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- PDB-6fkx: Crystal structure of an acetyl xylan esterase from a desert metagenome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fkx
タイトルCrystal structure of an acetyl xylan esterase from a desert metagenome
要素(Acetyl xylan ...) x 3
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate-active enzyme / acetyl xylan esterase / alpha-beta hydrolase / 7-ACA deacetylase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Adesioye, F.A. / Makhalanyane, T.P. / Vikram, S. / Sewell, B.T. / Schubert, W. / Cowan, D.A.
資金援助 南アフリカ, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (South Africa) 南アフリカ
引用ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Structural Characterization and Directed Evolution of a Novel Acetyl Xylan Esterase Reveals Thermostability Determinants of the Carbohydrate Esterase 7 Family.
著者: Adesioye, F.A. / Makhalanyane, T.P. / Vikram, S. / Sewell, B.T. / Schubert, W.D. / Cowan, D.A.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
D: Acetyl xylan esterase
C: Acetyl xylan esterase
E: Acetyl xylan esterase
F: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,32227
ポリマ－214,5046
非ポリマー2,81821
水40,7862264
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20940 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area64050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.680, 116.820, 159.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Acetyl xylan ... , 3種, 6分子 ABDEFC

#1: タンパク質 Acetyl xylan esterase


分子量: 36036.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Namib Desert Soil Hypolith / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): Circular with 6X His-tags / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: acetylxylan esterase
#2: タンパク質
Acetyl xylan esterase


分子量: 35760.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Namib Desert Soil Hypolith / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): Circular 6X His-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: acetylxylan esterase
#3: タンパク質 Acetyl xylan esterase


分子量: 35426.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Namib Desert Soil Hypolith / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): Circular, 6X His-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: acetylxylan esterase

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非ポリマー , 5種, 2285分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid (MES) buffers pH 8.5 and 25% PEG 8000 (w/v)
PH範囲: 6.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月9日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.026→89.23 Å / Num. obs: 130734 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.06564 / Rpim(I) all: 0.06564 / Rrim(I) all: 0.09283 / Net I/σ(I): 10.02
反射 シェル解像度: 2.026→2.099 Å / Rmerge(I) obs: 0.3479 / Rpim(I) all: 0.3479 / Rrim(I) all: 0.4921

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FCY

3fcy


解像度: 2.03→89.23 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 --
Rwork0.1692 --
obs-130719 99.95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→89.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15134 0 112 2264 17510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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