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- PDB-6fld: Carbamylated T. californica acetylcholineterase bound to uncharge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fld
タイトルCarbamylated T. californica acetylcholineterase bound to uncharged hybrid reactivator 1
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE / Acetylcholinesterase Hybrid reactivators Organophosphate inhibition Structure-based optimization
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / choline metabolic process / acetylcholinesterase activity / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Chem-DQ5 / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Tetronarce californica (エイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者De la Mora, E. / Santoni, G. / de Souza, J. / Sussman, J. / Silman, I. / Baati, R. / Weik, M. / Nachon, F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French Ministry of Armed Forces (DGA and SSA) フランス
ANR ASTRID programReCNSAChE フランス
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Optimization of Nonquaternary Reactivators of Acetylcholinesterase Inhibited by Organophosphorus Nerve Agents.
著者: Santoni, G. / de Sousa, J. / de la Mora, E. / Dias, J. / Jean, L. / Sussman, J.L. / Silman, I. / Renard, P.Y. / Brown, R.C.D. / Weik, M. / Baati, R. / Nachon, F.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,94914
ポリマ－60,2791
非ポリマー1,67013
水3,819212
1
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子

A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,89828
ポリマ－120,5582
非ポリマー3,34026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_767-x+2,-x+y+1,-z+7/31
Buried area6680 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area39310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.010, 114.010, 136.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 60279.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetronarce californica (エイ) / 遺伝子: ache / 発現宿主: Tetronarce californica (エイ) / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 222分子

#3: 化合物 ChemComp-DQ5 / 2-[(~{E})-hydroxyiminomethyl]-6-[4-(1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-ylamino)butyl]pyridin-3-ol


分子量: 390.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O2
#4: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 / 詳細: PEG 200 30 %, MES 100 mM pH 5.4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.32 Å / Num. obs: 40520 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→37.32 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 24.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1992 4.9 %
Rwork0.18 --
obs0.18 40520 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4234 0 104 214 4552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0496096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4221645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008789
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4024-2.46250.3645301955351400.3003298903482646X-RAY DIFFRACTION97.1747471224
2.4625-2.5290.3043119252531410.2764639743062731X-RAY DIFFRACTION99.5839112344
2.529-2.60340.2870793498461380.2528070872862708X-RAY DIFFRACTION99.7546442341
2.6034-2.68740.2986976834661410.2379083164352712X-RAY DIFFRACTION99.6855345912
2.6874-2.78350.2607628581811400.2195981600122744X-RAY DIFFRACTION99.9306999307
2.7835-2.89490.2685079159611390.2117409598992714X-RAY DIFFRACTION99.8949579832
2.8949-3.02660.2375000346421420.2065713975592733X-RAY DIFFRACTION99.8263888889
3.0266-3.18610.2570620538861480.2168746638652772X-RAY DIFFRACTION99.8973657202
3.1861-3.38550.2779661733431390.1982605782152716X-RAY DIFFRACTION100
3.3855-3.64670.2426484314691440.1749315892642768X-RAY DIFFRACTION99.8628257888
3.6467-4.01330.1831104532681410.1541264137482759X-RAY DIFFRACTION99.9655291279
4.0133-4.59320.1426946018571480.13286749992786X-RAY DIFFRACTION99.9659284497
4.5932-5.78350.1474590521811430.1424441535652814X-RAY DIFFRACTION99.9324095978
5.7835-37.3230.1845415925431480.1651436281142925X-RAY DIFFRACTION99.8700032499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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