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万見
- PDB-5nfg: Structure of recombinant cardosin B from Cynara cardunculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nfg
タイトルStructure of recombinant cardosin B from Cynara cardunculus
要素Procardosin-B,Procardosin-B
キーワードHYDROLASE / plant aspartic protease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein storage vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / lipid metabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Phytepsin / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family ...Phytepsin / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cynara cardunculus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.375 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / Figueiredo, A.C. / Manso, J.A. / Almeida, C.M. / Simoes, I.
引用ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Functional and structural characterization of synthetic cardosin B-derived rennet.
著者: Almeida, C.M. / Manso, J.A. / Figueiredo, A.C. / Antunes, L. / Cruz, R. / Manadas, B. / Bur, D. / Pereira, P.J.B. / Faro, C. / Simoes, I.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procardosin-B,Procardosin-B
B: Procardosin-B,Procardosin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0136
ポリマ－82,3702
非ポリマー3,6434
水2,540141
1
A: Procardosin-B,Procardosin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0073
ポリマ－41,1851
非ポリマー1,8222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Procardosin-B,Procardosin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0073
ポリマ－41,1851
非ポリマー1,8222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.580, 143.130, 64.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Procardosin-B,Procardosin-B


分子量: 41184.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cynara cardunculus (植物) / 遺伝子: cardB / プラスミド: pKLAC1 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / Variant (発現宿主): GG799
参照: UniProt: Q9XFX4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2[DManpa1-6]DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150mM KBr, 30% PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.375→61.6 Å / Num. obs: 36375 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 7.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B5F

1b5f


解像度: 2.375→61.578 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 1804 4.97 %
Rwork0.2215 --
obs0.2239 36272 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.375→61.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5006 0 244 141 5391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095405
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.117384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.733118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066859
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.375-2.43920.33951520.27762597X-RAY DIFFRACTION99
2.4392-2.5110.36241410.26922697X-RAY DIFFRACTION99
2.511-2.5920.32651390.26172628X-RAY DIFFRACTION99
2.592-2.68470.31481380.2422674X-RAY DIFFRACTION100
2.6847-2.79220.31991490.24762632X-RAY DIFFRACTION99
2.7922-2.91930.33691230.24522700X-RAY DIFFRACTION99
2.9193-3.07320.29131200.24942669X-RAY DIFFRACTION99
3.0732-3.26570.27881540.24172651X-RAY DIFFRACTION99
3.2657-3.51780.28861330.22212655X-RAY DIFFRACTION99
3.5178-3.87180.26511370.19892655X-RAY DIFFRACTION99
3.8718-4.43190.20611360.17912655X-RAY DIFFRACTION99
4.4319-5.58310.21751420.18842642X-RAY DIFFRACTION98
5.5831-61.59840.2591400.23782613X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73940.59930.64443.52190.94742.43720.0531-0.28120.22450.2008-0.0723-0.1827-0.2591-0.18090.00840.22930.01260.00380.2592-0.0110.25464.989550.847230.1503
23.178-0.73890.9463.9634-0.15252.92440.00320.35970.1429-0.6154-0.0110.1618-0.275-0.0940.02370.39020.0280.00910.25350.03780.2164-1.765153.63036.6161
32.8241-0.6230.5671.45951.4913.1822-0.1228-0.2829-0.1901-0.7052-0.2366-0.47440.44130.14610.22580.2692-0.0068-0.02680.24990.01840.1876-7.138821.130916.7306
42.10070.61540.68643.38960.64863.5223-0.18050.2572-0.4769-0.5581-0.08670.57350.032-0.54550.14190.3395-0.0835-0.0190.3594-0.12450.3863-11.71048.79316.5095
52.92020.4999-0.13555.41940.76843.2588-0.13090.0999-0.3723-0.69410.1734-0.2870.1415-0.09580.1180.4449-0.0132-0.00790.3319-0.07890.2663-5.22018.53434.4644
61.58180.84190.1544.23810.48442.73230.02270.0548-0.1992-0.1741-0.09210.04310.1799-0.24350.07910.18150.01590.0260.2312-0.02190.2462-2.193814.744813.2051
72.29530.13420.72584.8763-0.60753.69330.0697-0.1155-0.61150.18040.0007-0.49880.53740.50550.01950.1821-0.0139-0.02710.32720.04990.469414.597415.064621.6109
81.2161-0.66041.04324.0824-1.04314.54220.0598-0.2665-0.15830.81420.1233-0.46710.46640.2989-0.11130.48560.0445-0.11860.35350.05680.499610.51455.12133.9007
91.11620.18760.78773.848-1.27864.18490.0001-0.0729-0.17490.43950.0376-0.30870.0660.0905-0.09380.30070.0073-0.02910.24560.05650.39497.368611.351826.897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 225 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 226 through 383 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 45 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 61 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 119 through 147 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 148 through 225 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 226 through 250 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 251 through 318 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 319 through 383 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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