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- PDB-6fp6: Complex of human Cu,Zn SOD1 with the human copper chaperone for S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fp6
タイトルComplex of human Cu,Zn SOD1 with the human copper chaperone for SOD1 in a compact conformation
要素
  • Copper chaperone for superoxide dismutase
  • Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / heterodimer / copper-chaperone / hSOD1 / protein maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by copper ion transfer / superoxide dismutase copper chaperone activity / action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / regulation of organ growth / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / retrograde axonal transport / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide ...protein maturation by copper ion transfer / superoxide dismutase copper chaperone activity / action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / regulation of organ growth / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / retrograde axonal transport / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / myeloid cell homeostasis / regulation of GTPase activity / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / protein-disulfide reductase activity / ectopic germ cell programmed cell death / regulation of multicellular organism growth / neuronal action potential / response to axon injury / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / small GTPase binding / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / cellular response to oxidative stress / gene expression / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROPANOIC ACID / Copper chaperone for superoxide dismutase / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sala, F.A. / Wright, G.S.A. / Antonyuk, S.V. / Garratt, R.C. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, ブラジル, 5件
組織認可番号国
Motor Neurone Disease AssociationHasnain/Apr15/833-791 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MRF-060-0002-RG-HASNA 英国
Sao Paulo Research Fundation2015/00062-1 ブラジル
Sao Paulo Research Fundation2016/24686-7 ブラジル
National Council for Scientific and Technological Development407438/2013-0 ブラジル
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Molecular recognition and maturation of SOD1 by its evolutionarily destabilised cognate chaperone hCCS.
著者: Sala, F.A. / Wright, G.S.A. / Antonyuk, S.V. / Garratt, R.C. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Copper chaperone for superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Copper chaperone for superoxide dismutase
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Copper chaperone for superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Copper chaperone for superoxide dismutase
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Copper chaperone for superoxide dismutase
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Copper chaperone for superoxide dismutase
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
N: Copper chaperone for superoxide dismutase
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
P: Copper chaperone for superoxide dismutase
Q: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
R: Copper chaperone for superoxide dismutase
S: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
T: Copper chaperone for superoxide dismutase
U: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
V: Copper chaperone for superoxide dismutase
W: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
X: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)538,99655
ポリマ－536,89024
非ポリマー2,10631
水1,35175
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1127
ポリマ－44,7412
非ポリマー3715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9465
ポリマ－44,7412
非ポリマー2053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
L: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0206
ポリマ－44,7412
非ポリマー2794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
N: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
P: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
Q: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
R: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9465
ポリマ－44,7412
非ポリマー2053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
S: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
T: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
U: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
V: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
W: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
X: Copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,7412
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
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27given(-0.214304, 0.976124, 0.035426), (-0.976684, -0.214617, 0.005219), (0.012698, -0.033482, 0.999359)190.45428, -74.61199, -27.07075
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29given(-0.625528, 0.779686, 0.028368), (-0.779899, -0.623857, -0.0506), (-0.021755, -0.053776, 0.998316)90.21838, -51.38205, -27.79763
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31given(-0.880923, -0.471465, -0.041175), (-0.472214, 0.881424, 0.010308), (0.031433, 0.028523, -0.999099)89.70633, -52.19074, 24.36267
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43given(-0.320167, -0.840586, 0.43693), (-0.835665, 0.033328, -0.548228), (0.446271, -0.540652, -0.713119)51.09286, 2.77784, -73.63925
44given(0.891609, -0.102323, 0.441092), (0.176783, -0.818162, -0.547138), (0.41687, 0.565811, -0.711392)44.97826, -147.47388, 70.50285
45given(0.210324, 0.977616, -0.005538), (0.977551, -0.210231, 0.014057), (0.012578, -0.008371, -0.999886)123.01891, -152.19641, -7.28769
46given(0.545034, 0.696875, -0.466158), (-0.45766, 0.713147, 0.531008), (0.702485, -0.076075, 0.707621)125.44721, 15.232, 8.38686
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要素

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タンパク質 , 2種, 24分子 ACEGIKMOQSUWBDFHJLNPRTVX

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15763.432 Da / 分子数: 12 / 変異: C57A; C146A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: タンパク質
Copper chaperone for superoxide dismutase / Superoxide dismutase copper chaperone


分子量: 28977.404 Da / 分子数: 12 / 変異: C12A; C22A; C25A; C244A; C246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14618

-
非ポリマー , 4種, 106分子

#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M PCTP buffer pH 9.0, 20% (w/v) PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→49.01 Å / Num. obs: 110021 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 53.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.94→3.1 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FOL, 2RSQ

6fol

2rsq


解像度: 3→49.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 43.112 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 5115 4.9 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.192 98527 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20.5 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----3.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33101 0 60 75 33236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01933644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0231974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.95145469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854373515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74754496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10325.1931529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.042155442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.60315195
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.25072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0239727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6733.36118075
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4153.39415568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8275.07722931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.56625.41733589
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.56625.41833590
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A868medium positional0.160.5
11C868medium positional0.160.5
11E868medium positional0.150.5
11G868medium positional0.20.5
11I868medium positional0.180.5
11K868medium positional0.160.5
11M868medium positional0.170.5
11O868medium positional0.180.5
11Q868medium positional0.310.5
11S868medium positional0.210.5
11U868medium positional0.230.5
11W868medium positional0.160.5
22D376medium positional0.380.5
22B376medium positional0.140.5
22F376medium positional0.250.5
22H376medium positional0.150.5
22J376medium positional0.180.5
22L376medium positional0.190.5
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22P376medium positional0.140.5
22R376medium positional0.160.5
22T376medium positional0.230.5
22X376medium positional0.210.5
33D848medium positional0.110.5
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33H848medium positional0.110.5
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33R848medium positional0.20.5
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33X848medium positional0.130.5
11A1190loose positional0.455
11C1190loose positional0.615
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11K1190loose positional0.395
11M1190loose positional0.535
11O1190loose positional0.465
11Q1190loose positional0.665
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22D511loose positional0.435
22B511loose positional0.35
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22R511loose positional0.485
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22X511loose positional0.415
33D1271loose positional0.335
33B1271loose positional0.515
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33P1271loose positional0.445
33R1271loose positional0.375
33T1271loose positional0.55
33V1271loose positional0.595
33X1271loose positional0.415
11A868medium thermal12.652
11C868medium thermal5.032
11E868medium thermal11.582
11G868medium thermal13.932
11I868medium thermal6.262
11K868medium thermal7.822
11M868medium thermal2.922
11O868medium thermal10.132
11Q868medium thermal25.952
11S868medium thermal7.052
11U868medium thermal12.52
11W868medium thermal2.92
22B376medium thermal8.972
22D376medium thermal7.522
22F376medium thermal13.542
22H376medium thermal7.822
22J376medium thermal20.282
22L376medium thermal19.692
22N376medium thermal5.362
22P376medium thermal17.362
22R376medium thermal13.182
22T376medium thermal23.332
22X376medium thermal15.722
33B848medium thermal5.52
33D848medium thermal4.862
33F848medium thermal2.892
33H848medium thermal5.922
33J848medium thermal7.262
33L848medium thermal3.472
33N848medium thermal3.692
33P848medium thermal5.312
33R848medium thermal13.782
33T848medium thermal16.272
33V848medium thermal2.952
33X848medium thermal3.032
11A1190loose thermal12.7310
11C1190loose thermal5.0410
11E1190loose thermal11.610
11G1190loose thermal13.910
11I1190loose thermal6.1210
11K1190loose thermal7.9110
11M1190loose thermal2.7810
11O1190loose thermal10.0610
11Q1190loose thermal26.1710
11S1190loose thermal7.110
11U1190loose thermal12.3910
11W1190loose thermal3.0510
22D511loose thermal8.8210
22B511loose thermal7.410
22F511loose thermal13.4110
22H511loose thermal7.6210
22J511loose thermal20.0710
22L511loose thermal19.8810
22N511loose thermal5.2810
22P511loose thermal17.0210
22R511loose thermal12.9810
22T511loose thermal23.3410
22X511loose thermal15.4210
33D1271loose thermal5.6910
33B1271loose thermal4.9510
33F1271loose thermal2.8510
33H1271loose thermal5.8710
33J1271loose thermal7.5910
33L1271loose thermal3.4910
33N1271loose thermal3.9210
33P1271loose thermal5.4210
33R1271loose thermal14.0210
33T1271loose thermal16.6710
33V1271loose thermal2.9410
33X1271loose thermal3.1710
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 320 -
Rwork0.327 7365 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9040.05080.18751.27040.93151.71580.02380.04290.06270.0338-0.15820.0003-0.0886-0.18040.13450.4377-0.00720.00660.4798-0.02420.420563.388-31.4749.857
20.8353-0.5825-0.17072.2007-0.08580.918-0.06170.24940.043-0.2210.1248-0.1618-0.1744-0.0883-0.0630.5253-0.04470.09240.4570.0480.400476.445-32.247-13.286
30.7163-0.2433-0.33620.58110.40411.92610.0254-0.13950.01040.32810.05380.07570.06850.0494-0.07910.6674-0.05780.08240.4697-0.00990.251380.294-79.52130.021
40.7203-0.12260.11751.1159-0.82120.87140.05620.1172-0.14370.0794-0.03170.09580.08950.0922-0.02460.5808-0.03420.05740.4057-0.00080.399879.233-93.5497.693
51.1702-0.3392-0.8081.2461-0.04591.671-0.02680.0849-0.0630.1276-0.01150.0130.05590.07590.03820.39340.0611-0.01760.5455-0.0220.3923105.434-83.431-16.021
61.0807-0.46650.03621.54880.24470.41030.1511-0.07210.16670.2771-0.0395-0.09830.06650.2129-0.11150.42870.0082-0.04880.6111-0.0560.3561107.795-70.7467.019
70.61650.3649-0.26830.8964-0.72161.36730.1494-0.05850.0911-0.0808-0.12560.02880.0840.0771-0.02370.5050.01250.07430.453-0.03440.405226.828-82.2417.186
81.63540.6779-0.0592.07190.05380.30670.1359-0.27490.2415-0.0164-0.05620.22260.06820.0865-0.07960.4575-0.10190.0880.4541-0.09220.41313.792-83.19130.262
91.40240.33270.37262.33810.42340.7904-0.25840.2178-0.0507-0.43450.2567-0.1244-0.0305-0.02830.00160.5682-0.16410.0930.6313-0.01870.169462.565-57.294-36.034
101.3127-0.06170.80230.8455-0.13650.5502-0.0791-0.00570.09950.0060.04360.0480.0122-0.02060.03560.419-0.05790.02480.5913-0.00520.342248.389-55.213-13.603
110.6733-0.33620.68271.1849-0.40931.6819-0.16840.2286-0.01420.19360.042-0.0005-0.09070.18210.12630.4414-0.02210.00750.5287-0.06970.376134.017-100.498-14.03
122.1013-1.0392-0.34630.75610.05370.5731-0.00550.2469-0.1746-0.0190.02790.1841-0.11730.1965-0.02230.36220.02090.0160.6214-0.17510.374424.23-109.696-36.628
130.5785-0.44920.41561.9448-0.58572.19220.0361-0.2141-0.0810.1946-0.0240.0289-0.1310.081-0.0120.5045-0.095-0.00980.5925-0.00490.240529.008-107.98553.152
141.06550.59440.4310.741-0.05252.01960.1791-0.14810.0504-0.142-0.321-0.1091-0.06750.3050.14180.3935-0.03570.02560.58240.0620.411142.715-105.44830.93
151.04870.5232-0.79091.142-0.44971.6883-0.0074-0.0110.0043-0.0323-0.00630.03750.0720.01240.01370.5330.06760.03910.41230.04340.3860.215-34.65839.881
160.73390.5207-0.04271.8948-0.26430.98590.17550.31070.2004-0.05730.02410.12920.1508-0.2853-0.19950.47280.0601-0.00730.55740.12510.3449-7.358-24.0216.538
172.2765-0.81510.0770.4220.21531.424-0.637-0.3263-0.06370.27080.33650.0820.03540.09780.30051.01520.41650.05840.57770.05730.06727.5168.4359.954
180.84050.35650.1610.98060.57340.3586-0.09650.14730.18260.28320.0805-0.05210.110.08680.0160.7172-0.0898-0.19320.45440.0850.296638.92515.69437.596
190.6058-0.4040.19291.6211-0.99311.6021-0.10140.1285-0.08040.3542-0.12050.1606-0.32810.24070.22180.644-0.0397-0.03340.38910.03590.317815.34530.40513.803
200.2599-0.3398-0.2941.52390.49181.1952-0.0995-0.1182-0.19510.26340.22630.3462-0.44630.1609-0.12670.89050.15330.2650.27740.11720.32213.5924.13636.851
210.9368-0.51920.19451.5875-0.42442.17180.03830.16140.0597-0.309-0.15620.06420.06230.17090.1180.5520.00830.00780.66640.01890.122416.478-82.27-60.143
220.9657-0.1179-0.04361.53860.13950.4776-0.10790.22890.11640.1404-0.0781-0.01860.0090.12920.18590.4469-0.1069-0.01490.61130.04090.312920.237-74.786-33.675
230.8810.3074-0.65031.3782-0.32732.5172-0.03930.18720.0844-0.18920.1035-0.01450.0885-0.0887-0.06420.54350.05510.02910.53870.08520.243421.358-19.948-6.111
240.5943-0.4023-0.63781.15560.42940.8659-0.0142-0.1617-0.2125-0.088-0.1178-0.015-0.0313-0.05820.13190.47120.09830.06550.48950.09640.422628.249-32.0316.491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 400
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6F9 - 400
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8H9 - 400
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10J9 - 400
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12L9 - 400
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 155
14X-RAY DIFFRACTION14N9 - 400
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16P8 - 400
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 155
18X-RAY DIFFRACTION18R9 - 400
19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 155
20X-RAY DIFFRACTION20T9 - 400
21X-RAY DIFFRACTION21U1 - 155
22X-RAY DIFFRACTION22V85 - 400
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 155
24X-RAY DIFFRACTION24X9 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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