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- PDB-6f5m: Crystal structure of highly glycosylated human leukocyte elastase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f5m
タイトルCrystal structure of highly glycosylated human leukocyte elastase in complex with a thiazolidinedione inhibitor
要素Neutrophil elastase
キーワードHYDROLASE / human leukocyte elastase / human neutrophil elastase / parabolic inhibition / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / neutrophil-mediated killing of fungus / acute inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / negative regulation of interleukin-8 production / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of chemokine production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / neutrophil-mediated killing of fungus / acute inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / negative regulation of interleukin-8 production / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Collagen degradation / Pyroptosis / extracellular matrix disassembly / phagocytosis / phagocytic vesicle / response to UV / transcription repressor complex / Degradation of the extracellular matrix / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / protein catabolic process / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / positive regulation of immune response / heparin binding / peptidase activity / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-CQH / Neutrophil elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hochscherf, J. / Pietsch, M. / Tieu, W. / Kuan, K. / Hautmann, S. / Abell, A. / Guetschow, M. / Niefind, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationNI 643/4-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of highly glycosylated human leukocyte elastase in complex with an S2' site binding inhibitor.
著者: Hochscherf, J. / Pietsch, M. / Tieu, W. / Kuan, K. / Abell, A.D. / Gutschow, M. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2011
タイトル: Unexpected active-site flexibility in the structure of human neutrophil elastase in complex with a new dihydropyrimidone inhibitor.
著者: Hansen, G. / Gielen-Haertwig, H. / Reinemer, P. / Schomburg, D. / Harrenga, A. / Niefind, K.
#2: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2012
タイトル: 5-benzylidenerhodanine and 5-benzylidene-2-4-thiazolidinedione based antibacterials.
著者: Zvarec, O. / Polyak, S.W. / Tieu, W. / Kuan, K. / Dai, H. / Pedersen, D.S. / Morona, R. / Zhang, L. / Booker, G.W. / Abell, A.D.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil elastase
B: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,57615
ポリマ－46,6382
非ポリマー4,93813
水79344
1
A: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7368
ポリマ－23,3191
非ポリマー2,4177
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8397
ポリマ－23,3191
非ポリマー2,5206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)204.557, 204.557, 62.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-518-

HOH

21B-517-

HOH

31B-521-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 53分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-CQH / 5-[[4-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[(2-propylphenyl)amino]pentan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-2-oxidanylidene-1,3-thiazol-1-ium-4-olate


分子量: 479.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N3O4S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: HLE from human blood was purchased from SERVA as a lyophilisate in the presence of sodium acetate puffer, pH 5.5. The lyophilisate was disolved in water so that the HLE concentration was 5 ...詳細: HLE from human blood was purchased from SERVA as a lyophilisate in the presence of sodium acetate puffer, pH 5.5. The lyophilisate was disolved in water so that the HLE concentration was 5 mg/ml (170 micromolar) and the acetate concentration 250 millimolar. 120 microliter dissolved HNE lysophilisate was mixed with 6 microliter inhibitor solution (10 mM in DMSO). 1 microliter of the resulting HLE/inhibitor mixture was mixed with 0.5 microliter reservoir solution which was composed of 20 % PEG MME 5000, 0.2 M potassium sulphate. Repeated seeding was necessary to get usable crystals. In the final seeding step the reservoir was composed of 20 % PEG MME 5000, 0.2 M sodium sulphate.
PH範囲: 5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.6 Å / Num. obs: 13722 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 62.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2407 / Rsym value: 0.2407 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 21.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1808 / CC1/2: 0.442 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PPG

1ppg


解像度: 2.7→45.553 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 1046 7.62 %
Rwork0.1758 --
obs0.1804 13721 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 329 44 3645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5425047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6432164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.84230.35681290.29791814X-RAY DIFFRACTION100
2.8423-3.02040.30321390.27321807X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.25350.3021420.23081795X-RAY DIFFRACTION100
3.2535-3.58080.27591630.1871793X-RAY DIFFRACTION100
3.5808-4.09870.22351610.16141788X-RAY DIFFRACTION100
4.0987-5.16280.18351440.13141829X-RAY DIFFRACTION100
5.1628-45.55980.20791680.15861849X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1651.2823-0.132.2605-0.35671.04230.02940.313-0.3775-0.18430.248-0.08860.15290.3853-00.42680.0401-0.01550.54330.01960.509643.379324.92124.8767
20.99630.54140.10551.2539-0.13940.46760.23420.5988-0.78990.1149-0.0525-1.07370.66140.4122-0.00090.5010.04540.00940.6661-0.00370.688950.2717.947424.8139
34.0192-0.33120.04773.2315-0.15321.74390.08060.03880.50550.0067-0.0414-0.2224-0.42470.36190.00010.4196-0.07230.00740.49960.07350.467346.313832.604229.7795
40.36260.57120.41841.02010.971.2832-0.54570.49890.3497-1.00290.43890.1525-1.1674-0.23670.00320.84260.0967-0.09650.68480.11730.662533.348338.224516.5296
54.4070.5892-0.91363.45250.75934.74640.01560.2788-0.1827-0.0346-0.08830.33120.229-0.1200.4715-0.0001-0.07280.50180.03620.440629.655225.148420.3002
61.9512-1.67041.39592.4976-0.59832.4887-0.10410.42410.5141-0.03270.19790.1284-0.22090.1225-0.00010.5188-0.00560.05340.54020.09470.490934.73235.190424.2331
74.195-0.4995-0.20223.5328-0.67980.31650.0189-0.2265-0.03080.69330.1962-0.15660.0868-0.04500.62240.037-0.03170.40480.05980.455633.58159.367847.2871
80.3946-0.2835-0.28151.623-0.75260.84230.2017-0.41360.00190.64380.1194-0.77920.33550.62980.03410.67480.0362-0.12620.52130.08450.615943.03266.739547.9531
92.317-0.2622-0.47022.21850.40691.6967-0.0152-0.1065-0.54210.16680.13170.14670.3267-0.172200.56580.0077-0.02150.50270.04560.569828.65612.866842.2471
100.232-0.05790.19440.9725-0.71320.62670.3176-0.6734-0.3421.3089-0.17510.7608-0.3846-0.46870.00290.8805-0.0190.30230.8190.04950.856616.486611.69254.5081
110.91070.17970.34350.115-0.06140.33880.271-0.46411.1648-0.62570.001-0.2481-0.24380.13020.00020.6921-0.08930.00160.5692-0.07880.851838.130222.63450.8312
121.0473-0.3717-1.33842.2358-0.00751.82-0.3103-0.2157-0.10910.01740.11570.6278-0.4321-1.0385-0.00010.69050.09730.05180.80110.03950.709817.961319.335451.0658
132.6592-0.58441.92671.44080.79942.53560.137-0.52060.25590.86850.10830.2626-0.1678-0.643600.81880.02070.11340.5910.04680.622924.496717.22151.3892
140.0914-0.0135-0.03770.2909-0.02360.17880.0420.4633-0.28230.3171-0.60460.2917-0.0657-1.3605-0.00090.99670.1060.12210.71970.07450.749422.308228.087146.5234
151.99090.1545-1.57280.43130.49462.1466-0.36110.1403-0.36371.15730.24261.48960.3011-0.26830.00040.6194-0.0715-0.02930.6160.07480.750718.51153.758344.4036
161.7966-1.2222-0.68472.78661.60620.9261-0.58772.45721.0528-1.70271.1102-0.5228-1.27610.13770.09531.14390.15330.01821.05180.24610.711537.640532.74244.6071
170.18920.14910.02020.17970.15130.2972-0.50640.4116-2.67040.44310.4139-2.36932.58040.7894-0.00031.40920.4162-0.03651.06740.05561.660959.67819.015433.1715
180.31420.09430.06730.02820.02010.01440.2909-2.0422-1.11691.0818-0.34620.9004-0.8101-0.8512-0.00211.32020.13090.09771.49690.38731.019822.229811.121668.4391
190.05050.1589-0.43340.5005-1.36443.7205-0.2701-0.4183-0.42570.6710.4464-2.33580.11582.04620.39360.53230.1267-0.24290.9653-0.35521.58147.2405-1.730840.1192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 62A)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62B through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 123 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 140 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 141 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 243 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 62A)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 62B through 80 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 81 through 123 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 124 through 140 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 141 through 155 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 156 through 184 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 185 through 215 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 216 through 225 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 226 through 243 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 401 through 405)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 406 through 409)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 401 through 406)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 407 through 410)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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