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- PDB-6fhf: Highly active enzymes by automated modular backbone assembly and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fhf
タイトルHighly active enzymes by automated modular backbone assembly and sequence design
要素Design
キーワードArtificial enzyme / Design
機能・相同性Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lapidot, G. / Khersonsky, O. / Lipsh, R. / Dym, O. / Albeck, S. / Rogotner, S. / Fleishman, J.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Highly active enzymes by automated combinatorial backbone assembly and sequence design.
著者: Lapidoth, G. / Khersonsky, O. / Lipsh, R. / Dym, O. / Albeck, S. / Rogotner, S. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2018年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Design
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4673
ポリマ－42,4211
非ポリマー462
水1,62190
1
A: Design
ヘテロ分子

A: Design
ヘテロ分子

A: Design
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,4029
ポリマ－127,2643
非ポリマー1386
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area39490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.969, 128.969, 51.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

NA

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要素

#1: タンパク質 Design


分子量: 42421.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.95 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: (NH4)2H2PO4 0.05M 0.05M Sodium acetate pH=4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2017年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.92 Å / Num. obs: 27384 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4010 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1-2575_1692: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MMD

3mmd


解像度: 1.85→37.942 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2263 1362 4.97 %
Rwork0.1836 --
obs0.1858 27384 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 2 90 3020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9784102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6762528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.91610.32051230.26992632X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.99280.29361500.22172570X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.08350.23361140.19632618X-RAY DIFFRACTION100
2.0835-2.19340.25861570.18992592X-RAY DIFFRACTION100
2.1934-2.33080.24241240.19282601X-RAY DIFFRACTION100
2.3308-2.51070.25261480.19382590X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.76330.24391220.20392620X-RAY DIFFRACTION100
2.7633-3.1630.21141200.19052636X-RAY DIFFRACTION100
3.163-3.98430.20941540.17242566X-RAY DIFFRACTION100
3.9843-37.95030.19441500.1522597X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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