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万見
- PDB-6fik: ACP2 crosslinked to the KS of the loading/condensing region of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fik
タイトルACP2 crosslinked to the KS of the loading/condensing region of the CTB1 PKS
要素(Polyketide synthase) x 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NR-PKS / PKS / iPKS / iterative PKS / non-reducing / SAT / starter acyl / condensing / loading / polyketide / fungal / crosslink / ACP / acyl carrier / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / CurL-like, PKS C-terminal / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : ...Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / CurL-like, PKS C-terminal / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-reducing polyketide synthase CTB1
類似検索 - 構成要素
生物種Cercospora nicotianae (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Herbst, D.A. / Huitt-Roehl, C.R. / Jakob, R.P. / Townsend, C.A. / Maier, T.
資金援助 スイス, 米国, 5件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation159696 スイス
Swiss National Science Foundation145023 スイス
Swiss National Science Foundation164074 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
National Institutes of HealthES001670 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2018
タイトル: The structural organization of substrate loading in iterative polyketide synthases.
著者: Dominik A Herbst / Callie R Huitt-Roehl / Roman P Jakob / Jacob M Kravetz / Philip A Storm / Jamie R Alley / Craig A Townsend / Timm Maier /
要旨: Polyketide synthases (PKSs) are microbial multienzymes for the biosynthesis of biologically potent secondary metabolites. Polyketide production is initiated by the loading of a starter unit onto an ...Polyketide synthases (PKSs) are microbial multienzymes for the biosynthesis of biologically potent secondary metabolites. Polyketide production is initiated by the loading of a starter unit onto an integral acyl carrier protein (ACP) and its subsequent transfer to the ketosynthase (KS). Initial substrate loading is achieved either by multidomain loading modules or by the integration of designated loading domains, such as starter unit acyltransferases (SAT), whose structural integration into PKS remains unresolved. A crystal structure of the loading/condensing region of the nonreducing PKS CTB1 demonstrates the ordered insertion of a pseudodimeric SAT into the condensing region, which is aided by the SAT-KS linker. Cryo-electron microscopy of the post-loading state trapped by mechanism-based crosslinking of ACP to KS reveals asymmetry across the CTB1 loading/-condensing region, in accord with preferential 1:2 binding stoichiometry. These results are critical for re-engineering the loading step in polyketide biosynthesis and support functional relevance of asymmetric conformations of PKSs.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年3月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年3月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52025年5月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / em_author_list / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.12025年5月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / em_author_list / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
B: Polyketide synthase
C: Polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,4033
ポリマ－290,4033
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration, homology, negative stain EM and crystallography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15190 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area91400 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase


分子量: 140255.000 Da / 分子数: 2 / 変異: C119A, T321A, S1010A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C553 in chain A is crosslinked to S1816 in chain C / 由来: (組換発現) Cercospora nicotianae (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DQW3
#2: タンパク質 Polyketide synthase


分子量: 9892.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S1816 is crosslinked to C553 in chain A / 由来: (組換発現) Cercospora nicotianae (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DQW3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CTB1-SAT0-KS-MAT0=ACP2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Cercospora nicotianae (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(hydroxymethyl)aminomethan (TRIS)C4H11NO31
250 mMsodium chlorideNaCl1
32.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP)C9H15O6P1
試料濃度: 0.27 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The proteins have been crosslinked via site specific crosslinking.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil Lacey carbon grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 27707 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 41 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.11粒子像選択e2boxer.py
2DigitalMicrograph2.32画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
5Gctf1.06CTF補正
13RELION2分類
14RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25107 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00839483
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.28971372
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.60815825
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0673122
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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