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万見
- PDB-6fdd: Crystal Structure of the HHD2 Domain of Whirlin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fdd
タイトルCrystal Structure of the HHD2 Domain of Whirlin
要素Whirlin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Usher syndrome / scaffold protein / hearing / deafness
機能・相同性
機能・相同性情報


axon collateral / paranodal junction maintenance / stereocilia ankle link / USH2 complex / periciliary membrane compartment / stereocilia ankle link complex / inner ear receptor cell differentiation / cerebellar Purkinje cell layer formation / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip ...axon collateral / paranodal junction maintenance / stereocilia ankle link / USH2 complex / periciliary membrane compartment / stereocilia ankle link complex / inner ear receptor cell differentiation / cerebellar Purkinje cell layer formation / sensory perception of light stimulus / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor connecting cilium / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / apical dendrite / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / photoreceptor inner segment / dendritic shaft / actin filament / establishment of protein localization / sensory perception of sound / presynapse / growth cone / postsynapse / cilium / ciliary basal body / protein domain specific binding / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Whirlin / : / : / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Delhommel, F. / Cordier, F. / Saul, F. / Haouz, A. / Wolff, N.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Fondation de France-Committee Berthe Fouassier フランス
Institut Pasteur フランス
Ministere de l'Enseignement Superieur et de la Recherche フランス
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural plasticity of the HHD2 domain of whirlin.
著者: Delhommel, F. / Cordier, F. / Saul, F. / Chataigner, L. / Haouz, A. / Wolff, N.
履歴
登録2017年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Whirlin
B: Whirlin
C: Whirlin
D: Whirlin
E: Whirlin
F: Whirlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,17213
ポリマ－59,4996
非ポリマー6727
水10,845602
1
A: Whirlin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9171
ポリマ－9,9171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Whirlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1093
ポリマ－9,9171
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Whirlin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9171
ポリマ－9,9171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Whirlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0132
ポリマ－9,9171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Whirlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0132
ポリマ－9,9171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Whirlin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2054
ポリマ－9,9171
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.580, 74.910, 63.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Whirlin


分子量: 9916.566 Da / 分子数: 6 / 断片: WHIRLIN DOMAIN HHD2 RESIDUES 420-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Whrn, Dfnb31, Kiaa1526 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80VW5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate 1.26M cacodylate 0.7M

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49.17 Å / Num. obs: 54049 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2966 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.63 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2697 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 53949 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0504 Å20 Å2-0.8912 Å2
2--1.9108 Å20 Å2
3---1.1396 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→47.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3647 0 35 602 4284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013791HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.835131HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1381SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes564HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3791HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion496SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5000SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3697 198 5.02 %
Rwork0.3195 3750 -
all0.3219 3948 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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