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- PDB-6f8d: Crystal structure of Human ARS2 residues 171-270 + 408-763 (P65 form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f8d
タイトルCrystal structure of Human ARS2 residues 171-270 + 408-763 (P65 form)
要素(Serrate RNA effector molecule homolog) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap binding complex binding / neuronal stem cell population maintenance / primary miRNA processing / response to arsenic-containing substance / positive regulation of neurogenesis / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex ...mRNA cap binding complex binding / neuronal stem cell population maintenance / primary miRNA processing / response to arsenic-containing substance / positive regulation of neurogenesis / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SERRATE/Ars2 , C-terminal / SERRATE/Ars2, N-terminal / SERRATE/Ars2 / Arsenite-resistance protein 2 / SERRATE/Ars2, N-terminal domain / RNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serrate RNA effector molecule homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Cusack, S. / Schulze, W.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of human ARS2 as a platform for co-transcriptional RNA sorting.
著者: Schulze, W.M. / Stein, F. / Rettel, M. / Nanao, M. / Cusack, S.
履歴
登録2017年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serrate RNA effector molecule homolog
C: Serrate RNA effector molecule homolog
B: Serrate RNA effector molecule homolog
D: Serrate RNA effector molecule homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3944
ポリマ－106,3944
非ポリマー00
水00
1
A: Serrate RNA effector molecule homolog
C: Serrate RNA effector molecule homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1972
ポリマ－53,1972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
2
B: Serrate RNA effector molecule homolog
D: Serrate RNA effector molecule homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1972
ポリマ－53,1972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.210, 105.210, 267.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A176 - 761
2010B176 - 761

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要素

#1: タンパク質 Serrate RNA effector molecule homolog / Arsenite-resistance protein 2


分子量: 12027.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 271-407 were deleted.Residues 171-270 and 408-763 were co-expressed as separate pieces.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRRT, ARS2, ASR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9BXP5
#2: タンパク質 Serrate RNA effector molecule homolog / Arsenite-resistance protein 2


分子量: 41169.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 271-407 were deleted.Residues 171-270 and 408-763 were co-expressed as separate pieces.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRRT, ARS2, ASR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9BXP5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: Crystals of ARS2 were obtained at 4 C in 2 microlitre hanging drops with a 1:1 ratio of protein solution (6 mg/ml in 20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine pH 7.8) to ...詳細: Crystals of ARS2 were obtained at 4 C in 2 microlitre hanging drops with a 1:1 ratio of protein solution (6 mg/ml in 20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine pH 7.8) to crystallisation solution. The crystallisation solution was 1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M CAPS pH 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→91.11 Å / Num. obs: 20970 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.12 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 8.71
反射 シェル解像度: 3.48→3.57 Å / 冗長度: 2.98 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.253 / Rsym value: 1.617 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F7J

6f7j


解像度: 3.48→91.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 44.876 / SU ML: 0.614 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.592 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29224 922 4.4 %RANDOM
Rwork0.26415 ---
obs0.26537 20048 97.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 160.658 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6 Å21.3 Å20 Å2
2--2.6 Å2-0 Å2
3----8.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.48→91.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6504 0 0 0 6504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9621.9658903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.818314576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2835772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.71823.588354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.475151272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.7021572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.50916.2153118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.50916.2153117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.01124.3163880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.01124.3173881
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90516.5183501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.90516.5183502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.30924.6475024
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.2387187
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.2387187
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24180 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.479→3.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 60 -
Rwork0.446 1301 -
obs--86.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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