90


解像度: 2.8→46.528 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 2022 2 %
Rwork0.1877 --
obs0.1889 101183 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29720 0 176 99 29995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0130403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29640947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9418398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.43021370.34796819X-RAY DIFFRACTION96
2.87-2.94760.32541360.29727056X-RAY DIFFRACTION99
2.9476-3.03430.29611420.26977069X-RAY DIFFRACTION100
3.0343-3.13220.30441420.25587092X-RAY DIFFRACTION100
3.1322-3.24420.33661370.23977091X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.3740.33641480.22967130X-RAY DIFFRACTION100
3.374-3.52750.2721430.21087129X-RAY DIFFRACTION100
3.5275-3.71340.27281420.20177072X-RAY DIFFRACTION100
3.7134-3.9460.31071450.18247135X-RAY DIFFRACTION100
3.946-4.25040.23691480.16677079X-RAY DIFFRACTION100
4.2504-4.67780.22171470.15317109X-RAY DIFFRACTION100
4.6778-5.35390.20331510.16067127X-RAY DIFFRACTION100
5.3539-6.7420.21091550.18477113X-RAY DIFFRACTION100
6.742-46.53420.16121490.14957140X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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