[日本語] English
万見
- PDB-6f7a: Gloeobacter Ligand-gated Ion Channel (GLIC) closed state crystall... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f7a
タイトルGloeobacter Ligand-gated Ion Channel (GLIC) closed state crystallized in an ultra-swollen lipidic mesophase
要素Proton-gated ion channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6 Å
データ登録者Martiel, I. / Zabara, A. / Chong, J.Y.T. / Stark, L. / Cromer, B. / Dummond, C.J. / Mezzenga, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationSinergia Grant CRSII2_154451 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Design of ultra-swollen lipidic mesophases for the crystallization of membrane proteins with large extracellular domains.
著者: Zabara, A. / Chong, J.T.Y. / Martiel, I. / Stark, L. / Cromer, B.A. / Speziale, C. / Drummond, C.J. / Mezzenga, R.
履歴
登録2017年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,2105
ポリマ－178,2105
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18070 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area68830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.940, 208.220, 255.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...
21(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...
31(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...
41(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...
51(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPROPRO(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 101 - 6
12ILEILEILEILE(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA117
13VALVALPHEPHE(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3151 - 311
14VALVALPHEPHE(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3151 - 311
15VALVALPHEPHE(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3151 - 311
16VALVALPHEPHE(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3151 - 311
21VALVALALAALA(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...BB5 - 121 - 8
22ASPASPASPASP(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...BB139
23VALVALPHEPHE(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...BB5 - 3151 - 311
24VALVALPHEPHE(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...BB5 - 3151 - 311
25VALVALPHEPHE(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...BB5 - 3151 - 311
26VALVALPHEPHE(chain B and (resseq 5:12 or (resid 13 and (name...BB5 - 3151 - 311
31VALVALPROPRO(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...CC5 - 101 - 6
32ILEILEILEILE(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...CC117
33VALVALPHEPHE(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...CC5 - 3151 - 311
34VALVALPHEPHE(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...CC5 - 3151 - 311
35VALVALPHEPHE(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...CC5 - 3151 - 311
36VALVALPHEPHE(chain C and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...CC5 - 3151 - 311
41VALVALPROPRO(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...DD5 - 101 - 6
42ILEILEILEILE(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...DD117
43VALVALPHEPHE(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...DD5 - 3151 - 311
44VALVALPHEPHE(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...DD5 - 3151 - 311
45VALVALPHEPHE(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...DD5 - 3151 - 311
46VALVALPHEPHE(chain D and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...DD5 - 3151 - 311
51VALVALPROPRO(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...EE5 - 101 - 6
52ILEILEILEILE(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...EE117
53VALVALPHEPHE(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...EE5 - 3151 - 311
54VALVALPHEPHE(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...EE5 - 3151 - 311
55VALVALPHEPHE(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...EE5 - 3151 - 311
56VALVALPHEPHE(chain E and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...EE5 - 3151 - 311

-
要素

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 35642.043 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.2 M (NH4)SO4, 0.02M NaCl, 0.02M Na Act 4 pH, 33%v/v PEG200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→48.201 Å / Num. obs: 28508 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 284.44 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.42 / Net I/σ(I): 4.99
反射 シェル解像度: 6→6.215 Å / Num. unique obs: 533 / CC1/2: 0.13

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NPQ

4npq


解像度: 6→48.201 Å / SU ML: 1.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3184 265 5.01 %
Rwork0.286 --
obs0.2878 5287 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 429.06 Å2 / Biso mean: 307.3586 Å2 / Biso min: 220.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 6→48.201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11682 0 0 0 11682
残基数----1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97316555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.516979
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6448X-RAY DIFFRACTION5.844TORSIONAL
12B6448X-RAY DIFFRACTION5.844TORSIONAL
13C6448X-RAY DIFFRACTION5.844TORSIONAL
14D6448X-RAY DIFFRACTION5.844TORSIONAL
15E6448X-RAY DIFFRACTION5.844TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
6-7.55460.40241310.358224872618100
7.5546-48.20250.29311340.26132535266997

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る