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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fh6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with 1-methylpyridinone compound 1 | ||||||
![]() | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / four helical bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dalle Vedove, A. / Spiliotopoulos, D. / Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Small-Molecule Binding to the BAZ2A and BAZ2B Bromodomains. 著者: Dalle Vedove, A. / Spiliotopoulos, D. / D'Agostino, V.G. / Marchand, J.R. / Unzue, A. / Nevado, C. / Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fg6C ![]() 6fgfC ![]() 6fggC ![]() 6fghC ![]() 6fgiC ![]() 6fglC ![]() 6fgtC ![]() 6fguC ![]() 6fgvC ![]() 6fgwC ![]() 6fh7C ![]() 4ir5S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 2054-2168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-D8Q / ~{ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.67 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG500MME, 2% PEG1000, 2% PEG3350, 10% PEG20000, 2% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.082→47.999 Å / Num. obs: 8432 / % possible obs: 61.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.082→2.152 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 420 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.175 / Rrim(I) all: 0.496 / % possible all: 33.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4IR5 解像度: 2.082→47.998 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.03
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.31 Å2 / Biso mean: 31.8278 Å2 / Biso min: 14.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.082→47.998 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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