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Yorodumi- PDB-6fol: Domain II of the human copper chaperone in complex with human Cu,... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6fol | ||||||||||||||||||
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| Title | Domain II of the human copper chaperone in complex with human Cu,Zn superoxide dismutase | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | METAL BINDING PROTEIN / heterodimer / copper-chaperone / hSOD1 / protein maturation | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationsuperoxide dismutase copper chaperone activity / action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth ...superoxide dismutase copper chaperone activity / action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / cellular response to ATP / cellular response to cadmium ion / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / protein-disulfide reductase activity / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / response to amphetamine / thymus development / protein maturation / placenta development / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / regulation of mitochondrial membrane potential / response to nutrient levels / locomotory behavior / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / cadherin binding / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Sala, F.A. / Wright, G.S.A. / Antonyuk, S.V. / Garratt, R.C. / Hasnain, S.S. | ||||||||||||||||||
| Funding support | United Kingdom, Brazil, 5items
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Citation | Journal: Plos Biol. / Year: 2019Title: Molecular recognition and maturation of SOD1 by its evolutionarily destabilised cognate chaperone hCCS. Authors: Sala, F.A. / Wright, G.S.A. / Antonyuk, S.V. / Garratt, R.C. / Hasnain, S.S. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6fol.cif.gz | 465.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6fol.ent.gz | 388.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6fol.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6fol_validation.pdf.gz | 966.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6fol_full_validation.pdf.gz | 972 KB | Display | |
| Data in XML | 6fol_validation.xml.gz | 44.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6fol_validation.cif.gz | 61.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fol | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6fn8C ![]() 6foiC ![]() 6fonC ![]() 6fp6C ![]() 1do5S ![]() 2c9vS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules ADEHBCFG
| #1: Protein | Mass: 15816.517 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Truncation of Domains: I and III Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: hCCS Domain II with additional residues (GA) from HISTAG Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CCS / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 15763.432 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C57A; C146A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SOD1 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 281 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.15 Å3/Da / Density % sol: 70.38 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 25% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M PCTP buffer pH 7.0 (sodium propionate, sodium cacodylate, and BIS-TRIS propane in the molar ratios 2:1:2, respectively) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97857 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.55→49.4 Å / Num. obs: 64704 / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.55→2.69 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9558 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.335 / Rrim(I) all: 0.877 / % possible all: 97.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1DO5, 2C9V Resolution: 2.55→46.974 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 27.37 / Details: TLS and NCS were used
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→46.974 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom,
Brazil, 5items
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