PDB-6fjk: Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fjk

タイトル

Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in complex with myo-IP6 and ADP

要素

Inositol-pentakisphosphate 2-kinase

キーワード

TRANSFERASE / IPK1 / MYO-IP6

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / inositol phosphate biosynthetic process / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.025 Å

データ登録者

Whitfield, H.L. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: A Fluorescent Probe Identifies Active Site Ligands of Inositol Pentakisphosphate 2-Kinase.
著者: Whitfield, H. / Gilmartin, M. / Baker, K. / Riley, A.M. / Godage, H.Y. / Potter, B.V.L. / Hemmings, A.M. / Brearley, C.A.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_remark ...audit_author / database_PDB_remark / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name / _database_PDB_remark.text
改定 2.0	2020年10月7日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fjk.cif.gz	357.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fjk.ent.gz	286.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fjk_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fjk_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6fjk_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	6fjk_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fl3C 6fl8C 6gfgC 6gfhC 2xamS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fl3-1 6gfh-2 6fl8-1 6gfh-1 5xv3-2 6fl3-2 5xuy-1 5xv4-2 2fbq-1 5xv3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase

B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.810, 60.340, 83.980
Angle α, β, γ (deg.)	88.530, 89.180, 63.360
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Inositol-pentakisphosphate 2-kinase 分子量: 52863.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AXX17_At5g40720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: A0A178UAB5, UniProt: Q93YN9*PLUS, inositol-pentakisphosphate 2-kinase

-
非ポリマー , 6種, 462分子

#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆ 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: IPK1 At5g42810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: inositol-pentakisphosphate 2-kinase
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 % / 解説: PLATE
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18 % PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 2 mM MgCl2, 25% EG or 35% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 2 mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9173 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.025→83.952 Å / Num. obs: 61224 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.57 Å² / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.099 / R_sym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.025-2.08	2	0.219	3.5	4591	0.413	0.584	0.219	89.9
2.08-2.13	2	0.166	4.7	4363	0.336	0.476	0.166	88.4
2.13-2.2	2	0.15	5.2	4143	0.282	0.398	0.15	87.4
2.2-2.26	1.9	0.13	5.9	3848	0.229	0.324	0.13	81.9
2.26-2.34	1.9	0.102	7.4	3865	0.175	0.248	0.102	85
2.34-2.42	2	0.093	8.1	4010	0.153	0.217	0.093	92.7
2.42-2.51	2	0.078	9.5	3928	0.128	0.181	0.078	92.9
2.51-2.61	2	0.075	9.8	3770	0.118	0.167	0.075	92.5
2.61-2.73	2	0.07	10.1	3534	0.1	0.141	0.07	92.1
2.73-2.86	2	0.061	12	3372	0.088	0.124	0.061	90.9
2.86-3.02	1.9	0.062	10.8	3205	0.081	0.114	0.062	90.2
3.02-3.2	1.9	0.06	11.5	2894	0.073	0.103	0.06	87
3.2-3.42	1.9	0.062	5.5	2564	0.06	0.084	0.062	82.5
3.42-3.7	2	0.052	12.3	2783	0.056	0.079	0.052	94.6
3.7-4.05	2	0.049	13.6	2532	0.053	0.074	0.049	94.4
4.05-4.53	2	0.042	15.7	2283	0.048	0.069	0.042	93.7
4.53-5.23	1.9	0.059	5.9	1963	0.046	0.065	0.059	91.8
5.23-6.4	1.9	0.054	13.5	1515	0.045	0.064	0.054	83.8
6.4-9.06	2	0.09	3.2	1316	0.043	0.061	0.09	94.2
9.06-83.952	2	0.054	12.4	745	0.032	0.045	0.054	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
xia2	データ削減
xia2	データスケーリング
PHENIX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XAM

2xam

解像度: 2.025→83.952 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.33

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2254	3100	5.07 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1779	-	-	-
obs	0.1803	61203	89.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.97 Å² / B_iso mean: 40.5667 Å² / B_iso min: 12.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.025→83.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6675	0	187	452	7314
B_iso mean	-	-	37.79	40.58	-
残基数	-	-	-	-	840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	9373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.666	4218

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.025-2.0566	0.3061	148	0.2452	2686	2834	90
2.0566-2.0903	0.2783	140	0.2242	2671	2811	90
2.0903-2.1264	0.2924	139	0.2148	2570	2709	88
2.1264-2.1651	0.2464	144	0.2167	2589	2733	89
2.1651-2.2067	0.3286	140	0.2179	2529	2669	86
2.2067-2.2518	0.2784	126	0.2075	2435	2561	83
2.2518-2.3007	0.2957	117	0.1948	2308	2425	77
2.3007-2.3542	0.2344	136	0.1853	2672	2808	92
2.3542-2.4131	0.2331	152	0.1829	2797	2949	93
2.4131-2.4784	0.2155	153	0.1776	2706	2859	93
2.4784-2.5513	0.2503	145	0.1761	2749	2894	92
2.5513-2.6337	0.2542	137	0.1772	2731	2868	92
2.6337-2.7278	0.2175	147	0.1804	2708	2855	92
2.7278-2.837	0.2215	126	0.1833	2718	2844	91
2.837-2.9661	0.2565	148	0.1957	2627	2775	91
2.9661-3.1225	0.22	143	0.1896	2602	2745	89
3.1225-3.3182	0.222	129	0.181	2387	2516	80
3.3182-3.5744	0.21	160	0.1672	2706	2866	93
3.5744-3.9341	0.2278	137	0.1589	2809	2946	94
3.9341-4.5033	0.1758	156	0.1463	2748	2904	94
4.5033-5.6735	0.188	139	0.161	2687	2826	91
5.6735-84.0241	0.2174	138	0.1818	2668	2806	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0091	-0.4788	0.8435	0.8337	-0.2685	2.3404	-0.0761	-0.592	-0.3604	0.3686	0.0802	0.0127	0.3879	0.1834	-0.0096	0.4374	-0.0171	-0.0256	0.4375	0.0974	0.2356	16.2517	-0.8766	35.1752
2	1.6543	-0.0191	-1.7737	0.6918	-0.2355	1.8973	-0.0026	0.0317	-0.3476	0.0992	-0.0421	-0.15	0.1097	-0.1415	0.0443	0.2159	0.007	-0.0099	0.2756	0.0276	0.3135	20.8115	-1.399	10.9452
3	2.4665	-1.2051	-0.4615	5.1802	0.705	2.8021	-0.2327	-0.6248	0.0257	0.6173	0.4	-0.3399	0.0666	0.4295	-0.1441	0.2243	-0.0009	-0.0692	0.3557	-0.0159	0.2521	24.4233	9.9197	18.216
4	2.685	-0.2476	1.4014	2.229	-0.1041	2.3346	0.1921	-0.1175	-0.4178	0.3755	0.0388	0.1122	0.3045	0.2105	-0.1868	0.3288	-0.0128	-0.0066	0.2821	0.0454	0.2168	10.0198	-4.6554	24.0628
5	1.7519	-0.2106	-0.4331	1.6536	-0.244	1.6125	0.024	-0.0758	0.1926	0.1943	-0.0906	0.2896	-0.2094	0.0478	0.0228	0.1983	-0.0294	-0.0032	0.1174	-0.049	0.2622	4.1539	17.806	10.3655
6	1.7947	0.1257	-0.169	2.8084	1.1873	2.3437	0.0426	-0.0253	0.3239	0.093	-0.0415	0.4772	-0.2694	-0.3876	0.0283	0.2577	0.0432	0.0424	0.2115	-0.0533	0.364	-2.6189	22.4111	13.6137
7	2.1128	0.0389	0.5061	1.1167	0.6244	2.6827	0.0049	-0.5542	0.2755	0.6735	-0.1331	0.7012	-0.3695	-0.4569	0.0907	0.4853	0.0351	0.2132	0.4097	-0.1097	0.4299	-4.9759	20.063	27.475
8	2.7025	-1.0819	-1.1438	2.688	0.0833	3.0913	0.1576	0.3495	0.0606	-0.3201	-0.0787	-0.0958	0.1551	0.2192	-0.114	0.2291	0.0027	-0.0244	0.1947	0.0032	0.172	17.5338	14.4034	-3.0674
9	1.3992	-0.6048	-1.0269	2.911	0.682	3.1535	-0.0944	-0.4673	0.1554	0.5678	0.0865	0.1615	-0.0942	0.1477	-0.0475	0.273	-0.0181	-0.0153	0.2483	-0.0836	0.1977	12.5937	19.6875	19.222
10	6.1896	-0.675	1.5124	2.6258	-0.2971	3.9822	-0.1432	0.3835	-0.4133	-0.4515	0.2159	0.4106	0.078	-0.4327	-0.113	0.2253	-0.0779	-0.0637	0.2002	0.0097	0.2667	1.9351	10.4758	-3.2895
11	0.7982	-0.4456	1.0262	0.1952	-0.5161	1.1029	0.0476	0.6075	-0.2955	-0.3756	0.0431	0.246	0.1769	-0.0677	-0.127	0.4899	0.0645	-0.1259	0.7471	0.0107	0.2545	-23.4294	-13.7765	-35.8973
12	1.1837	-0.1527	-0.6489	0.866	1.2132	3.2866	0.1093	0.1803	-0.001	-0.2698	-0.1631	0.2984	0.0728	-0.0124	-0.0167	0.2641	0.0555	-0.0625	0.3384	0.0008	0.2731	-25.0548	-9.9448	-12.4156
13	3.4969	0.4414	0.4671	2.3016	-0.6047	1.8906	0.3342	0.6953	0.1831	-0.2528	-0.3156	-0.1068	-0.2705	-0.4782	0.017	0.3261	0.1457	-0.0327	0.3898	0.043	0.3145	-20.2287	-0.8924	-18.5565
14	2.0386	-0.8538	0.5356	0.8229	-0.897	1.9263	0.1902	0.5147	-0.3651	-0.4588	-0.0324	0.4032	0.3855	-0.5249	-0.03	0.4128	0.0139	-0.1113	0.5398	-0.091	0.3399	-23.2313	-21.0479	-24.8105
15	1.8236	-0.9371	0.0362	1.5653	0.6427	2.2788	0.1004	0.3125	0.0724	-0.1738	-0.1273	-0.2686	-0.1052	0.2626	0.0481	0.1531	-0.0089	0.0489	0.2276	0.0376	0.2322	-2.2526	-12.6639	-8.8634
16	2.0307	-0.3779	-0.9002	1.9276	0.2335	2.1087	0.0126	0.1847	0.2186	-0.192	-0.0348	-0.6784	0.023	0.3768	0.0058	0.1945	0.0171	0.0665	0.3153	0.0632	0.3463	5.5658	-15.2822	-12.9993
17	1.8478	-0.2348	-0.3909	1.8305	0.342	2.6255	0.1747	0.6248	0.006	-0.5557	-0.2093	-0.3765	0.0461	0.5448	0.0011	0.4171	0.1249	0.133	0.5208	0.0371	0.3556	5.5685	-18.4196	-26.9384
18	3.5935	-0.6943	-1.0414	2.0648	1.0015	2.3826	0.0052	-0.3418	0.2704	0.0679	0.0978	-0.1147	0.0509	0.154	-0.0187	0.1472	-0.0068	-0.0234	0.1305	0.0051	0.2047	-13.7659	-3.9438	3.2688
19	7.2552	-3.3001	2.0008	5.1523	-1.3708	3.2477	-0.0415	-0.4408	-0.6726	0.3219	0.1423	0.1586	0.1268	0.0664	-0.0972	0.2087	-0.038	-0.0166	0.1653	0.0301	0.2401	-7.6231	-18.6772	3.2156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 36 )	A	-6 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 72 )	A	37 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 105 )	A	73 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 106 through 147 )	A	106 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 202 )	A	148 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 203 through 234 )	A	203 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 235 through 298 )	A	235 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 299 through 349 )	A	299 - 349
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 350 through 412 )	A	350 - 412
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 413 through 437 )	A	413 - 437
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -6 through 36 )	B	-6 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 37 through 72 )	B	37 - 72
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 73 through 105 )	B	73 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 106 through 147 )	B	106 - 147
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 148 through 202 )	B	148 - 202
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 203 through 234 )	B	203 - 234
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 235 through 298 )	B	235 - 298
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 299 through 349 )	B	299 - 349
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 413 through 437 )	B	413 - 437

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 462分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 462分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 462分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)