PDB-6fal: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fal

タイトル

Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid as ligand

要素

Trp operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Ligand Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tryptophan Repressor TrpR from E.coli: A ligand binding study
著者: Stiel, A.C. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fal.cif.gz	137 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fal.ent.gz	108 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6fal_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fal_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	6fal_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	6fal_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f9kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jhg-1 5udm-2 2jlh-1 5udn-2 1r5x-d 1rlm-3 4rs6-1 1rlm-2 6wzr-2 6r8a-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trp operon repressor

B: Trp operon repressor

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.070, 45.250, 60.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Trp operon repressor 分子量: 13386.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chain A of a dimer / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trpR, rtrY, b4393, JW4356 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物	ChemComp-IOP / INDOLYLPROPIONIC ACID / 1H-インド-ル-3-プロピオン酸分子量: 189.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M MgCl2 0.1M Tris HCl, pH8.5 30% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.97796 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月29日

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→35.875 Å / Num. obs: 59052 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.157 % / B_iso Wilson estimate: 11.37 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 19.03 / Num. measured all: 363608

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.2-1.23	5.11	0.253	6.02	20048	4384	3923	0.951	0.283	89.5
1.23-1.26	5.738	0.214	7.63	24347	4263	4243	0.969	0.236	99.5
1.26-1.3	5.762	0.183	8.68	23960	4173	4158	0.979	0.202	99.6
1.3-1.34	5.645	0.158	9.6	22742	4064	4029	0.982	0.175	99.1
1.34-1.38	6.018	0.142	10.89	23460	3922	3898	0.987	0.156	99.4
1.38-1.43	6.197	0.119	13.07	23437	3783	3782	0.991	0.13	100
1.43-1.49	6.259	0.103	15.06	22934	3674	3664	0.992	0.112	99.7
1.49-1.55	6.125	0.084	18.03	21476	3518	3506	0.995	0.092	99.7
1.55-1.62	6.301	0.076	20.16	21277	3400	3377	0.995	0.083	99.3
1.62-1.69	6.683	0.07	22.47	21525	3220	3221	0.996	0.076	100
1.69-1.79	6.662	0.063	24.84	20499	3082	3077	0.997	0.068	99.8
1.79-1.89	6.507	0.059	26.2	19176	2950	2947	0.997	0.064	99.9
1.89-2.03	6.235	0.053	27.91	16966	2737	2721	0.997	0.058	99.4
2.03-2.19	6.877	0.052	31.74	17508	2544	2546	0.998	0.056	100
2.19-2.4	6.713	0.05	32.7	15956	2380	2377	0.997	0.054	99.9
2.4-2.68	6.4	0.049	32.67	13535	2117	2115	0.997	0.053	99.9
2.68-3.09	6.311	0.049	32.99	11941	1896	1892	0.997	0.053	99.8
3.09-3.79	6.692	0.056	35.13	10774	1610	1610	0.996	0.061	100
3.79-5.36	6.076	0.06	33.62	7619	1259	1254	0.993	0.066	99.6
5.36-35.875	6.219	0.062	33.8	4428	714	712	0.993	0.068	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.2 Å	35.87 Å
Translation	1.2 Å	35.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→35.875 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	2953	5 %
R_work	0.1618	-	-
obs	0.1627	59043	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.07 Å² / B_iso mean: 22.3345 Å² / B_iso min: 6.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→35.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1586	0	46	225	1857
B_iso mean	-	-	14.92	28.8	-
残基数	-	-	-	-	194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.123	2265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.431	661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1981-1.2177	0.2525	118	0.2211	2238	2356	84
1.2177-1.2387	0.199	141	0.1957	2677	2818	100
1.2387-1.2612	0.1889	141	0.1861	2677	2818	100
1.2612-1.2855	0.1876	142	0.1751	2710	2852	100
1.2855-1.3117	0.182	138	0.1787	2618	2756	99
1.3117-1.3403	0.1939	141	0.1726	2678	2819	99
1.3403-1.3714	0.1964	141	0.1734	2675	2816	99
1.3714-1.4057	0.1698	141	0.1621	2671	2812	100
1.4057-1.4438	0.1652	142	0.165	2697	2839	100
1.4438-1.4862	0.153	141	0.1587	2676	2817	100
1.4862-1.5342	0.1596	139	0.1472	2660	2799	100
1.5342-1.589	0.154	142	0.1461	2680	2822	99
1.589-1.6527	0.1775	143	0.151	2720	2863	100
1.6527-1.7279	0.166	141	0.1514	2684	2825	100
1.7279-1.819	0.1862	141	0.153	2679	2820	100
1.819-1.9329	0.1785	143	0.1517	2708	2851	100
1.9329-2.0822	0.1332	141	0.1462	2689	2830	100
2.0822-2.2917	0.1469	143	0.1375	2723	2866	100
2.2917-2.6232	0.1618	143	0.1523	2713	2856	100
2.6232-3.3046	0.2032	144	0.1685	2737	2881	100
3.3046-35.8908	0.212	147	0.1797	2780	2927	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6843	0.2467	-0.1158	2.8674	0.3648	2.4674	0.0055	0.0009	0.2938	0.0323	-0.0243	-0.1613	-0.3304	0.1423	-0.0468	0.0645	-0.0116	-0.0065	0.0652	0.0151	0.0841	-6.4191	12.8299	-22.8335
2	0.8403	-0.18	0.4231	0.8459	-0.1473	3.1347	-0.0619	-0.0787	-0.0847	0.1807	0.0038	0.0185	0.218	-0.0634	0.0769	0.1135	0.0072	0.0124	0.057	0.0105	0.068	-5.8305	-1.8153	-12.7319
3	5.8455	-3.492	-5.1472	7.2448	0.4833	6.4002	0.0517	-0.5607	0.3886	0.592	0.1746	0.0726	-0.8097	0.0318	-0.1146	0.439	0.0079	-0.0606	0.2695	0.0257	0.214	-1.089	-3.7301	5.479
4	4.8458	-0.8934	-0.9584	2.3334	1.2313	0.7109	-0.1672	-0.2005	-0.0802	0.5952	0.067	-0.2358	-0.1723	0.0477	-0.2527	0.3077	0.0347	-0.0421	0.136	-0.0225	0.0742	-1.8882	8.5297	-0.6993
5	3.9806	-0.0145	0.0538	2.0052	1.4221	3.0542	0.1322	-0.6902	0.166	0.5539	-0.0549	0.3584	-0.0606	-0.4558	0.1601	0.2998	0.0594	0.1844	0.271	0.0429	0.0823	-17.3931	5.9291	-2.4545
6	2.8103	0.1989	-0.154	3.5289	-0.5623	2.5147	0.0375	-0.2674	-0.3819	0.2085	0.0781	0.2515	0.4749	-0.1971	-0.0295	0.1678	-0.0153	0.0043	0.112	0.0323	0.0819	-11.6695	-3.3076	-12.6634
7	1.8791	-0.0074	-1.4117	1.584	0.0483	3.4459	0.0284	-0.0178	0.0999	0.0423	0.0043	-0.1148	-0.1671	0.1012	-0.0538	0.061	-0.0092	-0.0122	0.0571	0.0055	0.0831	-2.6918	9.1095	-20.3169
8	3.5039	1.995	2.2078	7.5832	1.6776	2.1849	-0.1755	0.4596	-0.0251	-0.7635	0.2641	-0.0381	0.5741	0.0128	-0.0393	0.3	-0.04	0.0166	0.2538	0.0286	0.2474	10.5097	10.1931	-34.941
9	2.1961	1.1308	0.6797	3.1793	0.3144	1.8719	-0.132	0.2518	-0.1098	-0.169	0.0989	-0.2631	-0.0343	0.3143	-0.0035	0.0623	0.0082	0.0282	0.134	-0.0294	0.1676	6.7105	-1.2231	-28.8876
10	1.5363	0.0087	-0.5716	3.6982	-2.0929	2.6186	-0.046	0.4083	0.2863	-0.1895	-0.001	0.0047	-0.4887	-0.0413	0.014	0.2084	-0.0248	-0.017	0.1411	0.0096	0.1373	-7.7485	3.0192	-35.9962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 31 )	A	10 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 63 )	A	32 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 78 )	A	64 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 93 )	A	79 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 94 through 106 )	A	94 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 13 through 32 )	B	13 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 33 through 63 )	B	33 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 78 )	B	64 - 78
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 79 through 90 )	B	79 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 91 through 109 )	B	91 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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