PDB-6fdu: Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fdu

タイトル

Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to Compound 3

要素

Deubiquitinase and deneddylase Dub1

キーワード

HYDROLASE / ChlaDUB1 / CE protease / DUB / Ubiquitin / covalent inhibitor.

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / protein deubiquitination / host cell / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia trachomatis serovar L2 (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ramirez, Y. / Kisker, C. / Altmann, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition and Covalent Inhibition of Cdu1 from Chlamydia trachomatis.
著者: Ramirez, Y.A. / Adler, T.B. / Altmann, E. / Klemm, T. / Tiesmeyer, C. / Sauer, F. / Kathman, S.G. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Kisker, C.

履歴

登録	2017年12月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fdu.cif.gz	210.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fdu.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fdu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fdkC 6fdqC 5b5qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fdq-1 5b5q-1 2xms-d 6say-d 5iqt-1 6mrn-d 4bgf-3 3ltw-d 3wz1-d 4rw3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

B: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.080, 57.093, 116.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 163 - 400 / Label seq-ID: 28 - 265

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Deubiquitinase and deneddylase Dub1 / ChlaDub1 分子量: 30534.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis serovar L2 (strain 434/Bu / ATCC VR-902B) (トラコーマクラミジア) 遺伝子: cdu1, CTL0247 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B0B9A0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-D5W / (2~{S},3~{S})-2-[[(2~{S})-2-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-2-(dimethylamino)ethanoyl]amino]-~{N}-[[2-(iminomethyl)pyrimidin-4-yl]methyl]-3-methyl-pentanamide 分子量: 479.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈Cl₂N₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Bicine pH 9.0, 10% PEG 20000, 2% 1, 4 dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→43.84 Å / Num. obs: 25773 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.04711 / R_pim(I) all: 0.04711 / R_rim(I) all: 0.06663 / Net I/σ(I): 8.96
反射シェル	解像度: 2.279→2.3 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 2743 / CC_1/2: 0.785 / % possible all: 78.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B5Q

5b5q

解像度: 2.3→43.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 17.279 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23996	1351	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19988	-	-	-
obs	0.20208	24390	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	-0 Å²	-0.65 Å²
2-	-	0.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→43.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3860	0	34	146	4040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.014	4062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.783	1.663	5542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.012	1.638	8682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.193	5	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.474	22.969	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.995	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.499	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.087	2.707	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.002	2.706	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.412	4.044	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.423	4.047	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.191	2.882	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.191	2.882	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.702	4.232	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.137	31.263	4650
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.129	31.133	4631
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7800 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	107	-
R_work	0.282	1765	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9302	0.2555	1.8466	0.0911	-0.1432	2.5715	-0.0497	0.2003	-0.3153	-0.0795	0.0239	-0.0519	0.2017	0.1134	0.0258	0.2258	0.0504	-0.0949	0.0315	-0.07	0.2442	-41.5385	-12.8027	122.4561
2	1.3038	-0.1813	0.9334	0.1104	0.0638	1.3267	-0.0445	0.0627	-0.1092	-0.0026	0.0604	-0.0104	-0.2561	0.1352	-0.0159	0.2357	-0.0137	-0.1052	0.0836	-0.0333	0.1864	-39.3689	-2.5419	120.4092
3	1.7699	-1.0317	1.5658	0.9599	-1.4629	2.3699	-0.0686	-0.1272	-0.0201	0.0491	0.0514	-0.01	-0.2152	-0.0391	0.0172	0.239	0.0054	-0.1184	0.0455	-0.0271	0.1795	-48.113	2.9757	132.721
4	0.9173	0.1482	0.3737	0.4979	-1.1587	3.4025	0.2082	-0.0809	-0.3075	-0.078	-0.0127	0.0298	0.4	-0.034	-0.1954	0.2551	0.0037	-0.1165	0.0111	0.007	0.289	-45.9419	-17.3865	131.8856
5	1.5203	0.2245	0.2244	1.288	0.1633	0.7928	-0.0454	-0.146	-0.1426	0.0035	0.0854	0.1286	0.1052	-0.032	-0.04	0.2191	-0.0149	-0.0815	0.0727	0.0291	0.1808	-31.6438	-0.542	166.13
6	5.1574	0.981	7.0492	1.4594	2.3415	10.4529	-0.1767	0.1651	0.2112	0.076	-0.1151	0.1214	-0.0962	0.1449	0.2919	0.1907	-0.0139	-0.044	0.1244	-0.0084	0.1842	-28.287	16.6769	170.1371
7	2.151	2.2364	1.2282	4.5446	1.1369	1.1439	0.2055	-0.3086	-0.0731	0.2297	-0.1458	0.3313	-0.0335	0.0515	-0.0597	0.2258	-0.0641	-0.0284	0.2023	0.0397	0.1181	-29.6992	10.1254	179.5386
8	0.4897	0.7641	0.0085	1.2131	0.0168	0.0015	-0.0296	-0.0261	0.1436	-0.0403	0.0159	0.1869	0.0146	0.0053	0.0137	0.2225	-0.0059	-0.0828	0.1665	-0.0063	0.1892	-36.17	7.7667	159.2368
9	4.1276	0.8294	1.3883	0.6703	-0.1183	0.7971	0.2643	-0.6615	-0.1019	-0.1587	-0.1169	0.1021	0.2374	-0.197	-0.1474	0.2046	-0.0822	-0.1003	0.2288	0.0419	0.1838	-42.3759	3.3227	158.4295
10	2.889	1.8872	2.5235	2.4978	2.3074	2.5518	-0.1471	0.1703	0.1641	-0.1065	0.0603	0.0365	-0.1077	0.1112	0.0868	0.2592	-0.0609	-0.1035	0.0454	0.0572	0.1386	-24.8701	15.0568	155.7136
11	0.275	0.093	0.6416	0.5517	1.222	3.4757	0.0128	0.0568	-0.1085	-0.0295	0.1132	-0.0085	-0.0541	0.2827	-0.126	0.1955	-0.0345	-0.0678	0.1254	-0.0083	0.1967	-23.834	-1.8986	151.7262
12	1.2132	-0.9065	-0.8771	0.71	1.0723	6.2766	-0.0564	0.0172	-0.2131	0.0971	-0.0408	0.1379	0.603	-0.3521	0.0972	0.259	-0.0314	-0.0697	0.0315	0.0374	0.201	-28.2397	-9.8162	163.3382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	162 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	199 - 282
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	283 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	332 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	163 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	199 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	216 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	239 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	255 - 282
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	283 - 331
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	332 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	372 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)