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- PDB-6fhj: Structural dynamics and catalytic properties of a multi-modular x... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fhj
タイトルStructural dynamics and catalytic properties of a multi-modular xanthanase, native.
要素protein,protein
キーワードHYDROLASE / endo-xanthanase / xanthan degradation / novel CBM
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein,protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Jensen, P.F. / McDonald, S.P. / McGregor, N. / Blagova, E. / Comamala, G. / Segura, D.R. / Anderson, L. / Vasu, S.M. / Rao, V.P. ...Moroz, O.V. / Jensen, P.F. / McDonald, S.P. / McGregor, N. / Blagova, E. / Comamala, G. / Segura, D.R. / Anderson, L. / Vasu, S.M. / Rao, V.P. / Giger, L. / Monrad, R.N. / Svendsen, A. / Nielsen, J.E. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Brumer, H. / Rand, K. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Structural Dynamics and Catalytic Properties of a Multimodular Xanthanase
著者: Moroz, O.V. / Jensen, P.F. / McDonald, S.P. / McGregor, N. / Blagova, E. / Comamala, G. / Segura, D.R. / Anderson, L. / Vasu, S.M. / Rao, V.P. / Giger, L. / Monrad, R.N. / Svendsen, A. / ...著者: Moroz, O.V. / Jensen, P.F. / McDonald, S.P. / McGregor, N. / Blagova, E. / Comamala, G. / Segura, D.R. / Anderson, L. / Vasu, S.M. / Rao, V.P. / Giger, L. / Monrad, R.N. / Svendsen, A. / Nielsen, J.E. / Henrissat, B. / Davies, G.J. / Brumer, H. / Rand, K. / Wilson, K.S.
履歴
登録2018年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein,protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,72013
ポリマ－109,1001
非ポリマー61912
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area36630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.350, 103.350, 212.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 protein,protein


分子量: 109100.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last domain is ill defined, the fragments that could be fit into density are described as UNK.,The last domain is ill defined, the fragments that could be fit into density are described as UNK.
由来: (組換発現) Paenibacillus (バクテリア) / 株: sp. 62047 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A3F2YM16*PLUS

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非ポリマー , 6種, 791分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PACT condition E12, 20 percent PEG3350, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→27.5 Å / Num. obs: 84289 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / CC1/2: 0.878

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→27.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.268 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21047 4202 5 %RANDOM
Rwork0.17978 ---
obs0.18133 80028 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→27.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7432 0 30 780 8242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.027660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.93610475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.984315360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8725979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63224.866337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.575151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.321523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.561.8323925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5611.8323924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8682.7434901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8682.7434902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6631.883733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6631.8793731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0222.7955574
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.51822.738769
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.51822.7298769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 280 -
Rwork0.197 5846 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3176-0.27950.37792.1149-1.70372.06040.0538-0.1941-0.35760.0967-0.1637-0.18710.26030.02350.110.2082-0.0158-0.04420.12010.06830.151893.90017.811124.4939
20.72270.17550.09351.344-0.21040.58320.0086-0.10820.04510.24860.0028-0.0633-0.1229-0.0085-0.01140.07990.0192-0.01750.0301-0.01580.012288.514737.65814.8571
31.923-0.0923-1.06070.97790.28031.19370.0499-0.01740.00660.08230.02260.034-0.0648-0.0831-0.07250.02630.0015-0.00350.03960.01160.046973.473711.88880.9973
41.84441.1004-0.37433.0651-0.56561.42950.18550.1340.34670.256-0.0075-0.0487-0.65550.3416-0.1780.4124-0.14490.12920.2358-0.04630.1574100.535526.7718-24.9726
50.97990.1449-1.02881.1318-0.84463.5406-0.16020.1717-0.3133-0.19190.0162-0.10740.3649-0.01790.14410.0813-0.02020.02230.0815-0.0590.162581.6707-4.7514-13.9945
63.52410.2475-0.13672.2723-0.68263.2206-0.0272-0.2241-0.22730.29580.00120.17940.3695-0.40670.02590.2341-0.06790.04280.22970.05130.257862.3757-9.861712.0468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 559
3X-RAY DIFFRACTION3A560 - 657
4X-RAY DIFFRACTION4A658 - 814
5X-RAY DIFFRACTION5A815 - 918
6X-RAY DIFFRACTION6A919 - 3000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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