PDB-6fpp: Structure of S. pombe Mmi1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fpp

タイトル

Structure of S. pombe Mmi1

要素

YTH domain-containing protein mmi1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Meiosis mRNA decay

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear lncRNA surveillance / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear RNA surveillance / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, meiosis-specific transcripts / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Stowell, J.A.W. / Hill, C.H. / Yu, M. / Wagstaff, J.L. / McLaughlin, S.H. / Freund, S.M.V. / Passmore, L.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A low-complexity region in the YTH domain protein Mmi1 enhances RNA binding.
著者: Stowell, J.A.W. / Wagstaff, J.L. / Hill, C.H. / Yu, M. / McLaughlin, S.H. / Freund, S.M.V. / Passmore, L.A.

履歴

登録	2018年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fpp.cif.gz	144.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fpp.ent.gz	114.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fpp_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fpp_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	6fpp_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	6fpp_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/6fpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fpqC 6fpxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vpy-1 1z13-d 1pnt-d 1u8y-1 5d17-3 2e5o-d 3ayd-d 3u3g-3 4g0p-d 3rof-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein mmi1

B: YTH domain-containing protein mmi1

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein mmi1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric by gel filtration
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein mmi1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.044, 58.303, 53.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein mmi1 / Meiotic mRNA interception protein 1 分子量: 18603.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 遺伝子: mmi1, SPCC736.12c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O74958
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% (w/v) PEG 3350K, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月24日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→51.6 Å / Num. obs: 25919 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1906 / CC_1/2: 0.79 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
xia2	データ削減
Aimless	データスケーリング
DIALS	データ収集
PHASER	位相決定
BUCCANEER	モデル構築
PHENIX	モデル構築
Coot	モデル構築

精密化

解像度: 1.93→51.6 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.6
詳細: TLS groups used as follows: tls = chain 'A' and (resid 28 through 37 ) tls = chain 'A' and (resid 38 through 106 ) tls = chain 'A' and (resid 107 through 162 ) tls = chain 'A' and (resid 163 ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	1320	5.1 %
R_work	0.1898	-	-
obs	0.1922	25882	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→51.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2458	0	25	215	2698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2641
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.545	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.134	1626
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	451

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-2.0073	0.3192	125	0.3017	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0073-2.0987	0.3262	153	0.2592	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0987-2.2093	0.2976	160	0.2381	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2093-2.3477	0.2937	151	0.2177	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3477-2.529	0.1921	146	0.1992	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.7835	0.2533	140	0.1807	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7835-3.1862	0.2251	148	0.1752	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1862-4.0141	0.2317	146	0.1491	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0141-51.6	0.1858	151	0.1666	2806	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9147	2.747	3.6766	4.6877	1.9792	3.6112	0.2723	-0.7085	-0.1655	0.3193	0.0631	0.4102	0.5275	-0.6439	-0.3588	0.3036	0.0191	-0.019	0.3212	-0.0254	0.2519	48.2044	10.7723	15.1087
2	2.4097	0.2258	0.33	1.8355	-0.7691	2.678	0.0397	-0.0054	0.1062	0.0281	0.0007	-0.0498	-0.1938	0.0962	-0.0268	0.1373	0.0182	0.0143	0.1011	-0.0091	0.0916	50.9474	32.0998	11.1737
3	1.4454	-0.0148	0.2294	0.9967	-0.2386	2.3449	0.0748	-0.0289	0.2099	0.0352	0.0102	0.0135	-0.3119	-0.0329	-0.065	0.1514	0.0179	0.0219	0.1012	-0.0107	0.1073	48.0754	34.4548	11.933
4	6.8487	-0.785	3.0101	5.5769	-1.1327	7.3161	0.204	0.2786	-0.2921	-0.3054	0.0401	0.2975	0.3945	-0.1532	-0.241	0.096	0.0001	0.0113	0.0891	-0.0179	0.1274	39.61	22.7561	4.6516
5	7.2945	-2.9754	1.811	6.2271	-3.204	4.226	-0.3029	-0.283	0.0196	0.7017	0.2345	-0.0919	-0.4175	0.384	0.0469	0.3511	-0.0187	0.0324	0.3116	-0.0782	0.299	15.9674	56.3505	11.6117
6	2.9438	0.4632	-0.2085	2.8578	0.3675	3.1421	0.0134	-0.2289	-0.0519	0.0767	-0.0907	0.2449	0.0575	-0.0892	0.0529	0.1358	0.0323	-0.0322	0.1561	-0.0016	0.1694	12.3862	35.2991	9.0276
7	3.4547	0.2863	-0.3365	3.0848	0.0681	2.9541	0.0351	-0.2733	-0.1572	0.107	-0.0559	-0.0636	0.1938	-0.0098	0.0357	0.1464	0.0636	-0.0498	0.1149	0.0005	0.2056	15.3422	32.926	8.7646
8	4.4955	-0.8103	-4.1885	5.7339	2.6681	7.9214	0.0944	0.2019	0.1763	-0.4647	-0.0827	-0.3006	-0.2439	-0.0427	0.0141	0.1594	0.0387	-0.032	0.1288	0.0138	0.2618	22.3015	43.7776	-1.0573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 162 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 163 through 182 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 37 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 38 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 107 through 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 163 through 182 )

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