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- PDB-6fcl: Crystal Structure of Human APRT wild type in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fcl
タイトルCrystal Structure of Human APRT wild type in complex with AMP
要素Adenine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ROSSMAN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / grooming behavior / Purine salvage / GMP salvage / IMP salvage / AMP salvage ...Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / grooming behavior / Purine salvage / GMP salvage / IMP salvage / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / secretory granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenine phosphoribosyl transferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Adenine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Nioche, P. / Huyet, J. / Ozeir, M.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the Forward and Reverse Enzymatic Reactions in Human Adenine Phosphoribosyltransferase.
著者: Huyet, J. / Ozeir, M. / Burgevin, M.C. / Pinson, B. / Chesney, F. / Remy, J.M. / Siddiqi, A.R. / Lupoli, R. / Pinon, G. / Saint-Marc, C. / Gibert, J.F. / Morales, R. / Ceballos-Picot, I. / ...著者: Huyet, J. / Ozeir, M. / Burgevin, M.C. / Pinson, B. / Chesney, F. / Remy, J.M. / Siddiqi, A.R. / Lupoli, R. / Pinon, G. / Saint-Marc, C. / Gibert, J.F. / Morales, R. / Ceballos-Picot, I. / Barouki, R. / Daignan-Fornier, B. / Olivier-Bandini, A. / Auge, F. / Nioche, P.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine phosphoribosyltransferase
B: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5494
ポリマ－38,8552
非ポリマー6942
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.550, 47.940, 47.940
Angle α, β, γ (deg.)76.87, 61.42, 69.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Adenine phosphoribosyltransferase / APRT


分子量: 19427.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 3-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APRT / プラスミド: PET29A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07741, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NAOAC, PEG4000, GLYCEROL, TRIS, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.74 Å / Num. obs: 53495 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LN6

5ln6
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.5→44.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.16 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2706 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 50788 96.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0.15 Å20.39 Å2
2--0.23 Å2-0.12 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2694 0 46 211 2951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1912.0233902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.60936535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9745366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.42223.077117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57215498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1441526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9151.4971422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9141.4971421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5572.2361778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 208 -
Rwork0.248 3719 -
obs--94.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93890.0184-0.51990.68420.06470.70550.0396-0.08490.0887-0.00470.0061-0.0159-0.06570.0248-0.04560.0101-0.002700.0097-0.00720.0118-20.13484.38313.3881
20.93440.0035-0.20520.57460.19230.6952-0.03830.0785-0.1069-0.0473-0.00070.00450.0308-0.04790.0390.0084-0.0050.00460.0082-0.00980.0127-27.7054-11.2659-0.415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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