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- PDB-6fkq: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A FRAGMENT OF NETRIN-1 IN COMPLEX WITH A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fkq
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A FRAGMENT OF NETRIN-1 IN COMPLEX WITH A FRAGMENT OF DRAXIN
要素
  • Draxin
  • Netrin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / AXON GUIDANCE CUE / NETRIN-1 / DRAXIN / COMMISSURAL NEURON
機能・相同性
機能・相同性情報


commissural neuron differentiation in spinal cord / dorsal spinal cord development / anterior commissure morphogenesis / regulation of glial cell migration / DSCAM interactions / chemorepulsion of axon / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / anterior/posterior axon guidance / hippocampal neuron apoptotic process / Cdc42 protein signal transduction ...commissural neuron differentiation in spinal cord / dorsal spinal cord development / anterior commissure morphogenesis / regulation of glial cell migration / DSCAM interactions / chemorepulsion of axon / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / anterior/posterior axon guidance / hippocampal neuron apoptotic process / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / nuclear migration / positive regulation of cell motility / DCC mediated attractive signaling / inner ear morphogenesis / regulation of synapse assembly / basement membrane / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / forebrain development / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / Ras protein signal transduction / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / extracellular region / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Draxin / Draxin / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai ...Draxin / Draxin / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Galactose-binding domain-like / EGF-like domain signature 1. / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Netrin-1 / Draxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Bhowmick, T. / Meijers, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号
Marie Curie CoFUND ドイツ
引用ジャーナル: Neuron / : 2018
タイトル: Structural Basis for Draxin-Modulated Axon Guidance and Fasciculation by Netrin-1 through DCC.
著者: Ying Liu / Tuhin Bhowmick / Yiqiong Liu / Xuefan Gao / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Junyu Xiao / Yan Zhang / Jia-Huai Wang / Rob Meijers /
要旨: Axon guidance involves the spatiotemporal interplay between guidance cues and membrane-bound cell-surface receptors, present on the growth cone of the axon. Netrin-1 is a prototypical guidance cue ...Axon guidance involves the spatiotemporal interplay between guidance cues and membrane-bound cell-surface receptors, present on the growth cone of the axon. Netrin-1 is a prototypical guidance cue that binds to deleted in colorectal cancer (DCC), and it has been proposed that the guidance cue Draxin modulates this interaction. Here, we present structural snapshots of Draxin/DCC and Draxin/Netrin-1 complexes, revealing a triangular relationship that affects Netrin-mediated haptotaxis and fasciculation. Draxin interacts with DCC through the N-terminal four immunoglobulin domains, and Netrin-1 through the EGF-3 domain, in the same region where DCC binds. Netrin-1 and DCC bind to adjacent sites on Draxin, which appears to capture Netrin-1 and tether it to the DCC receptor. We propose the conformational flexibility of the single-pass membrane receptor DCC is used to promote fasciculation and regulate axon guidance through concerted Netrin-1/Draxin binding. VIDEO ABSTRACT.
履歴
登録2018年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
B: Draxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,70017
ポリマ-49,1302
非ポリマー2,56915
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.794, 130.794, 183.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Netrin-1 / Epididymis tissue protein Li 131P


分子量: 46827.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NETRIN-1 IS A PROTOTYPICAL AXON GUIDANCE CUE THAT BINDS TO THE RECEPTOR DELETED IN COLORECTAL CANCER (DCC).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTN1, NTN1L / プラスミド: PXLG / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY / 参照: UniProt: O95631
#2: タンパク質・ペプチド Draxin / Dorsal inhibitory axon guidance protein / Dorsal repulsive axon guidance protein / Neucrin


分子量: 2302.597 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 225-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DRAXIN, C1orf187, PSEC0258, UNQ3119/PRO10268 / プラスミド: PXLG / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY / 参照: UniProt: Q8NBI3

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, 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 12分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M SODIUM CITRATE, AT PH 4 TO PH 5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 4-5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→54.13 Å / Num. obs: 18063 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.9 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.07→3.23 Å / 冗長度: 18.6 % / Rmerge(I) obs: 2.897 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4URT
解像度: 3.07→54.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 23.425 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.826 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 874 4.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.237 17128 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å21.21 Å20 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----7.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.07→54.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3420 0 155 0 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.023250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.9824993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.74437507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0035432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40522.753178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.11315568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2031537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.02874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3947.3341736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3817.3311735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.18610.9942164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.18510.9982165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8877.9871948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8867.9871948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.43611.7892830
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.1687.8383929
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.1687.8343929
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 63 -
Rwork0.395 1222 -
obs--99.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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