PDB-6fdk: Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fdk

タイトル

Structure of Chlamydia trachomatis effector protein Cdu1 bound to ubiquitin

要素

Deubiquitinase and deneddylase Dub1
Polyubiquitin-B

キーワード

HYDROLASE / ChlaDUB1 / CE protease / DUB / Ubiquitin.

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / protein deubiquitination / host cell / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia trachomatis 434/Bu (トラコーマクラミジア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ramirez, Y. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition and Covalent Inhibition of Cdu1 from Chlamydia trachomatis.
著者: Ramirez, Y.A. / Adler, T.B. / Altmann, E. / Klemm, T. / Tiesmeyer, C. / Sauer, F. / Kathman, S.G. / Statsyuk, A.V. / Sotriffer, C. / Kisker, C.

履歴

登録	2017年12月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2023年3月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fdk.cif.gz	136.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fdk.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fdk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fdk_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fdk_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
XML形式データ	6fdk_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	6fdk_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fdk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fdqC 6fduC 5b5qS 5hag S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nfg-1 5d8l-2 3chd-1 2hpp-d 2r0v-3 3nix-2 2c5w-d 5dvi-2 5ity-3 6i5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deubiquitinase and deneddylase Dub1

B: Polyubiquitin-B

ヘテロ分子

39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.815, 56.937, 60.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Deubiquitinase and deneddylase Dub1 / ChlaDub1 分子量: 30454.164 Da / 分子数: 1 / 変異: C174A, C226S, C386A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis 434/Bu (トラコーマクラミジア) 遺伝子: cdu1, CTL0247 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B0B9A0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質	Polyubiquitin-B 分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AYE / prop-2-en-1-amine / ALLYLAMINE / アリルアミン分子量: 57.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 % / 解説: Blade like
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46.22 Å / Num. obs: 41326 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.02739 / R_rim(I) all: 0.07178 / Net I/σ(I): 17.06
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 4140 / CC_1/2: 0.561 / R_pim(I) all: 0.6474 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B5Q

5b5q

解像度: 1.6→46.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.352 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20333	2021	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16955	-	-	-
obs	0.17122	39198	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0.35 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→46.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2543	0	5	423	2971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.019	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.53	1.972	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.287	3	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.224	5	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.692	24.569	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.169	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.026	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.19	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.64	1.778	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.638	1.778	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.301	2.665	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.3	2.665	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.047	2.091	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.046	2.091	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.544	2.998	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.377	22.952	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.376	22.948	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.676	158	-
R_work	0.629	2895	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9189	0.2247	-0.0019	0.3147	-0.0209	0.0099	0.0054	0.0772	0.0951	-0.0119	0.0028	0.0218	-0.0013	0.017	-0.0082	0.0503	0.0034	-0.0034	0.0396	-0.0019	0.0132	-6.1819	-61.2663	73.2128
2	0.5858	-0.0586	0.2468	0.1195	-0.1068	0.1634	0.0095	0.0267	-0.0284	-0.0079	-0.0033	-0.003	0.0097	0.0144	-0.0062	0.0494	0.0089	-0.0026	0.0266	-0.0023	0.0018	-3.8426	-71.6318	71.0511
3	0.7425	-0.5264	0.717	0.489	-0.3827	0.9708	0.0216	-0.0272	-0.0983	0.013	0.052	0.0786	0.0123	-0.0266	-0.0736	0.0358	-0.0004	-0.0083	0.0303	0.0117	0.0217	-16.2645	-77.323	79.6119
4	0.7947	0.0694	0.039	0.2925	-0.1418	0.1185	0.063	-0.0168	0.1355	0.0396	-0.0113	0.0625	-0.0119	-0.007	-0.0516	0.051	0.0121	0.0176	0.0076	0.0028	0.0512	-16.2576	-56.8461	77.3477
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
9	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
10	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0
12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0269	0	0	0.0269	0	0.0269	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	162 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	199 - 282
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	283 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	332 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	155 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	199 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	216 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	239 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	255 - 282
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	283 - 331
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	332 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	372 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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