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- PDB-6fht: Crystal structure of an artificial phytochrome regulated adenylat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fht
タイトルCrystal structure of an artificial phytochrome regulated adenylate/guanylate cyclase in its dark adapted Pr form
要素Bacteriophytochrome,Adenylate cyclase
キーワードLYASE / Phytochrome / Cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / adenylate cyclase activity / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / intracellular signal transduction ...cyclic nucleotide biosynthetic process / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / adenylate cyclase activity / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / intracellular signal transduction / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
CHASE2 / CHASE2 domain / CHASE2 / : / : / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region ...CHASE2 / CHASE2 domain / CHASE2 / : / : / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Adenylate cyclase / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Etzl, S. / Winkler, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP27124 オーストリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-guided design and functional characterization of an artificial red light-regulated guanylate/adenylate cyclase for optogenetic applications.
著者: Etzl, S. / Lindner, R. / Nelson, M.D. / Winkler, A.
履歴
登録2018年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome,Adenylate cyclase
B: Bacteriophytochrome,Adenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,49815
ポリマ－159,8192
非ポリマー2,67913
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13520 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area59330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)286.190, 108.820, 67.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

12P

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome,Adenylate cyclase / Phytochrome-like protein


分子量: 79909.695 Da / 分子数: 2 / 変異: E589K,E589K,E589K,E589K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis ...詳細: Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性), (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
遺伝子: bphP, DR_A0050, cyaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, UniProt: P72951, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M bis-Tris (pH 5.5), 1 M ammonium sulfate, 1 % (w/v) polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月6日
放射モノクロメーター: Si-111 and Si-113 reflection / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→46.847 Å / Num. obs: 82012 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 13.78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.456.480.9831.9679670.6721.06980.1
2.45-2.556.9660.8042.6182860.7670.86997.5
2.55-2.86.8950.4954.42159050.9120.53697.8
2.8-36.7350.2967.5592460.9620.32298
3-3.27.1460.19611.7570720.9860.21198.3
3.2-3.56.7440.11716.678260.9930.12798.4
3.5-46.9140.07723.4384580.9960.08398.7
4-66.5980.05330.21120800.9970.05898.8
6-106.3360.04233.3840410.9990.04698.9
10-46.8476.0250.03737.2811310.9990.0496.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O0P, 2W01

4o0p

2w01


解像度: 2.35→46.847 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 4102 5 %
Rwork0.1797 --
obs0.182 82007 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.97 Å2 / Biso mean: 68.5433 Å2 / Biso min: 24.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→46.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11114 0 173 142 11429
Biso mean--70.92 51.59 -
残基数----1465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87515758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3836829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.37770.33151000.29631913201369
2.3777-2.40660.35311130.27912140225377
2.4066-2.43710.29971270.26892422254987
2.4371-2.46920.30721440.26582724286897
2.4692-2.5030.31831430.26432714285798
2.503-2.53880.36431410.26192679282098
2.5388-2.57660.31981440.24842727287198
2.5766-2.61690.30611450.25492769291498
2.6169-2.65980.30191410.24622682282398
2.6598-2.70570.29361450.24622736288198
2.7057-2.75490.27531420.24842702284498
2.7549-2.80780.30451440.25732730287498
2.8078-2.86510.33581440.25492738288298
2.8651-2.92740.33651430.25722726286998
2.9274-2.99550.2751460.21852761290798
2.9955-3.07040.22881430.21092725286898
3.0704-3.15340.26671440.21442725286998
3.1534-3.24620.27071460.21092773291999
3.2462-3.35090.23541430.20692723286698
3.3509-3.47070.2321470.20092783293099
3.4707-3.60960.25451440.18952740288499
3.6096-3.77380.2211460.16712778292499
3.7738-3.97270.2041450.162749289499
3.9727-4.22140.1931470.13832784293199
4.2214-4.54710.15471440.12822750289499
4.5471-5.00420.16291460.12382765291199
5.0042-5.72720.19211470.1472801294899
5.7272-7.21150.21541480.16922800294899
7.2115-46.8560.18061500.13962846299699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6729-1.12910.80982.7069-1.29162.9543-0.05510.2134-0.1294-0.06770.0406-0.070.2575-0.0376-0.00050.3702-0.01640.01530.2575-0.08580.33296.0238-82.244120.2815
21.32750.37230.13772.46920.1031.15590.0164-0.08640.02390.09030.0667-0.19490.00940.0644-0.07540.29910.0085-0.02950.2588-0.04410.248810.4493-68.401133.8811
34.35741.46960.71571.22110.15971.39980.2028-0.7345-0.06040.3406-0.1063-0.24460.2190.5415-0.09270.62890.0525-0.02820.8256-0.21590.621240.3814-59.678846.8272
48.56450.8357-1.37270.1835-0.15110.2219-0.0816-0.32751.0522-0.1183-0.37240.0344-0.3062-0.49560.39590.4877-0.0829-0.11361.0093-0.15290.928270.312-50.429529.8826
52.31750.791-0.83342.6502-0.25391.36050.0044-0.18780.25990.36950.04040.1452-0.19330.0832-0.0450.5409-0.01410.00260.38680.0740.58590.9114-45.956142.1443
63.87121.9713-0.99843.4377-0.4952.16130.0203-0.11520.26130.0690.05460.2609-0.1999-0.1269-0.08760.42010.0207-0.03420.3024-0.01630.36196.2175-35.043316.8621
71.7792-0.0798-0.35771.52250.00361.4768-0.04410.09170.1056-0.1570.0695-0.0713-0.09060.0903-0.02250.3391-0.0429-0.03360.305-0.01740.287716.5749-48.79956.9878
83.2654-0.6790.4170.56540.11382.108-0.11760.2491-0.0014-0.10460.1497-0.57530.02780.87940.02450.4318-0.02410.050.8137-0.20820.73349.4069-56.91489.2517
95.2177-0.41784.11340.136-0.26943.27210.17050.855-0.7816-0.0748-0.30770.21050.08570.03880.28310.55540.2028-0.05181.0268-0.07990.992468.4005-66.509538.5508
101.5547-0.38210.62742.8388-0.42042.04680.04980.0688-0.2099-0.25110.0610.04980.27850.0373-0.10320.55410.02940.0020.39120.06280.565992.2673-71.398638.0192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -1:135)A-1 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 136:317)A136 - 317
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 318:496)A318 - 496
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 497:537)A497 - 537
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 538:733)A538 - 733
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid -1:135)B-1 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 136:317)B136 - 317
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 318:496)B318 - 496
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 497:537)B497 - 537
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 538:733)B538 - 733

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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