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- PDB-6fq4: Structure of Chlamydial virulence factor TarP and vinculin head domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fq4
タイトルStructure of Chlamydial virulence factor TarP and vinculin head domain
要素
  • TarP-VBS1
  • Vinculin
キーワードCELL ADHESION / Translocated Actin Recruitment Protein / vinculin-binding site / virulence factor / Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens ...muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / MAP2K and MAPK activation / muscle alpha-actinin binding / alpha-catenin binding / fascia adherens / vinculin binding / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / alpha-actinin binding / brush border / skeletal muscle myofibril / stress fiber / regulation of cell migration / Neutrophil degranulation / morphogenesis of an epithelium / cell projection / adherens junction / neuromuscular junction / sarcolemma / beta-catenin binding / Z disc / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / scaffold protein binding / cytoskeleton / mitochondrial inner membrane / cell adhesion / cadherin binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1547 / Domain of Unknown Function (DUF1547) / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily ...Domain of unknown function DUF1547 / Domain of Unknown Function (DUF1547) / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vinculin / DUF1547 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Chlamydia caviae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Whitewood, A.J. / Singh, A.K. / Brown, D.G. / Goult, B.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N007336/1 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGP00001/2016
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Chlamydial virulence factor TarP mimics talin to disrupt the talin-vinculin complex.
著者: Whitewood, A.J. / Singh, A.K. / Brown, D.G. / Goult, B.T.
履歴
登録2018年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: TarP-VBS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5112
ポリマ－33,5112
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.807, 66.873, 95.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 31327.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 1-259 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: VCL, VINC1 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12003
#2: タンパク質・ペプチド TarP-VBS1


分子量: 2183.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: residues 850-868 / 由来: (合成) Chlamydia caviae (バクテリア) / 参照: UniProt: Q824H6*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 20% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日 / 詳細: CRL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→95.83 Å / Num. obs: 7888 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.89→3.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1131 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.355 / Rrim(I) all: 0.882 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZDL

3zdl


解像度: 2.89→95.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 40.822 / SU ML: 0.693 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.539
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U values refined individually
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34593 410 5.2 %RANDOM
Rwork0.28607 ---
obs0.28944 7455 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 92.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.58 Å20 Å20 Å2
2--22.3 Å20 Å2
3----12.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.89→95.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2082 0 0 3 2085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9852845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14334824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.635266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.52325.23884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.86515413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0751513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5069.1131070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4969.1141069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.69913.6751334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.69813.6741335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5449.6711031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5359.6711031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.23414.3191512
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.968936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.9598937
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.891→2.966 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.622 28 -
Rwork0.471 519 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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