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- PDB-6f74: Crystal structure of VAO-type flavoprotein MtVAO713 from Myceliop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f74
タイトルCrystal structure of VAO-type flavoprotein MtVAO713 from Myceliophthora thermophila C1
要素Alcohol oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / VAO-type / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Fraaije, M.W.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2018
タイトル: Characterization of Two VAO-Type Flavoprotein Oxidases from Myceliophthora thermophila.
著者: Ferrari, A.R. / Rozeboom, H.J. / Vugts, A.S.C. / Koetsier, M.J. / Floor, R. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2017年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alcohol oxidase
B: Alcohol oxidase
C: Alcohol oxidase
D: Alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,76724
ポリマ－261,3054
非ポリマー6,46120
水27,4011521
1
A: Alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9426
ポリマ－65,3261
非ポリマー1,6155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8505
ポリマ－65,3261
非ポリマー1,5234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9426
ポリマ－65,3261
非ポリマー1,6155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alcohol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0347
ポリマ－65,3261
非ポリマー1,7076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.195, 108.506, 135.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYSAA27 - 59827 - 598
21THRTHRLYSLYSBB27 - 59827 - 598
12PROPROARGARGAA28 - 59728 - 597
22PROPROARGARGCC28 - 59728 - 597
13THRTHRLYSLYSAA27 - 59827 - 598
23THRTHRLYSLYSDD27 - 59827 - 598
14PROPROARGARGBB28 - 59728 - 597
24PROPROARGARGCC28 - 59728 - 597
15THRTHRLYSLYSBB27 - 59827 - 598
25THRTHRLYSLYSDD27 - 59827 - 598
16PROPROARGARGCC28 - 59728 - 597
26PROPROARGARGDD28 - 59728 - 597

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alcohol oxidase


分子量: 65326.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 18 residues are a signal sequence
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
遺伝子: MYCTH_2309690
発現宿主: Myceliophthora thermophila ATCC 42464 (菌類)
参照: UniProt: G2QMS8

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1533分子

#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0 / PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.574 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月3日
放射モノクロメーター: Helios MX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.574 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.787
11-h,-k,l20.213
反射解像度: 2.2→54.3 Å / Num. obs: 120921 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5895 / CC1/2: 0.532 / Rpim(I) all: 0.479 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MtVAO615

解像度: 2.2→54.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 6.52 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23859 5894 4.9 %RANDOM
Rwork0.19585 ---
obs0.19793 114990 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.14 Å2-0 Å24.8 Å2
2--23.4 Å20 Å2
3----18.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→54.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17597 0 428 1522 19547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01918549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.96525277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.009338205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1452283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30723.902820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.429152779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.32515100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02120800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0420.1019144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0420.1019143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.0780.15111423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.0780.15111424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3250.1589405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3250.1589405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.5440.23313855
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.5712.03521930
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.4691.73521672
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A375400.05
12B375400.05
21A375900.05
22C375900.05
31A378280.05
32D378280.05
41B375940.04
42C375940.04
51B376300.05
52D376300.05
61C374820.05
62D374820.05
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 459 -
Rwork0.234 8287 -
obs--96.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3462-0.04260.17660.1746-0.23111.4646-0.0406-0.0698-0.00480.01750.0101-0.0066-0.0951-0.0740.03050.25840.0017-0.00930.1482-0.00370.2346-11.41338.509118.072
20.61780.10560.01640.46020.23071.0508-0.0010.0261-0.0233-0.0099-0.00580.01660.0223-0.06720.00680.18970.004-0.01930.00580.00220.207721.94438.83563.845
30.44040.1683-0.01980.4168-0.25961.85780.0384-0.06240.0310.028-0.0406-0.01050.04010.0160.00220.24640.0132-0.01740.0967-0.00020.238930.50637.722131.784
40.6111-0.0576-0.08680.34250.19270.80440.00140.0710.0446-0.0229-0.01440.0049-0.0611-0.03990.0130.1871-0.0063-0.02260.01030.01550.2047-19.40238.05150.062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 598
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 598
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 598
4X-RAY DIFFRACTION4D27 - 598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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