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- PDB-6f8n: Key residues affecting transglycosylation activity in family 18 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f8n
タイトルKey residues affecting transglycosylation activity in family 18 chitinases - Insights into donor and acceptor subsites
要素Glycoside hydrolase family 18
キーワードHYDROLASE / Chitooligosaccharides / Degree of polymerization / Hydrolysis / Transglycosylation / Chitinase / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia proteamaculans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Swaroopa Rani, T. / Podile, A.R. / Eijsink, V.G.H. / Sorlie, M.
資金援助 ノルウェー, インド, 3件
組織認可番号国
Research Council of Norway221576, 247001 and 247730 ノルウェー
South-Eastern Norway Regional Health Authority2015095 ノルウェー
DST-INSPIRE-Faculty awardIFA16-LSPA 40 インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Key Residues Affecting Transglycosylation Activity in Family 18 Chitinases: Insights into Donor and Acceptor Subsites.
著者: Madhuprakash, J. / Dalhus, B. / Rani, T.S. / Podile, A.R. / Eijsink, V.G.H. / Sorlie, M.
履歴
登録2017年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 18
B: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,68310
ポリマ－91,5152
非ポリマー1,1688
水17,925995
1
A: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3415
ポリマ－45,7581
非ポリマー5844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3415
ポリマ－45,7581
非ポリマー5844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.840, 87.570, 75.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-752-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 18


分子量: 45757.508 Da / 分子数: 2 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (strain 568) (バクテリア)
株: 568 / 遺伝子: Spro_2725 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8GFD6
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0 and 10% (w/v) PEG 8000 in mixtures containing (GlcNAc)6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→69.96 Å / Num. obs: 126010 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4074 / Rrim(I) all: 0.436 / % possible all: 60.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NZC

4nzc


解像度: 1.45→69.96 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 6194 4.92 %Random
Rwork0.1749 ---
obs0.1766 126003 93.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→69.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6228 0 76 995 7299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8468837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5262335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4476-1.46410.35831350.32692476X-RAY DIFFRACTION59
1.4641-1.48130.34441200.31862801X-RAY DIFFRACTION66
1.4813-1.49940.36031660.29663065X-RAY DIFFRACTION72
1.4994-1.51830.30011780.29033226X-RAY DIFFRACTION78
1.5183-1.53830.30221920.2833594X-RAY DIFFRACTION84
1.5383-1.55940.28941790.2743850X-RAY DIFFRACTION91
1.5594-1.58170.33612190.2594144X-RAY DIFFRACTION98
1.5817-1.60530.26352060.24214201X-RAY DIFFRACTION99
1.6053-1.63040.2691760.23294269X-RAY DIFFRACTION100
1.6304-1.65710.24552030.23014263X-RAY DIFFRACTION100
1.6571-1.68570.24212070.2174247X-RAY DIFFRACTION100
1.6857-1.71630.25452120.21134207X-RAY DIFFRACTION100
1.7163-1.74940.24332250.19764234X-RAY DIFFRACTION100
1.7494-1.78510.22412020.19294231X-RAY DIFFRACTION100
1.7851-1.82390.23572270.18764202X-RAY DIFFRACTION99
1.8239-1.86630.21522270.17874210X-RAY DIFFRACTION99
1.8663-1.9130.20552350.1734196X-RAY DIFFRACTION99
1.913-1.96470.18772140.17454211X-RAY DIFFRACTION99
1.9647-2.02250.20462050.17174252X-RAY DIFFRACTION99
2.0225-2.08780.22462370.16524197X-RAY DIFFRACTION99
2.0878-2.16240.18852140.1594225X-RAY DIFFRACTION99
2.1624-2.2490.20772130.15444173X-RAY DIFFRACTION98
2.249-2.35140.18062220.15794202X-RAY DIFFRACTION99
2.3514-2.47540.19882150.16234147X-RAY DIFFRACTION98
2.4754-2.63050.22022490.17384124X-RAY DIFFRACTION97
2.6305-2.83360.20332080.17054102X-RAY DIFFRACTION96
2.8336-3.11870.19792210.16124198X-RAY DIFFRACTION98
3.1187-3.570.19312310.14854149X-RAY DIFFRACTION98
3.57-4.49770.15772220.13374180X-RAY DIFFRACTION97
4.4977-70.03760.18492340.15394233X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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