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- PDB-4mae: Methanol dehydrogenase from Methylacidiphilum fumariolicum SolV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mae
タイトルMethanol dehydrogenase from Methylacidiphilum fumariolicum SolV
要素Methanol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / PQQ / lanthanide ion / cerium ion
機能・相同性
機能・相同性情報


lanthanide-dependent methanol dehydrogenase / alcohol dehydrogenase (cytochrome c) activity / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol metabolic process / periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PQQ-like domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CERIUM (III) ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylacidiphilum fumariolicum SolV (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pol, A.J. / Barends, T.R.M. / Dietl, A. / Khadem, A.F. / Eygenstein, J. / Jetten, M.S.M. / Op den Camp, H.J.M.
引用ジャーナル: ENVIRON.MICROBIOL. / 年: 2014
タイトル: Rare earth metals are essential for methanotrophic life in volcanic mudpots.
著者: Pol, A. / Barends, T.R. / Dietl, A. / Khadem, A.F. / Eygensteyn, J. / Jetten, M.S. / Op den Camp, H.J.
履歴
登録2013年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanol dehydrogenase
B: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3018
ポリマ－127,3012
非ポリマー4,0006
水19,5461085
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area34610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.700, 75.500, 136.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE DIMERIZATION IS CONFIRMED BY ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION.

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要素

#1: タンパク質 Methanol dehydrogenase


分子量: 63650.480 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-611 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylacidiphilum fumariolicum SolV (バクテリア)
参照: UniProt: I0JWN7, methanol dehydrogenase (cytochrome c), alcohol dehydrogenase (cytochrome c)
#2: 化合物 ChemComp-CE / CERIUM (III) ION


分子量: 140.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ce
#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1085 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RESERVOIR: 22%w/v PEG 8000, 0.2M NaCl, without buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9718 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月30日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 125838 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -999 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 55.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HEIDIデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.645 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -999 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18895 6623 5 %RANDOM
Rwork0.16125 ---
obs0.16263 125838 89.689 %-
all-125838 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20.49 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8988 0 57 1085 10130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.94312727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84315118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90751160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.31724.515423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.549151429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9851536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4021.55705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0941.52389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75629145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30933634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1384.53579
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 251 -
Rwork0.267 4772 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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