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- PDB-6fkw: Europium-containing methanol dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fkw
タイトルEuropium-containing methanol dehydrogenase
要素Methanol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rare earth element / methanol dehydrogenase / PQQ
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (cytochrome c) activity / alcohol dehydrogenase (cytochrome c) / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PQQ-like domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EUROPIUM ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylacidiphilum fumariolicum SolV (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Barends, T. / Dietl, A.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
ERCERC Advanced Grant project VOLCANO 669371 オランダ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: Similar but not the same: First Kinetic and Structural Analyses of a Methanol Dehydrogenase Containing a Europium Ion in the Active Site.
著者: Jahn, B. / Pol, A. / Lumpe, H. / Barends, T. / Dietl, A. / Hogendoorn, C. / Op den Camp, H. / Daumann, L.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanol dehydrogenase
B: Methanol dehydrogenase
C: Methanol dehydrogenase
D: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,53112
ポリマ－254,6024
非ポリマー1,9298
水27,5271528
1
A: Methanol dehydrogenase
C: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2656
ポリマ－127,3012
非ポリマー9644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area34310 Å2
手法PISA
2
B: Methanol dehydrogenase
D: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2656
ポリマ－127,3012
非ポリマー9644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area34560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.080, 101.180, 107.790
Angle α, β, γ (deg.)115.21, 97.53, 91.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Methanol dehydrogenase


分子量: 63650.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylacidiphilum fumariolicum SolV (バクテリア)
参照: UniProt: I0JWN7, methanol dehydrogenase (cytochrome c), alcohol dehydrogenase (cytochrome c)
#2: 化合物
ChemComp-EU / EUROPIUM ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物
ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 24% w/v PEG 8000, 0.3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9773 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9773 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 352259 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4MAE

4mae


解像度: 1.4→96.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 2.997 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18484 18419 5 %RANDOM
Rwork0.16855 ---
obs0.16939 352259 90.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å2-0.01 Å20.02 Å2
2---0.24 Å20.14 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→96.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17940 0 100 1528 19568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0218609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.9425352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.731339168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62252310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58424.463838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.826152846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0481572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.22602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.02121484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.024420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6441.3139225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6441.3139224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0221.9711528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0221.9711529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0671.4459384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0671.4459381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6772.11413818
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.95912.29922892
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84411.65922300
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 1334 -
Rwork0.369 24802 -
obs--86.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6062-0.13330.02122.0664-0.26880.5422-0.0489-0.1194-0.11070.24690.13330.28730.0727-0.0384-0.08440.31130.05570.03780.1754-0.02580.1411-28.542-75.8287-55.6344
20.6279-0.19810.10050.6724-0.11870.4053-0.01650.00660.0588-0.02910.0150.0279-0.0052-0.01540.00140.01-0.02340.0020.1004-0.05560.0629-17.6907-14.2695-11.3558
30.3136-0.04990.0611.01830.02250.7272-0.04040.01770.01-0.04010.0352-0.0247-0.0160.05570.00520.0454-0.00770.0180.1302-0.0460.0603-19.8604-29.2809-63.5377
40.40670.1402-0.03591.3032-0.17550.36950.01710.0054-0.0359-0.0522-0.0251-0.04540.075-0.02560.0080.0409-0.0320.00120.1128-0.04880.0506-3.1294-59.989-9.4839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 576
2X-RAY DIFFRACTION1D602
3X-RAY DIFFRACTION1D601
4X-RAY DIFFRACTION2A1 - 576
5X-RAY DIFFRACTION2A602
6X-RAY DIFFRACTION2A601
7X-RAY DIFFRACTION3B1 - 576
8X-RAY DIFFRACTION3B602
9X-RAY DIFFRACTION3B601
10X-RAY DIFFRACTION4C1 - 576
11X-RAY DIFFRACTION4C602
12X-RAY DIFFRACTION4C601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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