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- PDB-6fgo: Fc in complex with engineered calcium binding domain Z -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fgo
タイトルFc in complex with engineered calcium binding domain Z
要素
  • Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
  • Z-Ca
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Protein A / EF-hand / calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin binding / : / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin FC, subunit C / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Immunoglobulin FC, subunit C / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein A / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Venskutonyte, R. / Kanje, S. / Hober, S. / Lindkvist-Petersson, K.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Vinnova スウェーデン
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Protein Engineering Allows for Mild Affinity-based Elution of Therapeutic Antibodies.
著者: Kanje, S. / Venskutonyte, R. / Scheffel, J. / Nilvebrant, J. / Lindkvist-Petersson, K. / Hober, S.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
E: Z-Ca
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
F: Z-Ca
C: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
G: Z-Ca
D: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
H: Z-Ca
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,43445
ポリマ－125,9458
非ポリマー7,48937
水3,225179
1
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
E: Z-Ca
C: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
G: Z-Ca
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,33225
ポリマ－62,9734
非ポリマー4,35921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
F: Z-Ca
D: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
H: Z-Ca
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,10220
ポリマ－62,9734
非ポリマー3,13016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.229, 120.296, 126.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain E and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))
21(chain F and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))
31(chain G and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))
41(chain H and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))
12(chain A and resid 237 through 444)
22(chain B and resid 237 through 444)
32chain C
42chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUASNASN(chain E and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))EB5 - 235 - 23
121GLUGLUGLNGLN(chain E and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))EB25 - 2625 - 26
131LYSLYSARGARG(chain E and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))EB28 - 6628 - 66
211LEULEUASNASN(chain F and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))FD5 - 235 - 23
221GLUGLUGLNGLN(chain F and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))FD25 - 2625 - 26
231LYSLYSARGARG(chain F and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))FD28 - 6628 - 66
311LEULEUASNASN(chain G and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))GF5 - 235 - 23
321GLUGLUGLNGLN(chain G and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))GF25 - 2625 - 26
331LYSLYSARGARG(chain G and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))GF28 - 6628 - 66
411LEULEUASNASN(chain H and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))HH5 - 235 - 23
421GLUGLUGLNGLN(chain H and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))HH25 - 2625 - 26
431LYSLYSARGARG(chain H and (resid 5 through 23 or resid 25 through 26 or resid 28 through 66))HH28 - 6628 - 66
112GLYGLYSERSER(chain A and resid 237 through 444)AA237 - 4441 - 208
212GLYGLYSERSER(chain B and resid 237 through 444)BC237 - 4441 - 208
312GLYGLYSERSERchain CCE237 - 4441 - 208
412GLYGLYSERSERchain DDG237 - 4441 - 208

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: 抗体
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 23820.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5
#2: タンパク質
Z-Ca


分子量: 7665.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3TLJ6*PLUS

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 212分子

#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 24 % PEG3350, 0.1 M LiCl2, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月24日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.53 Å / Num. obs: 47055 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 52.03 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 10.2 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.5-2.644.40.421.868820.2130.4740.4299.3
2.64-2.84.30.2822.765080.1450.3190.28298.9
2.8-2.994.30.1734.461010.0890.1960.17398.8
2.99-3.234.50.1126.656880.0560.1260.11298.5
3.23-3.544.40.06910.552130.0340.0770.06998.1
3.54-3.954.30.0531347100.0270.060.05397.7
3.95-4.564.60.04315.541700.0220.0480.04397.1
4.56-5.594.20.03916.935000.020.0440.03996.3
5.59-7.914.50.03617.927410.0180.0410.03696.1
7.91-46.5294.20.03118.415420.0160.0350.03193.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U4Y

5u4y


解像度: 2.5→46.529 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.99 / 位相誤差: 23.72
詳細: NCS and TLS used. Riding hydrogens were used during refinement, but were removed prior deposition.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 2256 4.8 %
Rwork0.2035 --
obs0.2048 47032 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.85 Å2 / Biso mean: 65.1984 Å2 / Biso min: 24.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8705 0 482 181 9368
Biso mean--73.66 44.13 -
残基数----1094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57512714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9045747
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11E1379X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
12F1379X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
13G1379X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
14H1379X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
21A5196X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
22B5196X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
23C5196X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
24D5196X-RAY DIFFRACTION10.404TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.55440.29031360.27552814295099
2.5544-2.61380.33741640.27672770293499
2.6138-2.67910.32191400.27022799293999
2.6791-2.75160.28781590.26162794295399
2.7516-2.83250.28761450.25862750289598
2.8325-2.92390.34951540.25672802295699
2.9239-3.02840.28341430.26082788293198
3.0284-3.14960.27531230.24782816293998
3.1496-3.2930.25431520.23622796294898
3.293-3.46650.2331300.22832781291198
3.4665-3.68360.24931290.20772802293197
3.6836-3.96790.20331280.18432817294597
3.9679-4.36690.20091260.17182797292397
4.3669-4.99820.20171320.14822794292696
4.9982-6.29470.21921470.17662795294295
6.2947-46.53710.1731480.18452861300993
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2708-0.8611-0.58162.30831.82263.5233-0.08280.0150.31090.0512-0.04210.1474-0.1831-0.15440.12170.3157-0.0037-0.0030.19560.00320.436396.094135.836557.8989
23.46642.6752-1.56065.7648-3.25015.03270.0658-0.0301-0.26510.1978-0.05830.03330.0967-0.0501-0.02310.28370.00560.00850.1769-0.03070.4328108.27628.660568.0387
32.07390.9329-1.74935.4689-5.44726.9164-0.0534-0.0176-0.32330.0562-0.2356-0.34660.0988-0.290.3170.4041-0.0127-0.03230.2619-0.06220.5206105.41483.289760.6851
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100.3404-0.6343-0.83796.58262.39542.7429-0.080.7987-0.6029-0.2990.0315-0.410.50980.58580.00930.58960.2040.05790.7114-0.24930.6553132.920320.874934.8273
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157.4951-0.4536-1.69751.8153-1.05231.6329-0.3959-0.5176-0.35160.00810.1224-0.23040.2720.21850.14270.46010.0219-0.01140.2955-0.04730.3565125.277834.168855.7185
166.14373.0552-1.98477.2940.47297.28460.198-0.51990.48880.2717-0.04260.2295-0.53760.2529-0.22350.48580.0609-0.00980.3225-0.04870.3909128.135341.610760.3202
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201.9957-1.66661.33895.231.99384.9862-0.36230.1657-0.09360.25640.4272-0.52710.34210.795-0.0441.1053-0.0318-0.03670.5311-0.03040.4834123.897715.794699.3456
218.8746-1.5226-7.9643.72091.05977.206-0.25340.34110.59710.93370.3644-0.0793-0.1461-1.3247-0.05170.9546-0.0913-0.11130.8839-0.0380.3601119.419624.6358108.4982
228.2883-2.4924-0.0248.9165-3.7689.38430.2362-1.45370.51511.0586-0.7144-1.1210.58821.210.3180.79590.0202-0.20140.86510.01010.6721136.255720.7936104.527
237.69260.199-4.7162.85881.16463.47140.0206-2.19090.04280.77540.0535-0.25510.92850.57230.1511.29530.1009-0.03541.01410.19120.5385122.575415.8247112.4936
244.0492-1.9773-0.58124.1914-1.62290.9123-0.1737-0.12470.07910.0521-0.0245-0.63310.41570.44490.13030.87260.2145-0.06681.0805-0.04790.446133.108830.3235-0.1403
251.90530.76321.22653.15280.90484.03720.11450.43240.3486-0.2749-0.0461-0.0395-0.63840.2679-0.0830.5909-0.02880.05290.73090.13070.483119.412154.188113.2059
268.5828-0.42884.54842.18433.29638.5421-0.13660.57661.5566-0.8957-0.8309-0.4495-0.9387-0.49260.72810.88760.1171-0.01991.03030.21660.6892116.860352.2351-9.0989
275.8694-1.46344.45577.04762.5976.0780.37740.8849-0.2099-0.6175-0.1581-0.28651.0932-0.2242-0.12760.69320.01330.09571.22530.09610.3612114.520642.2446-16.6904
286.05072.7655-3.23815.128-4.65024.8686-0.63592.10842.3595-1.2831-0.1497-1.49360.16771.33430.91850.6554-0.11290.0781.44540.39471.093126.826254.5552-19.8039
293.29530.233.70537.00863.82948.6834-0.0052-0.1870.2004-0.7367-0.4892-0.5591-0.7231-1.07790.54550.7790.21940.04440.91680.2080.4972110.78450.9539-20.1344
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 237 through 336 )A237 - 336
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 337 through 418 )A337 - 418
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 419 through 445 )A419 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 3 through 18 )E3 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 19 through 48 )E19 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 49 through 66 )E49 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 237 through 263 )B237 - 263
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 264 through 290 )B264 - 290
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 291 through 301 )B291 - 301
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 302 through 336 )B302 - 336
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 337 through 361 )B337 - 361
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 362 through 383 )B362 - 383
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 384 through 445 )B384 - 445
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 1 through 18 )F1 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 19 through 48 )F19 - 48
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 49 through 67 )F49 - 67
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 237 through 336 )C237 - 336
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 337 through 418 )C337 - 418
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 419 through 444 )C419 - 444
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 4 through 18 )G4 - 18
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 19 through 34 )G19 - 34
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 35 through 48 )G35 - 48
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 49 through 68 )G49 - 68
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 237 through 336 )D237 - 336
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 337 through 444 )D337 - 444
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 5 through 18 )H5 - 18
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 19 through 34 )H19 - 34
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 35 through 48 )H35 - 48
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 49 through 68 )H49 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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