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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fb4 | |||||||||
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タイトル | human KIBRA C2 domain mutant C771A | |||||||||
要素 | Protein KIBRA | |||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / C2 domain (C2ドメイン) / Kibra / phosphoinositide-binding / membrane interaction | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of intracellular transport / regulation of hippo signaling / negative regulation of organ growth / Signaling by Hippo / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / establishment of cell polarity / negative regulation of hippo signaling / kinase binding / ruffle membrane / 遊走 ...regulation of intracellular transport / regulation of hippo signaling / negative regulation of organ growth / Signaling by Hippo / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / establishment of cell polarity / negative regulation of hippo signaling / kinase binding / ruffle membrane / 遊走 / positive regulation of MAPK cascade / transcription coactivator activity / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4156309909 Å | |||||||||
データ登録者 | Crennell, S.J. / Posner, M.G. / Bagby, S. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: Distinctive phosphoinositide- and Ca2+-binding properties of normal and cognitive performance-linked variant forms of KIBRA C2 domain. 著者: Posner, M.G. / Upadhyay, A. / Ishima, R. / Kalli, A.C. / Harris, G. / Kremerskothen, J. / Sansom, M.S.P. / Crennell, S.J. / Bagby, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fb4.cif.gz | 137 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fb4.ent.gz | 89.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fb4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/6fb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/6fb4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14547.594 Da / 分子数: 2 / 変異: C771A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: KIBRA is a multi-functional scaffold protein, the C2 domain binds phosphoinositides. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWC1, KIAA0869 / 器官: kidney, brain腎臓 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IX03 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.08 % / 解説: pavilion |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Na HEPES, 0.8M Na dihydrogen phosphare, 0.8M K dihydrogen phosphate 5% glycerol cryoprotectant |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.415→72.643 Å / Num. obs: 17355 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 41.2630665184 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.5 Å / 冗長度: 6.22 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rrim(I) all: 0.676 / Χ2: 1.34 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3K9D 解像度: 2.4156309909→72.6422108694 Å / SU ML: 0.325016801318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35109357799 / 位相誤差: 25.3297439476 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.639236193 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4156309909→72.6422108694 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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