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- PDB-6fbk: Crystal structure of the human WNK2 CCT-like 1 domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fbk
タイトルCrystal structure of the human WNK2 CCT-like 1 domain in complex with a WNK1 RFXV peptide
要素
  • Serine/threonine-protein kinase WNK1
  • Serine/threonine-protein kinase WNK2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / WNK2 / CCT Domain / AI domain / RFXV motif binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / monoatomic ion homeostasis ...positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / lymphocyte migration into lymph node / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / monoatomic cation homeostasis / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / monoatomic ion homeostasis / negative regulation of sodium ion transport / positive regulation of mitotic cytokinesis / regulation of mRNA export from nucleus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / intracellular chloride ion homeostasis / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / cellular response to chemokine / potassium ion homeostasis / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / membraneless organelle assembly / cellular hyperosmotic response / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / intracellular membraneless organelle / positive regulation of systemic arterial blood pressure / protein kinase activator activity / negative regulation of protein localization to plasma membrane / neuron development / phosphatase binding / regulation of sodium ion transport / monoatomic ion transport / negative regulation of protein ubiquitination / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Stimuli-sensing channels / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / heart development / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / WNK CCTL2 domain / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...: / : / WNK CCTL2 domain / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Serine/threonine-protein kinase WNK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.743 Å
データ登録者Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the human WNK2 CCT-like 1 domain in complex with a WNK1 RFXV peptide
著者: Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK2
P: Serine/threonine-protein kinase WNK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9512
ポリマ－13,9512
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.047, 78.047, 37.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK2 / Antigen NY-CO-43 / Protein kinase lysine-deficient 2 / Protein kinase with no lysine 2 / ...Antigen NY-CO-43 / Protein kinase lysine-deficient 2 / Protein kinase with no lysine 2 / Serologically defined colon cancer antigen 43


分子量: 11340.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNK2, KIAA1760, PRKWNK2, SDCCAG43, P/OKcl.13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9Y3S1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Erythrocyte 65 kDa protein / p65 / Kinase deficient protein / Protein kinase lysine-deficient 1 / ...Erythrocyte 65 kDa protein / p65 / Kinase deficient protein / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1 / hWNK1


分子量: 2610.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H4A3, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350 -- 10% ethylene glycol -- 0.2M sodium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→55.3 Å / Num. obs: 11689 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.743→1.773 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ELM

6elm


解像度: 1.743→33.973 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 50.6
詳細: Refinement R factors are higher than expected for resolution and diffraction images show diffuse spots between the indexed spots that were not able to be integrated. Nevertheless, the structure appears correct.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3341 551 4.72 %
Rwork0.2844 --
obs0.2869 11674 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.743→33.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数760 0 0 14 774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8741045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.092460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7429-1.91830.44661450.46192778X-RAY DIFFRACTION100
1.9183-2.19580.45511220.3912706X-RAY DIFFRACTION97
2.1958-2.76630.44411470.37652772X-RAY DIFFRACTION100
2.7663-33.97970.29011370.2392867X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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