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Yorodumi- PDB-6fht: Crystal structure of an artificial phytochrome regulated adenylat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fht | ||||||
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Title | Crystal structure of an artificial phytochrome regulated adenylate/guanylate cyclase in its dark adapted Pr form | ||||||
Components | Bacteriophytochrome,Adenylate cyclase | ||||||
Keywords | LYASE / Phytochrome / Cyclase | ||||||
Function / homology | Function and homology information cyclic nucleotide biosynthetic process / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / adenylate cyclase activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / intracellular signal transduction ...cyclic nucleotide biosynthetic process / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / adenylate cyclase activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / intracellular signal transduction / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Etzl, S. / Winkler, A. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structure-guided design and functional characterization of an artificial red light-regulated guanylate/adenylate cyclase for optogenetic applications. Authors: Etzl, S. / Lindner, R. / Nelson, M.D. / Winkler, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fht.cif.gz | 572 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fht.ent.gz | 473.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fht.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/6fht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/6fht | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 79909.695 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E589K,E589K,E589K,E589K Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from ...Details: Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp.,Chimera of the Deinococcus radiodurans phytochrome and a guanylate cyclase from Synechocystis sp. Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant), (gene. exp.) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (bacteria) Gene: bphP, DR_A0050, cyaA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9RZA4, UniProt: P72951, histidine kinase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-12P / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M bis-Tris (pH 5.5), 1 M ammonium sulfate, 1 % (w/v) polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 6, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si-111 and Si-113 reflection / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→46.847 Å / Num. obs: 82012 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 13.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4O0P, 2W01 Resolution: 2.35→46.847 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 148.97 Å2 / Biso mean: 68.5433 Å2 / Biso min: 24.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→46.847 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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