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- PDB-6f79: Carboxypeptidase T mutant L211Q with Sulphamoil Arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f79
タイトルCarboxypeptidase T mutant L211Q with Sulphamoil Arginine
要素Carboxypeptidase T
キーワードHYDROLASE / PEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase T / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~2~-sulfamoyl-L-arginine / Carboxypeptidase T
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Carboxypeptidase T mutant L211Q with Sulphamoil Arginine
著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2017年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,36710
ポリマ－36,6561
非ポリマー7119
水6,179343
1
A: Carboxypeptidase T
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,20560
ポリマ－219,9376
非ポリマー4,26754
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area18620 Å2
ΔGint-692 kcal/mol
Surface area59760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.960, 157.960, 104.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-639-

HOH

21A-665-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carboxypeptidase T


分子量: 36656.246 Da / 分子数: 1 / 変異: L211Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)
遺伝子: cpt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T

-
非ポリマー , 5種, 352分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-0X9 / N~2~-sulfamoyl-L-arginine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 253.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N5O4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 296 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 1,4 SA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 60927 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 20.62 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 4.4391
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 20.89 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 8747 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QNV

3qnv


解像度: 1.9→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.578 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14715 2961 4.9 %RANDOM
Rwork0.12696 ---
obs0.12794 57912 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.909 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2582 0 32 343 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.9423715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95935350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.595334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.99724.42138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18915420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2641513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7881.3141321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7841.311320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9741.9681660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9741.9731661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1011.4961403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0321.471396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.112.1332043
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.02616.9833377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.72616.0653283
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.9635014
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.8675222
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.84855071
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.157 202 -
Rwork0.121 4209 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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