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- PDB-6fp3: The crystal structure of EncM complexed with dioxygen under 5 bar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fp3
タイトルThe crystal structure of EncM complexed with dioxygen under 5 bar of oxygen pressure.
要素Putative FAD-dependent oxygenase EncM
キーワードFLAVOPROTEIN / nooxygenase / flavin-N5-oxide / FAD / EncM / oxygenating species / oxygen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 ...: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / OXYGEN MOLECULE / Putative FAD-dependent oxygenase EncM
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces maritimus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.976 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationTE 931/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Enzymatic control of dioxygen binding and functionalization of the flavin cofactor.
著者: Saleem-Batcha, R. / Stull, F. / Sanders, J.N. / Moore, B.S. / Palfey, B.A. / Houk, K.N. / Teufel, R.
履歴
登録2018年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,56812
ポリマ－200,2974
非ポリマー3,2708
水18,3391018
1
A: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
B: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7846
ポリマ－100,1492
非ポリマー1,6354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
2
C: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
D: Putative FAD-dependent oxygenase EncM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7846
ポリマ－100,1492
非ポリマー1,6354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area29880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.690, 175.144, 131.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質
Putative FAD-dependent oxygenase EncM


分子量: 50074.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces maritimus (バクテリア)
遺伝子: encM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KHK2
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1018 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.2M calcium acetate, 20% PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.975→48.91 Å / Num. obs: 131502 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.1701402375 Å2 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル最高解像度: 1.975 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11rc1_2513: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.976→48.91 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 6560 5 %
Rwork0.1819 --
obs0.1834 131257 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.976→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13920 0 220 1018 15158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86320012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.85164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062616
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9759-1.99840.3161790.27043154X-RAY DIFFRACTION76
1.9984-2.02190.29451910.24174168X-RAY DIFFRACTION99
2.0219-2.04650.29182210.22774190X-RAY DIFFRACTION99
2.0465-2.07240.27212270.22984133X-RAY DIFFRACTION99
2.0724-2.09970.31382020.23854165X-RAY DIFFRACTION99
2.0997-2.12850.28352220.22484153X-RAY DIFFRACTION99
2.1285-2.15890.25592170.2044173X-RAY DIFFRACTION99
2.1589-2.19110.24182320.20764170X-RAY DIFFRACTION99
2.1911-2.22530.2461910.20434171X-RAY DIFFRACTION99
2.2253-2.26180.2582230.2034075X-RAY DIFFRACTION97
2.2618-2.30080.22312290.20074117X-RAY DIFFRACTION98
2.3008-2.34270.23352140.19554157X-RAY DIFFRACTION100
2.3427-2.38770.2462060.20034215X-RAY DIFFRACTION100
2.3877-2.43650.23822210.19294225X-RAY DIFFRACTION100
2.4365-2.48940.232320.19024168X-RAY DIFFRACTION100
2.4894-2.54730.22912650.18764159X-RAY DIFFRACTION100
2.5473-2.6110.23012450.19514165X-RAY DIFFRACTION100
2.611-2.68160.21642350.19234209X-RAY DIFFRACTION100
2.6816-2.76050.2412250.19324168X-RAY DIFFRACTION100
2.7605-2.84960.22512210.1864213X-RAY DIFFRACTION100
2.8496-2.95150.21712450.18554183X-RAY DIFFRACTION100
2.9515-3.06960.2112110.18554242X-RAY DIFFRACTION100
3.0696-3.20930.21672210.18134189X-RAY DIFFRACTION99
3.2093-3.37850.22651840.18174112X-RAY DIFFRACTION96
3.3785-3.59010.20811930.17164268X-RAY DIFFRACTION100
3.5901-3.86720.18292140.1534263X-RAY DIFFRACTION100
3.8672-4.25610.13432260.154261X-RAY DIFFRACTION100
4.2561-4.87150.15711990.14214294X-RAY DIFFRACTION100
4.8715-6.13570.20782460.17664265X-RAY DIFFRACTION99
6.1357-48.92470.20712230.194272X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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