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- PDB-6fi9: Crystal Structure of a zinc-responsive MarR family member, Lactoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fi9
タイトルCrystal Structure of a zinc-responsive MarR family member, Lactococcus lactis ZitR
要素Transcriptional regulator ZitR
キーワードGENE REGULATION / Zinc transport Regulator / Adhesin competence Regulator / Multiple antibiotic resistance Regulator / Zinc Responsive Repressor / winged Helix-Turn-Helix DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1680 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2360 / : / : / Transcriptional regulator SarA/Rot / ArsR-like helix-turn-helix domain / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1680 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2360 / : / : / Transcriptional regulator SarA/Rot / ArsR-like helix-turn-helix domain / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator ZitR
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Varela, P.F. / Legrand, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: Biophysical and structural characterization of a zinc-responsive repressor of the MarR superfamily.
著者: Varela, P.F. / Velours, C. / Aumont-Nicaise, M. / Pineau, B. / Legrand, P. / Poquet, I.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ZitR
B: Transcriptional regulator ZitR
C: Transcriptional regulator ZitR
D: Transcriptional regulator ZitR
E: Transcriptional regulator ZitR
F: Transcriptional regulator ZitR
G: Transcriptional regulator ZitR
H: Transcriptional regulator ZitR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,50724
ポリマ－130,4618
非ポリマー1,04716
水00
1
A: Transcriptional regulator ZitR
B: Transcriptional regulator ZitR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8776
ポリマ－32,6152
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area16430 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator ZitR
D: Transcriptional regulator ZitR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8776
ポリマ－32,6152
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional regulator ZitR
F: Transcriptional regulator ZitR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8776
ポリマ－32,6152
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
4
G: Transcriptional regulator ZitR
H: Transcriptional regulator ZitR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8776
ポリマ－32,6152
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.520, 128.520, 88.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator ZitR


分子量: 16307.568 Da / 分子数: 8 / 変異: S2A, A4R, D8E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 遺伝子: zitR, llmg_2401 / プラスミド: pVE8073 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RNS2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate 30 % polyethyleneglycol 4.000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28189 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28189 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→48.11 Å / Num. obs: 26339 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 102.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06722 / Rrim(I) all: 0.09506 / Net I/av σ(I): 12.7 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 3.09→3.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1860 / CC1/2: 0.597 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.516
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1028 4.75 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.237 21630 60.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 162.16 Å2 / Biso min: 46.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5687 Å20 Å20 Å2
2--3.5687 Å20 Å2
3----7.1373 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.58 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9152 0 16 0 9168
Biso mean--160.59 --
残基数----1152
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3456SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1576HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9264HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1288SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10280SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9264HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12480HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.57
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1714 12 4.71 %
Rwork0.2309 243 -
all0.2281 255 -
obs--5.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.113-1.2881.22210.527-0.52473.09070.01870.0288-0.52080.12140.12110.19570.31020.1059-0.1398-0.0222-0.11690.0265-0.2985-0.0164-0.298755.298846.472931.3868
20.6115-1.1355-1.70762.15270.8254.1056-0.0045-0.04390.12860.09230.1488-0.34780.17250.3618-0.1442-0.304-0.0381-0.0547-0.27570.0138-0.30417.79478.8362-7.1437
38.1107-1.8796-1.59638.25072.12020.64340.04890.0401-0.37660.12290.0017-0.36980.48440.4656-0.05060.304-0.152-0.03680.28710.1520.30434.256816.605642.673
48.3155-2.78222.84594.9015-2.89461.6613-0.0239-0.0081-0.35470.43450.1969-0.54420.51890.5162-0.1730.304-0.1477-0.00990.3040.1520.30444.679135.596671.2748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* }A2 - 145
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* }B2 - 145
3X-RAY DIFFRACTION2{ C|* D|* }C2 - 145
4X-RAY DIFFRACTION2{ C|* D|* }D2 - 145
5X-RAY DIFFRACTION3{ E|* F|* }E2 - 145
6X-RAY DIFFRACTION3{ E|* F|* }F2 - 145
7X-RAY DIFFRACTION4{ G|* H|* }G2 - 145
8X-RAY DIFFRACTION4{ G|* H|* }H2 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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