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- PDB-6fbz: Crystal structure of the eIF4E-eIF4G complex from Chaetomium ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fbz
タイトルCrystal structure of the eIF4E-eIF4G complex from Chaetomium thermophilum in the cap-bound state
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein,Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein
  • Eukaryotic translation initiation factor 4G
キーワードTRANSLATION / Translation Translational control Translation initiation Gene expression
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translation initiation factor activity / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4G1, eIF4E-binding domain / eIF4G, eIF4e-binding domain superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 4G1 / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like ...Eukaryotic translation initiation factor 4G1, eIF4E-binding domain / eIF4G, eIF4e-binding domain superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 4G1 / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein / MIF4G domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.496 Å
データ登録者Gruener, S. / Valkov, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural motifs in eIF4G and 4E-BPs modulate their binding to eIF4E to regulate translation initiation in yeast.
著者: Gruner, S. / Weber, R. / Peter, D. / Chung, M.Y. / Igreja, C. / Valkov, E. / Izaurralde, E.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein,Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein
B: Eukaryotic translation initiation factor 4G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6683
ポリマ－32,1302
非ポリマー5381
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.960, 75.354, 48.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein,Eukaryotic translation initiation factor 4E-like protein


分子量: 23081.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0058450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SCU4
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4G


分子量: 9048.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0071550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFP0
#3: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 20000 20% PEG 500 MME 0.02 M 1,6-hexanediol 0.02 M 1-butanol 0.02 M (RS)-1,2-propanediol 0.02 M 2-propanol 0.02 M 1,4-butanediol 0.02 M 1,3-propanediol 0.1 M Bicine/Trizma pH 8.5 0.687 mM m7GpppG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→75.35 Å / Num. obs: 38441 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.7 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.416 / Rsym value: 1.913 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TPW

4tpw


解像度: 1.496→48.763 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 20.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2058 1941 5.06 %
Rwork0.1699 --
obs0.1718 38394 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.496→48.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 0 33 134 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0222311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6693145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.05876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.114331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4963-1.53370.29461450.26152441X-RAY DIFFRACTION95
1.5337-1.57520.28761260.2432618X-RAY DIFFRACTION100
1.5752-1.62150.26461360.22232537X-RAY DIFFRACTION100
1.6215-1.67390.27481410.21542599X-RAY DIFFRACTION100
1.6739-1.73370.23911180.20282581X-RAY DIFFRACTION100
1.7337-1.80310.23741210.18812599X-RAY DIFFRACTION100
1.8031-1.88520.22621350.16822593X-RAY DIFFRACTION100
1.8852-1.98460.20781470.15692579X-RAY DIFFRACTION100
1.9846-2.10890.21941540.16242596X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.27170.18351390.15632583X-RAY DIFFRACTION100
2.2717-2.50030.19981280.15842643X-RAY DIFFRACTION100
2.5003-2.86210.21781410.1682637X-RAY DIFFRACTION100
2.8621-3.60580.19351390.1632664X-RAY DIFFRACTION100
3.6058-48.78850.19121710.16732783X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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