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- PDB-6f8f: Co-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f8f
タイトルCo-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment
要素
  • Pancreas/duodenum homeobox protein 1
  • Speckle-type POZ protein
キーワードLIGASE / Nuclear / Diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin / type B pancreatic cell differentiation / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / transdifferentiation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / response to chlorate / morphogenesis of embryonic epithelium / glucose mediated signaling pathway / type B pancreatic cell apoptotic process ...response to vitamin / type B pancreatic cell differentiation / positive regulation of type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / transdifferentiation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / response to chlorate / morphogenesis of embryonic epithelium / glucose mediated signaling pathway / type B pancreatic cell apoptotic process / response to L-leucine / type B pancreatic cell proliferation / response to fatty acid / exocrine pancreas development / digestive tract development / regulation of proteolysis / response to alkaloid / insulin secretion / response to iron(II) ion / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / smoothened signaling pathway / molecular function inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Regulation of gene expression in beta cells / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / animal organ regeneration / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to glucocorticoid / liver development / response to cytokine / generation of precursor metabolites and energy / stem cell differentiation / response to nicotine / promoter-specific chromatin binding / animal organ morphogenesis / Hedgehog 'on' state / positive regulation of insulin secretion / protein polyubiquitination / negative regulation of epithelial cell proliferation / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / SPOP, C-terminal BACK domain / MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Homeobox domain, metazoa / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology ...Homeobox protein, antennapedia type / SPOP, C-terminal BACK domain / MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Homeobox domain, metazoa / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Pancreas/duodenum homeobox protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ostertag, M.S. / Popowicz, G.M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The Structure of the SPOP-Pdx1 Interface Reveals Insights into the Phosphorylation-Dependent Binding Regulation.
著者: Ostertag, M.S. / Messias, A.C. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2017年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Speckle-type POZ protein
G: Pancreas/duodenum homeobox protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7512
ポリマ－17,7512
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.925, 53.925, 207.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16616.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド Pancreas/duodenum homeobox protein 1 / PDX-1 / Glucose-sensitive factor / GSF / Insulin promoter factor 1 / IPF-1 / Insulin upstream ...PDX-1 / Glucose-sensitive factor / GSF / Insulin promoter factor 1 / IPF-1 / Insulin upstream factor 1 / IUF-1 / Islet/duodenum homeobox-1 / IDX-1 / Somatostatin-transactivating factor 1 / STF-1


分子量: 1135.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52945
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 10% (w/v) PEG6000 (final pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.82655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 13193 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.96 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 26.23
反射 シェル解像度: 2→2.051 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IVV

3ivv


解像度: 2→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.211 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27433 640 5 %RANDOM
Rwork0.21549 ---
obs0.21841 12184 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1156 0 0 35 1191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.9561587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01732497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6055145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29123.96253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33615206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.567157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3836.095586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3436.093585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2959.101729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.2919.103730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8346.362593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8296.364594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4049.356859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.99969.261273
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.00169.1471271
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 42 -
Rwork0.414 846 -
obs--98.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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