PDB-6fpz: Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1, D298A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fpz

タイトル

Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1, D298A

要素

Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Extracellular Matrix / Sugar-binding / Adhesion.

機能・相同性

機能・相同性情報

hyaluronan metabolic process / hyaluronic acid binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / : / carbohydrate binding / blood microparticle / calcium ion binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Briggs, D.C. / Day, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Inter-alpha-inhibitor heavy chain-1 has an integrin-like 3D structure mediating immune regulatory activities and matrix stabilization during ovulation
著者: Briggs, D.C. / Langford-Smith, A.W.W. / Birchenough, H.L. / Jowitt, T.A. / Kielty, C.M. / Enghild, J.J. / Baldock, C. / Milner, C.M. / Day, A.J.

履歴

登録	2018年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fpz.cif.gz	698 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fpz.ent.gz	587 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fpz_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fpz_full_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示
XML形式データ	6fpz_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	6fpz_validation.cif.gz	69.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fpy-1 6ypc-d 4dhz-d 6fpy-2 5o76-2 4dxb-2 4j7b-1 4dye-2 4du7-d 4qfd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

B: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein is monomeric under these conditions
74.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.700, 159.700, 65.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...
2	1	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...	A	A	45 - 168	33 - 156
1	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...	A	A	169	157
1	3	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...	A	A	45 - 652	33 - 640
1	4	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...	A	A	45 - 652	33 - 640
1	5	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...	A	A	45 - 652	33 - 640
1	6	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain A and (resid 45 through 168 or (resid 169...	A	A	45 - 652	33 - 640
2	1	ASP	ASP	TYR	TYR	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...	B	B	45 - 123	33 - 111
2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...	B	B	124	112
2	3	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...	B	B	45 - 652	33 - 640
2	4	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...	B	B	45 - 652	33 - 640
2	5	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...	B	B	45 - 652	33 - 640
2	6	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain B and (resid 45 through 123 or (resid 124...	B	B	45 - 652	33 - 640

#1: タンパク質	Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1 / Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1 / Inter-alpha-trypsin inhibitor complex component III / Serum- ...Inter-alpha-inhibitor heavy chain 1 / Inter-alpha-trypsin inhibitor complex component III / Serum-derived hyaluronan-associated protein / SHAP 分子量: 73895.336 Da / 分子数: 2 / 変異: D298A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITIH1, IGHEP1 / プラスミド: pET-45b+ / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: P19827
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, pH 7.5, 100mM Sodium acetate, 10% PEG8K, 20% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→71.41 Å / Num. obs: 83846 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 312057 / Scaling rejects: 154

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	3.1	0.498	6040	0.392	0.31	0.591	97.6
9.84-71.41	3.9	0.025	1019	0.988	0.015	0.03	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→71.41 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2476	3983	5 %
R_work	0.2169	-	-
obs	0.2184	79666	94.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.44 Å² / B_iso mean: 50.048 Å² / B_iso min: 20.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→71.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9309	0	128	713	10150
B_iso mean	-	-	79.6	43.54	-
残基数	-	-	-	-	1196

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5501	X-RAY DIFFRACTION	9.59	TORSIONAL
1	2	B	5501	X-RAY DIFFRACTION	9.59	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.2268	0.3786	91	0.3752	2459	2550	86
2.2268-2.255	0.3883	141	0.3746	2541	2682	89
2.255-2.2847	0.3371	142	0.3595	2542	2684	90
2.2847-2.316	0.3903	140	0.3385	2610	2750	92
2.316-2.3491	0.3885	134	0.3319	2699	2833	93
2.3491-2.3842	0.3746	134	0.3203	2593	2727	93
2.3842-2.4214	0.3349	150	0.3232	2667	2817	93
2.4214-2.4611	0.3558	136	0.3073	2669	2805	94
2.4611-2.5036	0.3402	151	0.316	2675	2826	94
2.5036-2.5491	0.3116	140	0.2858	2652	2792	94
2.5491-2.5981	0.3304	154	0.2929	2626	2780	94
2.5981-2.6511	0.3196	139	0.2799	2728	2867	94
2.6511-2.7088	0.324	148	0.2698	2677	2825	95
2.7088-2.7718	0.318	134	0.268	2707	2841	95
2.7718-2.8411	0.3377	154	0.2631	2710	2864	94
2.8411-2.9179	0.3127	133	0.2581	2688	2821	95
2.9179-3.0038	0.3364	137	0.254	2720	2857	94
3.0038-3.1008	0.2368	133	0.2427	2689	2822	94
3.1008-3.2116	0.305	142	0.2308	2656	2798	93
3.2116-3.3402	0.2644	148	0.2133	2684	2832	94
3.3402-3.4922	0.2161	157	0.1916	2805	2962	98
3.4922-3.6763	0.2088	153	0.1799	2811	2964	98
3.6763-3.9066	0.2271	158	0.1702	2811	2969	98
3.9066-4.2082	0.1676	156	0.1497	2822	2978	98
4.2082-4.6316	0.1433	139	0.1322	2843	2982	98
4.6316-5.3017	0.1642	132	0.1382	2850	2982	98
5.3017-6.6788	0.2184	160	0.2012	2779	2939	95
6.6788-71.4576	0.2049	147	0.2081	2970	3117	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8098	-0.3101	0.3906	2.1848	-0.8539	1.1852	-0.0418	-0.1861	-0.0534	0.5337	0.2412	0.1354	-0.1458	-0.066	-0.166	0.3948	0.0977	0.0732	0.3751	0.07	0.3802	46.9992	82.6001	2.8506
2	2.3183	-0.6422	0.0005	1.5672	0.0096	1.2918	-0.0863	0.0225	-0.3079	-0.1351	0.0902	0.3916	0.0595	-0.1829	-0.0029	0.2946	0.0085	0.0415	0.2827	0.1073	0.4549	26.1761	94.5957	-22.4452
3	0.8536	0.1028	0.0311	2.5578	-1.1846	1.7538	0.0392	0.0347	-0.1238	-0.1961	0.0597	-0.1757	0.2074	0.181	-0.0912	0.2724	0.0589	0.0528	0.3222	0.0305	0.4107	51.0994	78.3312	-14.8756
4	1.4817	0.0537	-0.5255	0.9073	0.2461	2.1838	0.1568	-0.5231	0.174	0.2571	0.0103	0.046	-0.0829	0.1201	-0.0984	0.3394	-0.0721	0.0285	0.3355	-0.0676	0.2704	3.6596	33.3268	3.0134
5	1.3272	0.849	-0.2086	3.0709	-0.243	1.0903	-0.0113	0.1519	0.1577	-0.142	-0.0023	0.0626	-0.0898	0.1784	0.0119	0.2768	-0.0491	-0.0006	0.3377	-0.039	0.3761	19.6206	43.2875	-24.6005
6	2.8927	-0.4261	-1.5926	1.5507	-0.2762	2.8462	0.1733	0.1284	0.1675	0.01	0.045	0.2267	-0.1229	-0.2509	-0.2139	0.262	-0.0455	-0.0224	0.2884	-0.0322	0.4025	-6.589	34.5206	-13.7398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 290 )	A	45 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 291 through 508 )	A	291 - 508
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 509 through 652 )	A	509 - 652
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 45 through 253 )	B	45 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 254 through 556 )	B	254 - 556
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 557 through 652 )	B	557 - 652

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)