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- PDB-6f9m: The LIPY/F-motif in an intracellular subtilisin protease is invol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f9m
タイトルThe LIPY/F-motif in an intracellular subtilisin protease is involved in inhibition
要素Serine protease
キーワードHYDROLASE / ISP / LIPY/F-motif / subtilisin / protease structure
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily ...Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Serine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Planococcus plakortidis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.298 Å
データ登録者Bjerga, G.E.K. / Larsen, O. / Arsin, H. / Williamson, A.K. / Garcia-Moyano, A. / Leiros, I. / Puntervoll, P.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway221568 ノルウェー
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Mutational analysis of the pro-peptide of a marine intracellular subtilisin protease supports its role in inhibition.
著者: Bjerga, G.E.K. / Larsen, O. / Williamson, A. / Garcia-Moyano, A. / Leiros, I. / Puntervoll, P.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease
B: Serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6148
ポリマ－71,1492
非ポリマー4646
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.170, 85.180, 104.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine protease


分子量: 35574.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planococcus plakortidis (バクテリア)
遺伝子: BBI15_13285 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEW8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.25 M NH4Ac, 21.73 % PEG 1500, 0.1 M Na-Citrate pH 4.0
Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.298→66.05 Å / Num. obs: 142753 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 17.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.298→1.32 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7606 / Rpim(I) all: 0.412 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XRM

2xrm


解像度: 1.298→44.563 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1503 1992 1.4 %
Rwork0.1302 --
obs0.1304 142740 92.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.92 Å2 / Biso mean: 24.6485 Å2 / Biso min: 11.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.298→44.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4432 0 64 549 5045
Biso mean--31.63 37.2 -
残基数----587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9626361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3861701
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2977-1.33020.24991730.22941069510868100
1.3302-1.36620.20791700.1991075610926100
1.3662-1.40640.20151420.1761078410926100
1.4064-1.45180.20961370.15621083510972100
1.4518-1.50370.18741210.13441079110912100
1.5037-1.56390.14241590.11691081510974100
1.5639-1.6350.14441600.1071084011000100
1.635-1.72120.14621410.101299881012999
1.7212-1.82910.13541690.098102741044399
1.8291-1.97030.1423990.10367333743267
1.9703-2.16860.15911050.10836957706264
2.1686-2.48240.10611400.113104481058895
2.4824-3.12740.14321350.13259727986288
3.1274-44.58950.15991410.1437105051064692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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