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万見
- PDB-6fm5: Crystal structure of self-complemented CsuA/B major subunit from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fm5
タイトルCrystal structure of self-complemented CsuA/B major subunit from archaic chaperone-usher Csu pili of Acinetobacter baumannii
要素CsuA/B,CsuA/B,CsuA/B,CsuA/B
キーワードCELL ADHESION / Ig-like fold / beta sandwich / donor-strand complementation
機能・相同性Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / CsuA/B
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Pakharukova, N.A. / Tuitilla, M. / Paavilainen, S. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland273075 フィンランド
Juselius Foundation フィンランド
Magnus Ehrnrooth foundation フィンランド
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Archaic and alternative chaperones preserve pilin folding energy by providing incomplete structural information.
著者: Pakharukova, N. / McKenna, S. / Tuittila, M. / Paavilainen, S. / Malmi, H. / Xu, Y. / Parilova, O. / Matthews, S. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CsuA/B,CsuA/B,CsuA/B,CsuA/B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6431
ポリマ－17,6431
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.214, 92.018, 34.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CsuA/B,CsuA/B,CsuA/B,CsuA/B


分子量: 17643.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: csuA/B / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q6XBY7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28-30% PEG, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.8726
シンクロトロンESRF ID23-120.979
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2015年6月16日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2015年5月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.87261
20.9791
反射解像度: 1.47→49.21 Å / Num. obs: 27069 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 116430
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.524.10.7411060825910.6330.4120.8521.899.5
5.69-49.2140.03121875460.9980.0170.03633.999.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALA0.5.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→46.009 Å / FOM work R set: 0.8506 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2191 1355 5.01 %
Rwork0.1967 25664 -
obs0.1979 27019 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.55 Å2 / Biso mean: 19.69 Å2 / Biso min: 7.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→46.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1137 0 0 171 1308
Biso mean---27.13 -
残基数----157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.371573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.639394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.47-1.52260.30281270.26962508263599
1.5226-1.58350.32031370.25325392676100
1.5835-1.65560.23951100.230625532663100
1.6556-1.74290.24371550.215325142669100
1.7429-1.85210.22391250.19725582683100
1.8521-1.99510.20391470.178625502697100
1.9951-2.19590.21151370.17352530266799
2.1959-2.51360.18881360.181425692705100
2.5136-3.16680.21681490.201726212770100
3.1668-46.03150.21511320.19332722285499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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