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- PDB-6fnz: Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fnz
タイトルCrystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin
要素
  • Neuronal migration protein doublecortin
  • possible peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / DCX DOMAIN / UBIQUITIN-LIKE FOLD / MICROTUBULE ASSOCIATED / DOMAIN SWAP / ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION
機能・相同性
機能・相同性情報


axoneme assembly / Neurofascin interactions / microtubule associated complex / central nervous system development / neuron migration / nervous system development / retina development in camera-type eye / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton ...axoneme assembly / Neurofascin interactions / microtubule associated complex / central nervous system development / neuron migration / nervous system development / retina development in camera-type eye / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / neuron projection / intracellular signal transduction / protein kinase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neuronal migration protein doublecortin, chordata / Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal migration protein doublecortin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Stihle, M. / Benz, J. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Domain swap in the C-terminal ubiquitin-like domain of human doublecortin.
著者: Rufer, A.C. / Kusznir, E. / Burger, D. / Stihle, M. / Ruf, A. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal migration protein doublecortin
B: Neuronal migration protein doublecortin
C: Neuronal migration protein doublecortin
D: Neuronal migration protein doublecortin
E: possible peptide
F: possible peptide
G: possible peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1687
ポリマ－38,1687
非ポリマー00
水72140
1
A: Neuronal migration protein doublecortin
C: Neuronal migration protein doublecortin
F: possible peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7823
ポリマ－18,7823
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuronal migration protein doublecortin
D: Neuronal migration protein doublecortin
E: possible peptide
G: possible peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3864
ポリマ－19,3864
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.450, 98.450, 114.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-3-

SER

21B-403-

HOH

31D-405-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Neuronal migration protein doublecortin / Doublin / Lissencephalin-X / Lis-X


分子量: 9088.683 Da / 分子数: 4
断片: C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCX, DBCN, LISX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43602
#2: タンパク質・ペプチド possible peptide


分子量: 604.565 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→44.028 Å / Num. obs: 29591 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.26 % / Biso Wilson estimate: 60.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 12.86 / Num. measured all: 244277 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
2.18-2.233.9094.7690.275691218814565.46966.5
2.23-2.297.6633.2260.716491216121523.45999.60.331
2.29-2.368.9562.3291.0618620208120792.47199.90.489
2.36-2.438.8491.8471.3317848201720171.9611000.524
2.43-2.518.5921.3351.8517107199119911.421000.731
2.51-2.68.3881.0122.3715803188418841.0791000.776
2.6-2.78.8880.723.3816497185618560.7641000.899
2.7-2.818.9750.4695.0416030178617860.4981000.957
2.81-2.938.7990.3267.1114923169616960.3461000.973
2.93-3.088.3870.21110.0713863165316530.2251000.986
3.08-3.248.3540.15413.2313066156415640.1641000.992
3.24-3.448.9010.11517.6113192148414820.12299.90.995
3.44-3.688.6550.07325.0912143140314030.0771000.998
3.68-3.978.2920.0629.9710829130613060.0641000.998
3.97-4.358.0470.05134.069793121712170.0551000.998
4.35-4.868.5590.04439.379501111011100.0461000.999
4.86-5.628.2240.04438.6581429909900.0471000.998
5.62-6.887.7340.04137.966208578560.04499.90.998
6.88-9.737.9410.03341.7953766776770.0351000.999
9.73-44.0286.5910.02939.3127424264160.03197.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12rc1_2801精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: modified PDB entry 5ip4

5ip4


解像度: 2.23→44.028 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 1428 5.08 %random
Rwork0.2075 26673 --
obs0.2088 28101 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.69 Å2 / Biso mean: 78.9177 Å2 / Biso min: 40.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→44.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2598 0 0 40 2638
Biso mean---60.92 -
残基数----333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9223618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0841648
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2298-2.30950.38471310.37772586271799
2.3095-2.4020.38971380.344326492787100
2.402-2.51130.39231450.32926102755100
2.5113-2.64370.30931390.301626092748100
2.6437-2.80930.31831410.277226532794100
2.8093-3.02620.27991540.261126412795100
3.0262-3.33060.27331520.238826462798100
3.3306-3.81230.21881560.213226682824100
3.8123-4.80220.20721370.158527312868100
4.8022-44.03670.16651350.168328803015100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5824-0.36050.28650.1047-0.14770.12250.1871-0.5416-0.3620.1047-0.2665-0.99120.512-0.2963-0.00870.4913-0.05690.14790.4147-0.06360.7653-32.9486-6.0124-28.2105
20.3214-0.4694-0.6285-0.15140.0890.25990.0013-0.6976-0.27930.29060.2513-0.0083-0.21010.09210.00050.4809-0.00790.0570.64810.05440.4969-40.3658-3.6286-15.7578
30.0999-0.04690.00160.11950.10290.11270.47740.12130.0729-0.197-0.6376-0.97680.82921.1614-0.00120.8480.08760.22510.8213-0.28351.3276-31.0244-17.2981-30.4427
40.57010.1836-0.2855-0.0253-0.15360.48720.133-0.114-0.61740.63330.7762-0.45310.97290.23920.00010.6906-0.0467-0.05460.4864-0.04760.6353-36.1119-14.3001-17.2591
50.09710.6120.21060.93140.5970.42890.5792-0.75780.7022-0.1425-0.30250.0034-1.36030.80670.01190.5547-0.18270.04910.97520.01110.5807-35.8121-1.82448.7626
61.03-0.75220.32581.14750.44050.47960.1843-0.75370.42810.715-0.1077-0.165-1.21090.70270.00120.5658-0.0702-0.07670.89980.04210.4806-38.0883-6.898612.7236
70.8887-0.1851-0.90170.1676-0.19762.0211.2797-1.5430.1023-0.0244-1.31210.25941.74221.7965-0.06381.07870.0814-0.02780.8299-0.17080.7594-47.3298-28.069414.946
8-0.1770.1171-0.99821.2098-0.87521.07790.00330.19720.0492-0.1750.12440.1897-0.2412-0.3529-0.00010.4750.0191-0.03950.47680.00230.6053-46.7291-34.6275-0.2427
90.47970.70380.72121.09981.01391.02680.17630.3403-0.5861-0.41320.15860.8653-1.0510.02660.050.61330.23070.04080.61230.04760.6284-51.4348-29.7268-3.4434
101.2101-0.6853-0.10210.41390.17150.1443-0.26110.2197-0.7114-0.54240.5619-1.179-0.35640.62050.00810.7059-0.27990.02050.8731-0.16980.745-42.6948-37.5803-29.7232
110.33560.33960.32620.298-0.03540.0632-0.1280.6201-0.8359-0.8204-0.0611-0.03050.44561.3361-0.02650.8307-0.1952-0.04270.6758-0.01720.5133-47.7798-35.7945-33.9583
120.96550.18240.08080.54140.66290.8540.30950.21150.19270.0223-0.0010.1012-0.07690.61470.00070.60090.08810.02470.52110.0040.4414-43.3967-10.81254.8804
130.2360.1960.73861.0872-0.34281.62060.76560.7443-0.9972-0.20210.5275-0.73250.50551.89750.1440.40620.167-0.10621.0215-0.07810.7687-32.3231-14.07996.3196
140.80650.18960.59950.6391-0.30541.856-0.1769-0.0275-0.6270.20740.73861.2974-0.3754-1.08750.0940.6342-0.167-0.05820.58470.07440.6017-47.0581-12.2752-22.659
150.4170.11390.06350.89570.60370.3158-0.00920.1979-0.409-0.6478-0.0528-0.11750.0497-0.7672-0.01010.6057-0.09350.08660.5455-0.01080.5958-42.4008-9.8571-27.0663
160.0668-0.1919-0.33360.21930.40210.7129-0.04690.15590.3734-0.3141-0.39340.07090.9453-0.4553-0.08430.4539-0.0185-0.20990.63690.00780.7834-55.0575-30.4391-36.0897
170.11960.16790.4630.63280.42270.7389-0.1625-0.50730.50650.0843-0.1014-0.5021-0.21850.032-0.00060.64460.047-0.1580.5667-0.08990.6294-53.447-39.1645-22.8046
182.33920.8039-0.28870.9270.65830.93870.526-0.2858-0.49760.41210.33161.3828-0.31840.76280.41031.9862-0.2841-0.4902-0.044601.3782-51.7912-21.4361-34.2808
190.2138-0.26620.14330.5843-0.45570.294-0.26150.0050.1872-0.14130.6079-0.0691-0.7824-0.55810.01390.6708-0.0969-0.08230.6383-0.06840.5947-48.8562-28.4864-23.5434
202.04170.7916-0.78461.295-0.37770.40540.1427-0.0494-0.56260.810.11990.5053-0.4654-0.5684-00.55240.11970.08460.61970.04530.5602-54.3239-38.35334.265
212.55921.0081-3.55524.9802-4.64927.2054-1.8063-0.42420.3247-0.8103-1.43250.319-0.3037-0.1973-1.09291.06630.0394-0.450.5567-0.27681.5442-51.6803-52.2606-0.1644
223.9398-0.1346-5.54141.74710.24527.8862-2.81270.64310.26120.1801-0.68370.87990.55471.1643-2.88370.76810.0305-0.16850.79990.26521.0618-52.75110.4482-20.9755
230.5803-0.23390.27440.2494-0.07230.1253-1.01570.1305-0.4057-0.1636-1.1061-0.6127-1.6341-0.6223-1.10290.6619-0.0805-0.0880.9204-0.27851.359-48.255-51.0087-28.855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 258 through 265 )A258 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 266 through 280 )A266 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 281 through 287 )A281 - 287
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 288 through 302 )A288 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 303 through 319 )A303 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 320 through 335 )A320 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 255 through 260 )B255 - 260
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 261 through 287 )B261 - 287
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 288 through 302 )B288 - 302
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 303 through 319 )B303 - 319
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 320 through 335 )B320 - 335
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 259 through 280 )C259 - 280
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 281 through 302 )C281 - 302
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 303 through 319 )C303 - 319
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 320 through 335 )C320 - 335
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 257 through 265 )D257 - 265
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 266 through 280 )D266 - 280
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 281 through 287 )D281 - 287
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 288 through 302 )D288 - 302
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 303 through 335 )D303 - 335
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 0 through 5 )E0 - 5
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 0 through 5 )F0 - 5
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 0 through 5 )G0 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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