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- PDB-6ffh: Crystal Structure of mGluR5 in complex with Fenobam at 2.65 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ffh
タイトルCrystal Structure of mGluR5 in complex with Fenobam at 2.65 A
要素Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7TM / RECEPTOR / GPCR / MEMBRANE-PROTEIN / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection ...A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / : / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / viral release from host cell by cytolysis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of calcium-mediated signaling / peptidoglycan catabolic process / protein tyrosine kinase binding / learning / dendritic shaft / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / synapse organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / learning or memory / defense response to bacterium / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D7W / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Christopher, J.A. / Orgovan, Z. / Congreve, M. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Okrasa, K. / Rucktooa, P. / Serrano-Vega, M.J. ...Christopher, J.A. / Orgovan, Z. / Congreve, M. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Okrasa, K. / Rucktooa, P. / Serrano-Vega, M.J. / Ferenczy, G.G. / Keseru, G.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Optimization Strategies for G Protein-Coupled Receptor (GPCR) Allosteric Modulators: A Case Study from Analyses of New Metabotropic Glutamate Receptor 5 (mGlu5) X-ray Structures.
著者: Christopher, J.A. / Orgovan, Z. / Congreve, M. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Marshall, F.H. / Mason, J.S. / Okrasa, K. / Rucktooa, P. / Serrano-Vega, M.J. / Ferenczy, G.G. / Keseru, G.M.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.title / _citation_author.name ..._citation.title / _citation_author.name / _entity.details / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0909
ポリマ－49,8601
非ポリマー2,2318
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein elutes as a monomer on size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.217, 43.478, 82.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin / mGluR5 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 49859.586 Da / 分子数: 1 / 断片: MGLUR5 / 変異: C54T C97A E579A N667Y I669A G675M T742A S753A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimeric construct of Human mGLU5 (GRM5) with a Bacteriophage T4 Lysozyme (P00720) insertion in intracellular loop 2 between residues LYS678 and LYS679.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41594, UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 断片: T4L / 変異: C54T C97A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H34O2 / 参照: lysozyme
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-D7W / 1-(3-chlorophenyl)-3-(3-methyl-5-oxidanylidene-4~{H}-imidazol-2-yl)urea / フェノバム


分子量: 266.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11ClN4O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化温度: 293.1 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.8
詳細: 24-34% V/V PEG400, 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE DIBASIC, 0.1 M MES, PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月27日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→34.5 Å / Num. obs: 13189 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 42.567 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 36238 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.65-2.782.70.89318120.5880.5821.07392
8.79-34.52.90.0463520.9970.0270.05479.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OO9

4oo9


解像度: 2.65→34.496 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 702 5.37 %
Rwork0.2435 --
obs0.2447 13073 87.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.11 Å2 / Biso mean: 51.0754 Å2 / Biso min: 20.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→34.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3233 0 125 13 3371
Biso mean--64.08 34.69 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4434606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7062055
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6501-2.85460.35891400.32452515265590
2.8546-3.14170.30081530.28642478263189
3.1417-3.59590.3291300.25772431256187
3.5959-4.52880.22251270.21832485261288
4.5288-34.49880.23061520.21692462261485
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5543-0.1201-0.31841.679-0.53061.7860.0690.0647-0.2065-0.0583-0.01480.0432-0.0364-0.1055-0.06020.1877-0.0433-0.03620.1919-0.00730.3177-25.215513.397239.8191
23.428-0.40180.62121.24740.4222.5885-0.3314-0.60380.34970.120.05850.1434-0.3017-0.43740.23660.31820.06350.00880.4581-0.03330.3298-13.599629.85931.7566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A568 - 678
2X-RAY DIFFRACTION1A1679 - 1832
3X-RAY DIFFRACTION2A1002 - 1161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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