PDB-6fco: Structural and functional characterisation of Frataxin (FXN) like...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fco

タイトル

Structural and functional characterisation of Frataxin (FXN) like protein from Chaetomium thermophilum

要素

Mitochondrial frataxin-like protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / iron sulphur cluster / iron chaperone / Friedreich's ataxia

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-sulfur cluster assembly / heme biosynthetic process / ferroxidase / ferroxidase activity / monoatomic ion transport / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Jamshidiha, M. / Rasheed, M. / Pastore, A. / Cota, E.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of a frataxin from a thermophilic organism.
著者: Rasheed, M. / Jamshidiha, M. / Puglisi, R. / Yan, R. / Cota, E. / Pastore, A.

履歴

登録	2017年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fco.cif.gz	143.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fco.ent.gz	113.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fco_validation.pdf.gz	485.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fco_full_validation.pdf.gz	491.4 KB	表示
XML形式データ	6fco_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	6fco_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xrb-d 3blc-2 5mnw-d 1g5c-3 3mwh-d 3u66-d 6h28-1 2hvv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitochondrial frataxin-like protein

B: Mitochondrial frataxin-like protein

C: Mitochondrial frataxin-like protein

D: Mitochondrial frataxin-like protein

E: Mitochondrial frataxin-like protein

F: Mitochondrial frataxin-like protein

ヘテロ分子

85.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitochondrial frataxin-like protein

D: Mitochondrial frataxin-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitochondrial frataxin-like protein

C: Mitochondrial frataxin-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Mitochondrial frataxin-like protein

F: Mitochondrial frataxin-like protein

ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.058, 89.058, 185.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 117
2	1	B	1 - 117
1	2	A	0 - 117
2	2	C	0 - 117
1	3	A	1 - 118
2	3	D	1 - 118
1	4	A	1 - 118
2	4	E	1 - 118
1	5	A	1 - 118
2	5	F	1 - 118
1	6	B	1 - 117
2	6	C	1 - 117
1	7	B	1 - 118
2	7	D	1 - 118
1	8	B	1 - 118
2	8	E	1 - 118
1	9	B	1 - 118
2	9	F	1 - 118
1	10	C	1 - 118
2	10	D	1 - 118
1	11	C	1 - 120
2	11	E	1 - 120
1	12	C	1 - 120
2	12	F	1 - 120
1	13	D	1 - 118
2	13	E	1 - 118
1	14	D	1 - 118
2	14	F	1 - 118
1	15	E	1 - 120
2	15	F	1 - 120

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Mitochondrial frataxin-like protein 分子量: 14228.637 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0015430 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S1Z8
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 % / 解説: Large rectangle
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.4 M Sodium malonate and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0 PH範囲: 6-7 / Temp details: 293

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: no detail nitogen cooled
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→80.29 Å / Num. obs: 48810 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 33.45 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.03→2.106 Å / Num. unique obs: 48810 / R_pim(I) all: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.03→80.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25956	2444	5 %	RANDOM
R_work	0.21876	-	-	-
obs	0.22079	46368	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.03→80.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5209	0	28	145	5382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	5326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.986	7262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.813	3	11049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.958	5	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.955	25.721	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.862	15	845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.724	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.433	4.03	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.42	4.028	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.842	6.013	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.842	6.013	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.068	4.199	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.043	4.198	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.848	6.177	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.692	45.444	5640
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.694	45.419	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6644	0.1
1	2	B	6644	0.1
2	1	A	6878	0.07
2	2	C	6878	0.07
3	1	A	6436	0.09
3	2	D	6436	0.09
4	1	A	6298	0.08
4	2	E	6298	0.08
5	1	A	6346	0.07
5	2	F	6346	0.07
6	1	B	6608	0.11
6	2	C	6608	0.11
7	1	B	6616	0.07
7	2	D	6616	0.07
8	1	B	6240	0.08
8	2	E	6240	0.08
9	1	B	6238	0.08
9	2	F	6238	0.08
10	1	C	6432	0.1
10	2	D	6432	0.1
11	1	C	6330	0.09
11	2	E	6330	0.09
12	1	C	6370	0.08
12	2	F	6370	0.08
13	1	D	6278	0.08
13	2	E	6278	0.08
14	1	D	6264	0.09
14	2	F	6264	0.09
15	1	E	6430	0.08
15	2	F	6430	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.034→2.087 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	174	-
R_work	0.291	3350	-
obs	-	-	99.97 %

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