PDB-6fqd: Escherichia Coli Signal Recognition Particle Receptor FtsY NGdN1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fqd

タイトル

Escherichia Coli Signal Recognition Particle Receptor FtsY NGdN1

要素

Signal recognition particle receptor FtsY

キーワード

SIGNALING PROTEIN / FtsY / SRP / SRP-Receptor / Protein Translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.10000574506 Å

データ登録者

Mrusek, D.

資金援助

イスラエル,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Israel Science Foundation	ISF 600/11	イスラエル
German Research Foundation	INST160/621-1FUGG	ドイツ
German Research Foundation	BA 5311/6-1	ドイツ
German Research Foundation	CRC-TRR174	ドイツ

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Co-translational Folding Intermediate Dictates Membrane Targeting of the Signal Recognition Particle Receptor.
著者: Karniel, A. / Mrusek, D. / Steinchen, W. / Dym, O. / Bange, G. / Bibi, E.

履歴

登録	2018年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fqd.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fqd.ent.gz	183.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6fqd_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fqd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6fqd_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	6fqd_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fpkC 6fprC 1ftsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f9g-2 4qrm-6 5j8f-d 6f9g-3 4qrm-4 6f9g-5 4dx2-2 6oiq-d 3kgz-d 5j7c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal recognition particle receptor FtsY

B: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

63.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.963, 110.963, 110.632
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 221 through 489 or resid 491 through 493))	A	A	221 - 255	9 - 43
1	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 221 through 489 or resid 491 through 493))	A	A	263 - 489	51 - 277
1	3	ALA	ALA	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 221 through 489 or resid 491 through 493))	A	A	491 - 493	279 - 281
2	4	LYS	LYS	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 221 through 256 or resid 263 through 489 or resid 491 through 493))	B	B	221 - 255	9 - 43
2	5	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 221 through 256 or resid 263 through 489 or resid 491 through 493))	B	B	263 - 489	51 - 277
2	6	ALA	ALA	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 221 through 256 or resid 263 through 489 or resid 491 through 493))	B	B	491 - 493	279 - 281

#1: タンパク質	Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor 分子量: 31233.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ftsY, b3464, JW3429 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10121
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Na-citrate pH 5.6, 20% isopropanol, 20% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射	モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.28 Å / Num. obs: 38419 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.5 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.08104 / R_pim(I) all: 0.04482 / R_rim(I) all: 0.09318 / Net I/σ(I): 10.34
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.4298 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 3856 / CC_1/2: 0.786 / R_pim(I) all: 0.2529 / R_rim(I) all: 0.5026 / % possible all: 98.32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12rc0_2798	精密化
PHASER	1.10.1_2155	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FTS

1fts

解像度: 2.10000574506→45.2778491151 Å / SU ML: 0.209616798714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37329835597 / 位相誤差: 19.5573445909

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208330514311	2051	5.33919925027 %
R_work	0.177498663372	-	-
obs	0.179084479123	38414	98.288258322 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.0229960901 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.10000574506→45.2778491151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4098	0	58	327	4483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00450318931113	4204
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806320194844	5684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0456848001213	675
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00381718099437	727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1728018645	2528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1489	0.285100668621	110	0.233409842815	2417	X-RAY DIFFRACTION	97.6807112486
2.1489-2.2026	0.255667361823	135	0.215690612575	2450	X-RAY DIFFRACTION	99.8455001931
2.2026-2.2621	0.231443764094	153	0.21113438625	2448	X-RAY DIFFRACTION	99.4646271511
2.2621-2.3287	0.253216063307	128	0.196539794377	2445	X-RAY DIFFRACTION	99.5357833656
2.3287-2.4039	0.24025866806	133	0.196118087957	2464	X-RAY DIFFRACTION	99.5019157088
2.4039-2.4898	0.207419534573	153	0.188116727472	2411	X-RAY DIFFRACTION	98.9579313007
2.4898-2.5895	0.243654126917	145	0.190840892121	2378	X-RAY DIFFRACTION	97.3755306831
2.5895-2.7073	0.208583196581	158	0.191740169571	2417	X-RAY DIFFRACTION	98.7725354814
2.7073-2.85	0.24813635209	190	0.188677480729	2367	X-RAY DIFFRACTION	98.9551083591
2.85-3.0285	0.217168888052	127	0.185861482926	2449	X-RAY DIFFRACTION	98.7351475661
3.0285-3.2623	0.188370684734	132	0.182121445001	2424	X-RAY DIFFRACTION	97.9310344828
3.2623-3.5905	0.201799536276	106	0.167494293311	2393	X-RAY DIFFRACTION	96.7479674797
3.5905-4.1097	0.172817225095	133	0.154957636748	2449	X-RAY DIFFRACTION	98.1375902699
4.1097-5.1766	0.18074041388	111	0.154729488327	2416	X-RAY DIFFRACTION	96.968534152
5.1766-45.2884	0.203308550981	137	0.175728798853	2435	X-RAY DIFFRACTION	95.9343528534

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.07070258559	0.713961131495	0.529213121408	1.29766962198	-0.696007279581	0.869056523431	-0.0283252021459	-0.49508375823	0.263384002669	0.298437158997	0.256058030123	-0.612239927682	-0.488483095278	0.388689585018	0.187400650026	0.519509932422	-0.250997659585	-0.0458008772386	0.505767966249	-0.13799711696	0.542826945292	41.2800469339	23.6476323519	4.10621691973
2	1.32954571533	-0.0302933550492	0.477105696008	1.54034161195	-0.26600752908	1.59323381669	0.0477474873206	0.281918540621	0.0728610198496	-0.418199612657	-0.0692755939256	-0.0992446559274	-0.141456216418	0.0834043096178	0.0123621584732	0.289127698917	0.00678818118404	0.0953528178513	0.275016807508	-0.0255522427589	0.247625203693	26.5613288473	2.35140033594	-19.5437731136
3	1.47362567477	-0.168882905754	-0.207245195776	2.13606233234	0.0864547019672	1.72583817749	0.154530873759	0.10429900706	-0.0274785758909	0.0943736758038	-0.204348569681	-0.444138508414	0.0201481807402	0.245121611456	-0.0587152714817	0.202676789707	-0.0348187134599	0.0425774482097	0.283175084233	-0.0349172400951	0.251255318571	33.4458053354	0.338335276707	-13.2739378544
4	2.97378876297	0.0246979036484	0.646622105983	1.00487528792	0.201330935504	2.22967806152	0.00968550766061	0.136385229875	0.742431612397	-0.109682769515	-0.181923259229	-0.377464235618	-0.447584409391	0.32944156891	0.0437966851362	0.284981828219	-0.0422332387699	0.0432066685505	0.293401150694	0.0199151603147	0.479705436308	26.0201174661	17.9333699072	-13.0584017199
5	1.86807273306	-2.04016108554	-0.409483584233	2.68706230278	0.755212401073	0.865080157748	0.0664873166477	0.188792331781	-0.140566226765	-0.594866293572	0.166456118665	-0.295919714677	0.0735448907599	0.479038943654	-0.0308346520642	0.300711156235	0.0606161603516	0.0883679460377	0.566426675732	-0.106679979804	0.577991869789	45.3780168195	-12.1472462821	-1.01118033196
6	4.76765026406	-4.76228487621	0.137705944556	4.89752815584	-0.383801701987	0.498753908865	-0.00717457505261	-0.00489163238101	-0.0707487378788	-0.227416231923	0.282541239115	-0.636223404256	-0.00272993198398	0.318464175156	0.169378639687	0.201486324419	0.0391023465128	-0.0173822557774	0.650641523741	-0.0684416891013	0.68278640076	49.5145439687	-6.12512287071	5.0877557497
7	1.99672291543	-0.260701053018	-0.473807614775	1.41748288312	0.502881293822	1.26001446327	-0.0756691814647	-0.223274331648	0.0521663771699	0.127466770478	0.0530640864962	-0.0630831184412	-0.0252020618458	0.171490484231	-0.0110604827439	0.212808983129	-0.0381034907178	-0.0875855189051	0.288193927023	-0.0023981380463	0.237343224282	27.2609279708	9.98293568172	22.803386888
8	0.782326678984	0.272375165087	-0.239936980261	1.40452690915	-0.127685699209	1.46848115792	-0.0132982528294	-0.0215853594324	-0.651946565831	-0.326172117929	-0.0548611083522	-0.643473543217	0.488107043467	0.563889334919	-0.0596556835293	0.234795419424	0.0498191049877	-0.0253543952093	0.407038769697	0.0245623539321	0.460832967106	33.9302426012	-2.70661118466	18.2362510185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 221 through 263 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 264 through 373 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 374 through 472 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 473 through 494 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 221 through 237 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 238 through 263 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 264 through 454 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 455 through 493 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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