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- PDB-6f6p: Crystal structure of tetrameric human Rabin8 GEF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f6p
タイトルCrystal structure of tetrameric human Rabin8 GEF domain
要素(Rab-3A-interacting protein) x 2
キーワードHYDROLASE / Rabin8 / GEF / guanine nucleotide exchange factor / tetramer / RAB3I
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to plasma membrane transport vesicle / protein localization to motile cilium / ciliary basal body-plasma membrane docking / protein localization to organelle / negative regulation of filopodium assembly / proximal dendrite / VxPx cargo-targeting to cilium / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of cilium assembly ...Golgi to plasma membrane transport vesicle / protein localization to motile cilium / ciliary basal body-plasma membrane docking / protein localization to organelle / negative regulation of filopodium assembly / proximal dendrite / VxPx cargo-targeting to cilium / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of cilium assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein targeting to membrane / exocytosis / cilium assembly / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ciliary basal body / trans-Golgi network membrane / protein transport / lamellipodium / GTPase binding / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab-3A-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Vetter, M.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
NNFNNF15OC0014164 デンマーク
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of tetrameric human Rabin8 GEF domain.
著者: Vetter, M. / Boegholm, N. / Christensen, A. / Bhogaraju, S. / Andersen, M.B. / Lorentzen, A. / Lorentzen, E.
履歴
登録2017年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年12月13日ID: 5OAG
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab-3A-interacting protein
B: Rab-3A-interacting protein
C: Rab-3A-interacting protein
D: Rab-3A-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9954
ポリマ－47,9954
非ポリマー00
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, dimers and tetramers by AUC and SEC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area25850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.322, 77.000, 137.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rab-3A-interacting protein / Rab3A-interacting protein / Rabin-3 / SSX2-interacting protein


分子量: 11994.736 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3IP, RABIN8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QF0
#2: タンパク質 Rab-3A-interacting protein / Rab3A-interacting protein / Rabin-3 / SSX2-interacting protein


分子量: 12010.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3IP, RABIN8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QF0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.3 and 40% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→68.6 Å / Num. obs: 19008 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 962 / CC1/2: 0.992 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→68.6 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3049 933 4.91 %
Rwork0.271 --
obs0.2729 19008 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→68.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 0 184 3156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3344020
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3861930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.57920.43521300.36232525X-RAY DIFFRACTION99
2.5792-2.74080.42841190.34332555X-RAY DIFFRACTION99
2.7408-2.95240.39271400.31912523X-RAY DIFFRACTION99
2.9524-3.24950.41921330.30082536X-RAY DIFFRACTION99
3.2495-3.71970.29241390.26452582X-RAY DIFFRACTION100
3.7197-4.68630.24711220.21632635X-RAY DIFFRACTION100
4.6863-68.65590.26211500.26692719X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.4853 Å / Origin y: 38.3367 Å / Origin z: 68.6932 Å
111213212223313233
T0.6927 Å20.0072 Å20.0145 Å2-0.3484 Å20.0806 Å2--0.6966 Å2
L0.0525 °20.0173 °20.0136 °2-3.5942 °2-1.4594 °2--0.6655 °2
S0.0125 Å °0.0201 Å °0.1206 Å °-0.1167 Å °0.1104 Å °0.1377 Å °-0.0012 Å °-0.0581 Å °-0.1628 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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