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万見
- PDB-6ffu: Solution NMR structure of CBM64 from S.thermophila using 20% 13C,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ffu
タイトルSolution NMR structure of CBM64 from S.thermophila using 20% 13C, 100% 15N
要素Glycosyl hydrolase family 5 cellulase CBM64
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM64
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module 64 / Carbohydrate-binding module 64 / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Spirochaeta thermophila (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Heikkinen, H.A. / Iwai, H.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland# 1277335 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: NMR Structure Determinations of Small Proteins Using only One Fractionally 20% 13 C- and Uniformly 100% 15 N-Labeled Sample.
著者: Heikkinen, H.A. / Backlund, S.M. / Iwai, H.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22021年2月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 5 cellulase CBM64


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0261
ポリマ－10,0261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5220 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 5 cellulase CBM64 / carbohydrate binding module 64


分子量: 10025.756 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal 86-residue module of CBM64 from S.thermophila, UNP residues 456-541
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila (バクテリア)
遺伝子: STHERM_c20620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0RQU0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY
191isotropic13D 1H-15N TOCSY
1101isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 9.85 mg/mL 20% 13C, 100% 15N CBM64_20C13, 95% H2O/5% D2O
詳細: NMR sample / Label: 13C_20%_15N_100% / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 9.85 mg/mL / 構成要素: CBM64_20C13 / Isotopic labeling: 20% 13C, 100% 15N
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_20 / pH: 6 / 圧: 1 bar / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz / 詳細: HD

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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