PDB-6fbm: Crystal structure of GNIP1Aa from Chromobacterium piscinae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fbm

タイトル

Crystal structure of GNIP1Aa from Chromobacterium piscinae

要素

Gram-negative insecticidal protein

キーワード

TOXIN / MACPF

機能・相同性

Vacuolar protein sorting-associated protein 62 / Vacuolar protein sorting-associated protein 62 / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Gram-negative insecticidal protein

機能・相同性情報

生物種

Chromobacterium piscinae (バクテリア)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Freigang, J. / Zaitseva, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structure-function characterization of an insecticidal protein GNIP1Aa, a member of an MACPF and beta-tripod families.
著者: Zaitseva, J. / Vaknin, D. / Krebs, C. / Doroghazi, J. / Milam, S.L. / Balasubramanian, D. / Duck, N.B. / Freigang, J.

履歴

登録	2017年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fbm.cif.gz	418.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fbm.ent.gz	335.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fbm_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fbm_full_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示
XML形式データ	6fbm_validation.xml.gz	73.1 KB	表示
CIF形式データ	6fbm_validation.cif.gz	102.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/6fbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/6fbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3t3m-d 3ze0-d 3zdz-d 3ze1-d 4z7n-d 3ze2-d 4z7q-d 4z7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gram-negative insecticidal protein

B: Gram-negative insecticidal protein

C: Gram-negative insecticidal protein

D: Gram-negative insecticidal protein

236 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.676, 143.187, 209.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains A D
4	4	Chains B C
5	5	Chains B D
6	6	Chains C D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Gram-negative insecticidal protein 分子量: 58994.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium piscinae (バクテリア) 遺伝子: GNIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140EEF9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM citrate, pH 5.6, 2 % Tacsimate, pH 5.0, 14 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 79981 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.72 % / R_rim(I) all: 0.129 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 3.58 % / Num. unique obs: 12826 / R_rim(I) all: 0.429 / R_sym value: 0.364 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158 2016/10/03	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→14.988 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 11.205 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.779 / ESU R Free: 0.326 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	4016	-
R_work	0.2304	-	-
all	0.233	-	-
obs	-	79981	96.675 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.331 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.545 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.785 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16136	0	0	452	16588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	16516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	14788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.953	22352
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.961	3	34464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.679	5	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.406	24.202	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.92	15	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.21	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	18616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	6220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.156	0.2	29756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	16180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	17196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.03	2.682	8332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.029	2.682	8331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.389	4.018	10408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.389	4.018	10409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.117	2.866	8184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.116	2.866	8185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.549	4.203	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.549	4.203	11945
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.59	30.882	18158
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.583	30.89	18142
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.041	0.05	34336
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.044	0.05	34206
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.052	0.05	34012
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.043	0.05	34100
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.056	0.05	33864
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.057	0.05	33894

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.563	0.34	298	0.298	5353	5901	95.7634	0.273
2.563-2.631	0.315	277	0.285	5450	5749	99.6173	0.254
2.631-2.705	0.34	262	0.28	5271	5574	99.2644	0.253
2.705-2.786	0.328	269	0.262	5078	5380	99.3866	0.234
2.786-2.874	0.292	286	0.262	4969	5308	99.0015	0.237
2.874-2.971	0.331	240	0.249	4804	5094	99.0185	0.221
2.971-3.078	0.319	228	0.249	4662	4956	98.6683	0.223
3.078-3.198	0.294	214	0.249	4488	4782	98.3271	0.226
3.198-3.333	0.268	225	0.239	4291	4610	97.961	0.216
3.333-3.487	0.245	227	0.229	4080	4403	97.8197	0.212
3.487-3.665	0.258	210	0.237	3879	4194	97.4964	0.222
3.665-3.873	0.259	216	0.22	3661	4002	96.8766	0.201
3.873-4.121	0.247	195	0.203	3485	3806	96.6894	0.188
4.121-4.423	0.226	184	0.182	3234	3555	96.1463	0.169
4.423-4.804	0.23	171	0.18	2979	3305	95.3101	0.167
4.804-5.303	0.188	141	0.178	2736	3041	94.607	0.163
5.303-6	0.212	109	0.191	2466	2739	94.0124	0.173
6-7.07	0.291	110	0.199	2119	2403	92.759	0.183
7.07-9.043	0.242	80	0.189	1739	1998	91.041	0.182
9.043-14.988	0.278	74	0.246	1221	1475	87.7966	0.247

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関連情報:EMDBヘッダ

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