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万見
- PDB-6fil: DDR1, 2-[8-(1H-indazole-5-carbonyl)-4-oxo-1-phenyl-1,3,8-triazasp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fil
タイトルDDR1, 2-[8-(1H-indazole-5-carbonyl)-4-oxo-1-phenyl-1,3,8-triazaspiro[4.5]decan-3-yl]-N-methylacetamide, 1.730A, P212121, Rfree=24.5%
要素Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
キーワードTRANSFERASE / RTK / RECEPTOR TYROSINE KINASE / COLLAGEN / DISCOIDIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / smooth muscle cell migration / neuron projection extension ...protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / smooth muscle cell migration / neuron projection extension / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / collagen binding / lactation / embryo implantation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / cell population proliferation / protein autophosphorylation / receptor complex / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D6W / IODIDE ION / Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Stihle, M. / Richter, H. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: DNA-Encoded Library-Derived DDR1 Inhibitor Prevents Fibrosis and Renal Function Loss in a Genetic Mouse Model of Alport Syndrome.
著者: Richter, H. / Satz, A.L. / Bedoucha, M. / Buettelmann, B. / Petersen, A.C. / Harmeier, A. / Hermosilla, R. / Hochstrasser, R. / Burger, D. / Gsell, B. / Gasser, R. / Huber, S. / Hug, M.N. / ...著者: Richter, H. / Satz, A.L. / Bedoucha, M. / Buettelmann, B. / Petersen, A.C. / Harmeier, A. / Hermosilla, R. / Hochstrasser, R. / Burger, D. / Gsell, B. / Gasser, R. / Huber, S. / Hug, M.N. / Kocer, B. / Kuhn, B. / Ritter, M. / Rudolph, M.G. / Weibel, F. / Molina-David, J. / Kim, J.J. / Santos, J.V. / Stihle, M. / Georges, G.J. / Bonfil, R.D. / Fridman, R. / Uhles, S. / Moll, S. / Faul, C. / Fornoni, A. / Prunotto, M.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0763
ポリマ－36,5031
非ポリマー5732
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.042, 74.750, 75.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epithelial discoidin domain-containing receptor 1 / Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase ...Epithelial discoidin domain receptor 1 / CD167 antigen-like family member A / Cell adhesion kinase / Discoidin receptor tyrosine kinase / HGK2 / Mammary carcinoma kinase 10 / MCK-10 / Protein-tyrosine kinase 3A / Protein-tyrosine kinase RTK-6 / TRK E / Tyrosine kinase DDR / Tyrosine-protein kinase CAK


分子量: 36502.855 Da / 分子数: 1 / 断片: tyrosine kinase domain, residues 593-913
変異: DEL(730-735) 2-[8-(1H-indazole-5-carbonyl)-4-oxo-1-phenyl-1,3,8-triazaspiro[4.5]decan-3-yl]-N-methylacetamide
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR1, CAK, EDDR1, NEP, NTRK4, PTK3A, RTK6, TRKE / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-D6W / 2-[8-(2~{H}-indazol-5-ylcarbonyl)-4-oxidanylidene-1-phenyl-1,3,8-triazaspiro[4.5]decan-3-yl]-~{N}-methyl-ethanamide


分子量: 446.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N6O3
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 11.3 mg/mL protein in 20mM HEPES/NaOH pH7.5, 5mM DTT, 5% glycerol, 0.1M NaCl mixed 1.3:1 with 90mM MES/NaOH pH6.5, 0.18M potassium iodide, 0.2M Li2SO4, 22.5% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.999981
211
反射解像度: 1.73→47.83 Å / Num. obs: 34598 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.74 % / Biso Wilson estimate: 22.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.098 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 11.27 / Num. measured all: 226174
反射 シェル解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 6.53 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. measured obs: 2887 / Num. possible: 495 / Num. unique obs: 491 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.023 / Rsym value: 0.832 / Rejects: 0 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1730精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.73→47.826 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 1722 5.04 %random
Rwork0.1924 32475 --
obs0.195 34197 92.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.38 Å2 / Biso mean: 34.3751 Å2 / Biso min: 14.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→47.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 34 252 2582
Biso mean--25.28 40.96 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0713361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.556982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.73-1.78090.32921400.31532875301599
1.7809-1.83840.34841570.30862871302899
1.8384-1.90410.39081350.36342542267788
1.9041-1.98040.4124980.33891806190462
1.9804-2.07050.27851560.22522878303499
2.0705-2.17970.23741550.196528683023100
2.1797-2.31620.2959920.21731794188661
2.3162-2.4950.19781330.175329533086100
2.495-2.74610.26071650.182729113076100
2.7461-3.14340.23471580.180829723130100
3.1434-3.96010.21411610.17092892305397
3.9601-47.84420.21971720.157231133285100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.1866 Å / Origin y: -10.8496 Å / Origin z: -4.9188 Å
111213212223313233
T0.1795 Å20.038 Å20.0136 Å2-0.1937 Å20.0184 Å2--0.1814 Å2
L1.1278 °20.203 °20.4228 °2-1.1167 °20.1457 °2--1.2313 °2
S-0.0051 Å °-0.0624 Å °-0.004 Å °-0.0456 Å °0.0012 Å °0.0083 Å °-0.1214 Å °-0.0764 Å °0.0093 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA604 - 906
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 236
5X-RAY DIFFRACTION1allS237
6X-RAY DIFFRACTION1allS238
7X-RAY DIFFRACTION1allS239 - 246
8X-RAY DIFFRACTION1allS247 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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