PDB-6f91: Structure of the family GH92 alpha-mannosidase BT3965 from Bacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f91

タイトル

Structure of the family GH92 alpha-mannosidase BT3965 from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

Putative alpha-1,2-mannosidase

キーワード

HYDROLASE / glycan / carbohydrate / glycosidase / substrate specificity / glycoside hydrolase / alpha-mannosidase / GH92 / gut bacteria / microbiota / CAZy / CAZypedia

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Thompson, A.J. / Spears, R.J. / Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Bacteroides thetaiotaomicron generates diverse alpha-mannosidase activities through subtle evolution of a distal substrate-binding motif.
著者: Thompson, A.J. / Spears, R.J. / Zhu, Y. / Suits, M.D.L. / Williams, S.J. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2017年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6f91.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6f91_validation.pdf.gz	520.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f91_full_validation.pdf.gz	564.9 KB	表示
XML形式データ	6f91_validation.xml.gz	267.7 KB	表示
CIF形式データ	6f91_validation.cif.gz	413 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f8zC 6f90C 6f92C 2wvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n2m-1 4n25-1 4n2h-1 6f92-1 4n24-1 1qdl-1 6f92-2 4n2f-1 4n2d-1 3dpn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative alpha-1,2-mannosidase

B: Putative alpha-1,2-mannosidase

C: Putative alpha-1,2-mannosidase

D: Putative alpha-1,2-mannosidase

E: Putative alpha-1,2-mannosidase

F: Putative alpha-1,2-mannosidase

G: Putative alpha-1,2-mannosidase

H: Putative alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

703 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

H: Putative alpha-1,2-mannosidase

ヘテロ分子

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176 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative alpha-1,2-mannosidase

E: Putative alpha-1,2-mannosidase

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3

D: Putative alpha-1,2-mannosidase

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4

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5

H: Putative alpha-1,2-mannosidase

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6

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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.919, 184.542, 183.661
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	5 - 757	5 - 757
2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	5 - 757	5 - 757
1	2	THR	THR	GLU	GLU	A	A	4 - 758	4 - 758
2	2	THR	THR	GLU	GLU	C	C	4 - 758	4 - 758
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	5 - 757	5 - 757
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	5 - 757	5 - 757
1	4	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	5 - 757	5 - 757
2	4	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	5 - 757	5 - 757
1	5	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	5 - 757	5 - 757
2	5	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	5 - 757	5 - 757
1	6	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	5 - 757	5 - 757
2	6	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	5 - 757	5 - 757
1	7	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	5 - 757	5 - 757
2	7	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	5 - 757	5 - 757
1	8	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	5 - 759	5 - 759
2	8	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	5 - 759	5 - 759
1	9	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	5 - 758	5 - 758
2	9	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	5 - 758	5 - 758
1	10	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	5 - 758	5 - 758
2	10	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	5 - 758	5 - 758
1	11	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	5 - 759	5 - 759
2	11	GLU	GLU	HIS	HIS	F	F	5 - 759	5 - 759
1	12	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	5 - 758	5 - 758
2	12	GLU	GLU	GLU	GLU	G	G	5 - 758	5 - 758
1	13	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	5 - 758	5 - 758
2	13	GLU	GLU	GLU	GLU	H	H	5 - 758	5 - 758
1	14	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	5 - 759	5 - 759
2	14	GLU	GLU	HIS	HIS	D	D	5 - 759	5 - 759
1	15	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	5 - 759	5 - 759
2	15	GLU	GLU	HIS	HIS	E	E	5 - 759	5 - 759
1	16	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	5 - 759	5 - 759
2	16	GLU	GLU	HIS	HIS	F	F	5 - 759	5 - 759
1	17	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	5 - 759	5 - 759
2	17	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	5 - 759	5 - 759
1	18	GLU	GLU	HIS	HIS	C	C	5 - 759	5 - 759
2	18	GLU	GLU	HIS	HIS	H	H	5 - 759	5 - 759
1	19	GLU	GLU	HIS	HIS	D	D	5 - 764	5 - 764
2	19	GLU	GLU	HIS	HIS	E	E	5 - 764	5 - 764
1	20	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	5 - 758	5 - 758
2	20	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	5 - 758	5 - 758
1	21	GLU	GLU	HIS	HIS	D	D	5 - 764	5 - 764
2	21	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	5 - 764	5 - 764
1	22	GLU	GLU	HIS	HIS	D	D	5 - 764	5 - 764
2	22	GLU	GLU	HIS	HIS	H	H	5 - 764	5 - 764
1	23	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	5 - 758	5 - 758
2	23	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	5 - 758	5 - 758
1	24	GLU	GLU	HIS	HIS	E	E	5 - 764	5 - 764
2	24	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	5 - 764	5 - 764
1	25	GLU	GLU	HIS	HIS	E	E	5 - 764	5 - 764
2	25	GLU	GLU	HIS	HIS	H	H	5 - 764	5 - 764
1	26	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	5 - 758	5 - 758
2	26	GLU	GLU	GLU	GLU	G	G	5 - 758	5 - 758
1	27	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	5 - 758	5 - 758
2	27	GLU	GLU	GLU	GLU	H	H	5 - 758	5 - 758
1	28	GLU	GLU	HIS	HIS	G	G	5 - 764	5 - 764
2	28	GLU	GLU	HIS	HIS	H	H	5 - 764	5 - 764

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Putative alpha-1,2-mannosidase 分子量: 87566.141 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: HMPREF2534_04919 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: A0A139JT15, UniProt: Q8A0Q6*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 6809分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M NaNO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.08 Å / Num. obs: 682384 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.983 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 32477 / CC_1/2: 0.672 / R_pim(I) all: 0.837 / R_rim(I) all: 1.296 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WVY

2wvy

解像度: 1.8→48.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.642 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18522	33861	5 %	RANDOM
R_work	0.15984	-	-	-
obs	0.16109	648458	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.93 Å²	0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	-1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→48.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47560	0	128	6759	54447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	49802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	43436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.936	67542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.987	3	100946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.805	5	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.021	23.84	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.742	15	7954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.724	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	6933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	56085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	11056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.118	2.55	23958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.116	2.55	23952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.848	3.805	29916
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.848	3.805	29917
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.811	2.81	25844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.811	2.81	25844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.192	4.107	37528
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.066	31.052	60697
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.066	31.052	60698
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	53060	0.04
1	2	B	53060	0.04
2	1	A	53018	0.04
2	2	C	53018	0.04
3	1	A	52514	0.05
3	2	D	52514	0.05
4	1	A	52780	0.05
4	2	E	52780	0.05
5	1	A	52844	0.04
5	2	F	52844	0.04
6	1	A	52732	0.05
6	2	G	52732	0.05
7	1	A	52754	0.05
7	2	H	52754	0.05
8	1	B	53252	0.04
8	2	C	53252	0.04
9	1	B	52616	0.05
9	2	D	52616	0.05
10	1	B	52964	0.05
10	2	E	52964	0.05
11	1	B	52904	0.05
11	2	F	52904	0.05
12	1	B	52738	0.05
12	2	G	52738	0.05
13	1	B	52910	0.05
13	2	H	52910	0.05
14	1	C	52960	0.05
14	2	D	52960	0.05
15	1	C	52942	0.05
15	2	E	52942	0.05
16	1	C	52908	0.04
16	2	F	52908	0.04
17	1	C	52814	0.06
17	2	G	52814	0.06
18	1	C	52870	0.05
18	2	H	52870	0.05
19	1	D	53796	0.04
19	2	E	53796	0.04
20	1	D	52670	0.05
20	2	F	52670	0.05
21	1	D	53530	0.05
21	2	G	53530	0.05
22	1	D	53438	0.05
22	2	H	53438	0.05
23	1	E	52930	0.05
23	2	F	52930	0.05
24	1	E	53862	0.04
24	2	G	53862	0.04
25	1	E	53716	0.05
25	2	H	53716	0.05
26	1	F	52480	0.05
26	2	G	52480	0.05
27	1	F	52468	0.05
27	2	H	52468	0.05
28	1	G	53830	0.04
28	2	H	53830	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	2545	-
R_work	0.287	46741	-
obs	-	-	97.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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